| 中文摘要 | 第10-12页 |
| Abstract | 第12-13页 |
| 1 前言 | 第14-37页 |
| 1.1 RNA病毒基因组的表达策略 | 第14-15页 |
| 1.2 真核生物常规性蛋白表达机制 | 第15-17页 |
| 1.2.1 翻译的起始 | 第16页 |
| 1.2.2 翻译的延伸 | 第16-17页 |
| 1.2.3 翻译的终止 | 第17页 |
| 1.2.4 核糖体的再循环 | 第17页 |
| 1.3 RNA病毒采用的非典型蛋白翻译表达机制 | 第17-33页 |
| 1.3.1 核糖体内部进入位点（Internal Ribosome Entry Site，IRES）策略 | 第17-19页 |
| 1.3.2 渗漏扫描（Leaky scanning）策略 | 第19-21页 |
| 1.3.3 非AUG起始（Non-AUG initiation）策略 | 第21-22页 |
| 1.3.4 核糖体分流（Ribosome shunting）策略 | 第22-23页 |
| 1.3.5 翻译的重起始（Reinitiation）策略 | 第23-24页 |
| 1.3.6 核糖体跳跃(Stop-Carry on/Ribosomal skipping)策略 | 第24-25页 |
| 1.3.7 通读(Readthrough)策略 | 第25-27页 |
| 1.3.8 移码（Frameshifting）策略 | 第27-32页 |
| 1.3.9 移码与通读的异同点 | 第32-33页 |
| 1.4 烟草丛顶病毒（Tobacco bushy top virus, TBTV） | 第33-35页 |
| 1.5 研究的目的与意义 | 第35-37页 |
| 2 材料与方法 | 第37-53页 |
| 2.1 试验材料 | 第37-38页 |
| 2.1.1 质粒、菌株 | 第37页 |
| 2.1.2 分子生物学试剂 | 第37页 |
| 2.1.3 主要试验仪器 | 第37页 |
| 2.1.4 引物 | 第37-38页 |
| 2.2 试验方法 | 第38-53页 |
| 2.2.1 聚合酶链式反应（PCR） | 第38页 |
| 2.2.2 重叠延伸PCR | 第38-39页 |
| 2.2.3 核酸的沉淀及浓缩 | 第39页 |
| 2.2.4 质粒或片段的酶切 | 第39-40页 |
| 2.2.5 PCR产物或酶切产物的切胶回收 | 第40-41页 |
| 2.2.6 连接反应 | 第41页 |
| 2.2.7 大肠杆菌感受态细胞DH5α 的转化 | 第41页 |
| 2.2.8 质粒小量提取（碱裂解法） | 第41-42页 |
| 2.2.9 体外转录制备RNA | 第42-43页 |
| 2.2.10 RNA沉淀浓缩 | 第43-44页 |
| 2.2.11 体外翻译（在WGE中）及检测 | 第44-45页 |
| 2.2.12 Western Blot分析 | 第45页 |
| 2.2.13 核酸 5’末端的同位素标记及后处理 | 第45-47页 |
| 2.2.13.1 RNA的脱磷酸化反应 | 第45-46页 |
| 2.2.13.2 RNA的 5'末端标记反应 | 第46页 |
| 2.2.13.3 RNA片段的同位素标记反应的后处理 | 第46-47页 |
| 2.2.14 EMSA ( Electrophoretic Mobility Shift Assay ) 凝胶迁移 | 第47-48页 |
| 2.2.14.1 RNA的变性---自然复性（Slow-cool down）处理 | 第47页 |
| 2.2.14.2 RNA-RNA结合试验 | 第47-48页 |
| 2.2.15 线性化切割结构分析（In-line probing） | 第48-49页 |
| 2.2.15.1 碱水解marker反应 | 第48-49页 |
| 2.2.15.2 Rnase T1酶解反应 | 第49页 |
| 2.2.15.3 线性化切割反应 | 第49页 |
| 2.2.16 SHAPE | 第49-53页 |
| 2.2.16.1 RNA folding反应 | 第49-50页 |
| 2.2.16.2 RNA modification反应 | 第50页 |
| 2.2.16.3 Primer extension and RNA sequencing反应 | 第50-53页 |
| 3 结果与分析 | 第53-65页 |
| 3.1 TBTV Rd Rp -1 型移码相关的七核苷酸滑动序列 | 第53-54页 |
| 3.1.1 TBTV Rd Rp -1 型移码的七核苷酸滑动序列预测 | 第53-54页 |
| 3.1.2 TBTV -1 型移码的七核苷酸滑动序列的突变分析 | 第54页 |
| 3.2 七核苷酸滑动序列与下游二级结构元件之间的距离效应 | 第54-55页 |
| 3.3 调控TBTV Rd Rp -1 型移码的局部RNA元件 | 第55-60页 |
| 3.3.1 TBTV -1 型移码位点附近的调控区域突变分析 | 第55-56页 |
| 3.3.2 移码区二级结构的解析 | 第56-58页 |
| 3.3.3 移码区茎环结构突变体对移码效率的影响 | 第58-60页 |
| 3.4 影响TBTV -1 型移码的远距离互作元件 | 第60-65页 |
| 3.4.1 TBTV基因组中远距离RNA-RNA互作区域的确定 | 第60页 |
| 3.4.2 TBTV 3’末端区域结构分析以及远距离互作位点的定位 | 第60-62页 |
| 3.4.3 远距离RNA-RNA互作位点的突变验证 | 第62-63页 |
| 3.4.4 与下游结构元件发生远距离RNA-RNA互作位点的定位 | 第63-65页 |
| 4 讨论 | 第65-71页 |
| 4.1 七核苷酸滑动序列的保守性 | 第65页 |
| 4.2 七核苷酸滑动序列临近下游的激发元件 | 第65-66页 |
| 4.3 假节点对移码的影响 | 第66页 |
| 4.4 七核苷酸滑动序列与临近下游激发元件之间的距离关系 | 第66-67页 |
| 4.5 远距离互作元件 | 第67-68页 |
| 4.6 TBTV Rd Rp -1 位移码调控模型 | 第68-70页 |
| 4.7 RNA结构体外分析 | 第70页 |
| 4.8 体外翻译体系（WGE）的应用 | 第70-71页 |
| 5 结论 | 第71-72页 |
| 参考文献 | 第72-91页 |
| 致谢 | 第91-93页 |
| 攻读学位期间发表论文情况 | 第93-95页 |
| 附录 | 第95-112页 |
