| 摘要 | 第3-7页 |
| Abstract | 第7-11页 |
| 引言 | 第14-16页 |
| 第一部分 E. coli-PA接合模型的优化 | 第16-26页 |
| 1.1 材料 | 第16-17页 |
| 1.1.1 菌株 | 第16页 |
| 1.1.2 主要培养基 | 第16-17页 |
| 1.1.3 主要试剂 | 第17页 |
| 1.1.4 主要仪器 | 第17页 |
| 1.2 实验方法 | 第17-22页 |
| 1.2.1 供体菌与受体菌的选择 | 第17-18页 |
| 1.2.2 采用滤膜杂交法与液体杂交法的比较 | 第18页 |
| 1.2.3 接合时间点的选择 | 第18页 |
| 1.2.4 计数接合子的方法比较：平板计数法与荧光法 | 第18-22页 |
| 1.3 结果 | 第22-24页 |
| 1.3.1 接合模型的成功优化 | 第22-23页 |
| 1.3.2 接合的监测及其检测方法 | 第23-24页 |
| 1.4 讨论 | 第24-26页 |
| 第二部分 抗生素亚抑菌浓度的确定及其对接合反应的影响 | 第26-34页 |
| 2.1 材料 | 第26-27页 |
| 2.1.1 菌株与质粒 | 第26页 |
| 2.1.2 药物敏感试验所用试剂及配制方法 | 第26-27页 |
| 2.1.3 药敏试验用品 | 第27页 |
| 2.2 方法 | 第27-29页 |
| 2.2.1 抗菌药物的配制及分装贮存 | 第27页 |
| 2.2.2 宏量肉汤稀释法与微量肉汤稀释法 | 第27-28页 |
| 2.2.3 E.coli SM10λpir(pUCP24T)生长曲线 | 第28页 |
| 2.2.4 监测E. coli-PA接合反应 | 第28-29页 |
| 2.2.5 统计方法 | 第29页 |
| 2.3 结果 | 第29-31页 |
| 2.3.1 药敏试验结果读取原则 | 第29页 |
| 2.3.2 PA01野生株及其亚抑菌浓度抗生素处理受体菌菌株的生长曲线 | 第29-30页 |
| 2.3.3 六种抗生素亚抑菌浓度处理供体菌对接合效率的影响 | 第30-31页 |
| 2.4 讨论 | 第31-34页 |
| 2.4.1 抗生素亚抑菌浓度的选择及其意义 | 第31-32页 |
| 2.4.2 亚抑菌浓度抗生素处理细菌对接合反应的影响 | 第32-34页 |
| 第三部分 转录组测序及荧光定量PCR验证 | 第34-56页 |
| 3.1 材料 | 第34-35页 |
| 3.1.1 RNA样本 | 第34页 |
| 3.1.2 主要试剂 | 第34页 |
| 3.1.3 主要分析软件 | 第34页 |
| 3.1.4 主要仪器 | 第34-35页 |
| 3.2 实验方法 | 第35-39页 |
| 3.2.1 样本RNA的提取：Trizol法 | 第35页 |
| 3.2.2 RNA-seq测序文库制备 | 第35-36页 |
| 3.2.3 测序数据处理与质量控制 | 第36-37页 |
| 3.2.4 比对 | 第37页 |
| 3.2.5 比对结果的生物信息学分析 | 第37-38页 |
| 3.2.6 荧光定量PCR | 第38-39页 |
| 3.3 结果 | 第39-53页 |
| 3.3.1 RNA-seq建库RNA质量鉴定 | 第39-40页 |
| 3.3.2 RNA-seq测序质量控制 | 第40-42页 |
| 3.3.3 clean reads比对结果初步分析 | 第42-47页 |
| 3.3.4 clean reads比对结果深入分析 | 第47-51页 |
| 3.3.5 荧光定量PCR 2~(-△△CT)方法分析基因的相对表达 | 第51-53页 |
| 3.4 讨论 | 第53-56页 |
| 3.4.1 差异基因的功能性分析 | 第53-54页 |
| 3.4.2 转录组测序的优势与不足 | 第54-56页 |
| 结语 | 第56-58页 |
| 参考文献 | 第58-60页 |
| 附录 | 第60-66页 |
| 附录1:英文缩略语 | 第60-62页 |
| 附录2:综述 | 第62-66页 |
| 参考文献 | 第64-66页 |
| 在校期间发表论文情况 | 第66-67页 |
| 致谢 | 第67页 |
