| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 第一章 前言 | 第11-37页 |
| 1.1 入侵种喜旱莲子草的研究进展 | 第11-20页 |
| 1.1.1 入侵种喜旱莲子草 | 第11-15页 |
| 1.1.2 喜旱莲子草适应异质生境的策略和入侵扩散机制 | 第15-18页 |
| 1.1.3 喜旱莲子草的入侵危害和防治策略 | 第18-20页 |
| 1.2 表型可塑性变异及其研究进展 | 第20-35页 |
| 1.2.1 表型“可塑性”与“可塑性变异” | 第20-21页 |
| 1.2.2 表型可塑性变异发生的分子基础 | 第21-26页 |
| 1.2.3 表型可塑性变异的生态-发育途径 | 第26-29页 |
| 1.2.4 表型可塑性与进化 | 第29-32页 |
| 1.2.5 研究表型可塑性变异分子机制的方法及挑战 | 第32-35页 |
| 1.3 本研究的目的、内容和意义 | 第35-37页 |
| 第二章 不同生境中喜旱莲子草表型及遗传多样性分析 | 第37-47页 |
| 2.1 材料和方法 | 第37-41页 |
| 2.1.1 采样和野外观测 | 第37页 |
| 2.1.2 同质园移栽实验 | 第37-40页 |
| 2.1.3 基因组扩增片段长度多态性(AFLP)分析 | 第40-41页 |
| 2.1.4 数据统计和分析 | 第41页 |
| 2.2 结果 | 第41-45页 |
| 2.2.1 野外种群中喜旱莲子草形态和结构变异 | 第41-43页 |
| 2.2.2 同质园处理对植株形态结构的影响 | 第43-44页 |
| 2.2.3 种群遗传多样性分析 | 第44-45页 |
| 2.3 讨论 | 第45-47页 |
| 第三章 喜旱莲子草转录组深度测序和de novo组装 | 第47-73页 |
| 3.1 材料和方法 | 第47-50页 |
| 3.1.1 植物材料 | 第47页 |
| 3.1.2 RNA提取 | 第47-48页 |
| 3.1.3 cDNA测序文库构建和转录组测序(RNA-Seq) | 第48-49页 |
| 3.1.4 de novo组装 | 第49-50页 |
| 3.1.5 CDS区域和蛋白序列的获得 | 第50页 |
| 3.1.6 Unigene功能注释和分类 | 第50页 |
| 3.2 结果 | 第50-72页 |
| 3.2.1 测序数据统计和测序质量分析 | 第50-53页 |
| 3.2.2 Unigene功能注释 | 第53-59页 |
| 3.2.3 GO功能分类 | 第59-63页 |
| 3.2.4 KEGG通路分析 | 第63-72页 |
| 3.3 讨论 | 第72-73页 |
| 第四章 不同水分条件下喜旱莲子草基因差异表达式样分析 | 第73-133页 |
| 4.1 材料和方法 | 第73-76页 |
| 4.1.1 植物材料 | 第73页 |
| 4.1.2 RNA提取 | 第73-74页 |
| 4.1.3 cDNA文库构建和高通量测序 | 第74页 |
| 4.1.4 数字化基因表达谱和差异表达基因筛选 | 第74-75页 |
| 4.1.5 差异表达基因的功能预测 | 第75页 |
| 4.1.6 基因差异表达模式聚类分析 | 第75页 |
| 4.1.7 差异表达基因GO功能富集分析 | 第75-76页 |
| 4.2 结果 | 第76-126页 |
| 4.2.1 不同水分条件下不同组织器官基因差异表达式样分析 | 第76-79页 |
| 4.2.2 水分处理不同时间点茎基因表达式样的动态变化 | 第79-126页 |
| 4.3 讨论 | 第126-133页 |
| 第五章 喜旱莲子草基因组甲基化谱在不同生境中的动态变化 | 第133-145页 |
| 5.1 材料和方法 | 第133-137页 |
| 5.1.1 野外样品采集 | 第133页 |
| 5.1.2 同质园移栽实验 | 第133页 |
| 5.1.3 甲基化敏感扩增片段长度多态性(MSAP)分析 | 第133-137页 |
| 5.1.4 数据分析 | 第137页 |
| 5.2 结果 | 第137-144页 |
| 5.2.1 野外种群中喜旱莲子草的表观遗传变异 | 第137-139页 |
| 5.2.2 同质园处理条件下表观遗传修饰式样的重塑 | 第139-144页 |
| 5.3 讨论 | 第144-145页 |
| 第六章 喜旱莲子草与近缘种表型可塑性变异水平的比较研究 | 第145-153页 |
| 6.1 材料和方法 | 第145-148页 |
| 6.1.1 植物材料和同质园处理 | 第145页 |
| 6.1.2 表型特征及其变异水平的度量 | 第145-146页 |
| 6.1.3 相关基因表达水平的定量分析 | 第146-148页 |
| 6.2 结果 | 第148-151页 |
| 6.2.1 形态特征可塑性变异式样的种间比较 | 第148-149页 |
| 6.2.2 细胞渗透势变化趋势的种间比较 | 第149-150页 |
| 6.2.3 ESK1、CESA8和MS1基因表达式样的种间比较 | 第150-151页 |
| 6.3 讨论 | 第151-153页 |
| 第七章 结论与展望 | 第153-155页 |
| 7.1 主要结论 | 第153页 |
| 7.2 研究展望 | 第153-155页 |
| 参考文献 | 第155-177页 |
| 附录1 共调控基因丛集GO功能注释和富集分析 | 第177-190页 |
| 附录2 淹水处理下差异表达的蛋白激酶基因 | 第190-199页 |
| 攻读博士学位期间完成的论文 | 第199-201页 |
| 致谢 | 第201-203页 |
