| 中文摘要 | 第3-4页 |
| ABSTRACT | 第4页 |
| 第一章 文献综述 | 第7-26页 |
| 1.1 水通道蛋白简介 | 第7页 |
| 1.2 水通道蛋白的分布与功能 | 第7-9页 |
| 1.3 水通道蛋白的分子结构 | 第9-12页 |
| 1.4 水分子簇的结构 | 第12-19页 |
| 1.4.1 水的结构与性质 | 第12-14页 |
| 1.4.2 水分子簇的结构 | 第14-19页 |
| 1.5 水分子簇的研究方法及研究进展 | 第19-21页 |
| 1.5.1 水分子簇研究进展 | 第19-20页 |
| 1.5.2 水分子簇的研究方法 | 第20-21页 |
| 1.6 蛋白质与水之间相互作用的研究 | 第21-22页 |
| 1.7 溶菌酶简介 | 第22-24页 |
| 1.8 分子模拟方法简介 | 第24-25页 |
| 1.9 本课题研究内容及选题意义 | 第25-26页 |
| 第二章 溶菌酶与不同水溶剂相互作用的分子动力学研究 | 第26-43页 |
| 2.1 分子动力学过程简介 | 第26-30页 |
| 2.1.1 模拟前体系的预处理 | 第26-27页 |
| 2.1.2 模拟过程中参数的设置 | 第27-29页 |
| 2.1.3 分子动力学结果的讨论与分析 | 第29-30页 |
| 2.2 试验材料 | 第30-32页 |
| 2.2.1 溶菌酶 | 第30页 |
| 2.2.2 小分子水簇的建模 | 第30-31页 |
| 2.2.3 普通水模型 | 第31-32页 |
| 2.3 计算平台 | 第32-34页 |
| 2.3.1 硬件平台 | 第32页 |
| 2.3.2 软件平台 | 第32-34页 |
| 2.4 分子动力学模拟试验过程 | 第34-43页 |
| 2.4.1 初始化模型的预处理 | 第34页 |
| 2.4.2 分子动力学模拟 | 第34-40页 |
| 2.4.3 数据分析 | 第40-43页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第43-60页 |
| 3.1 能量、温度分析 | 第43-45页 |
| 3.2 RMSD | 第45-48页 |
| 3.2.1 整体蛋白的RMSD | 第45-46页 |
| 3.2.2 单个氨基酸的RMSD | 第46-48页 |
| 3.3 氢键分析 | 第48-50页 |
| 3.4 RDF 及水化层分析 | 第50-52页 |
| 3.5 二硫键变化 | 第52-54页 |
| 3.6 二面角分析 | 第54-58页 |
| 3.7 小结 | 第58-60页 |
| 第四章 结论与建议 | 第60-62页 |
| 4.1 本文总结 | 第60页 |
| 4.2 未来工作的建议及展望 | 第60-62页 |
| 参考文献 | 第62-68页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第68-69页 |
| 致谢 | 第69页 |