| 致谢 | 第7-8页 |
| 摘要 | 第8-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 缩略术语表 | 第11-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-30页 |
| 1.1 植物中miRNA的产生及功能 | 第15-20页 |
| 1.1.1 miRNA的发现 | 第15-16页 |
| 1.1.2 miRNA的生物合成 | 第16-18页 |
| 1.1.3 miRNA的作用机制 | 第18页 |
| 1.1.4 miRNA与可变剪切的关系 | 第18-20页 |
| 1.2 高通量测序 | 第20-23页 |
| 1.2.1 小RNA测序 | 第20-21页 |
| 1.2.2 降解组测序 | 第21-23页 |
| 1.3 挖掘miRNA及其靶标的生物信息学工具 | 第23-29页 |
| 1.3.1 小RNA测序挖掘miRNA工具 | 第23-27页 |
| 1.3.2 降解组测序挖掘miRNA靶基因工具 | 第27-29页 |
| 1.4 本研究的目的和意义 | 第29-30页 |
| 第二章 MTide—系统挖掘miRNA-target关系对的整合工具 | 第30-50页 |
| 2.1 引言 | 第30页 |
| 2.2 MTide工具开发 | 第30-40页 |
| 2.2.1 利用小RNA测序数据挖掘miRNA | 第30-34页 |
| 2.2.2 利用降解组测序数据挖掘miRNA靶基因 | 第34-37页 |
| 2.2.3 利用TAPIR工具预测miRNA靶基因 | 第37-38页 |
| 2.2.4 基于靶标功能相似性对预测结果筛选 | 第38-39页 |
| 2.2.5 整合工具的开发 | 第39-40页 |
| 2.3 MTide的安装及使用 | 第40-42页 |
| 2.3.1 MTide的安装 | 第40-42页 |
| 2.3.2 Mtide输入输出文件说明 | 第42页 |
| 2.4 MTide使用案例 | 第42-46页 |
| 2.4.1 数据来源 | 第42-43页 |
| 2.4.2 运行的服务器性能 | 第43-44页 |
| 2.4.3 配置文件设置 | 第44-45页 |
| 2.4.4 结果分析 | 第45-46页 |
| 2.5 讨论和小结 | 第46-50页 |
| 第三章 STplot—挖掘可变剪切引起的miRNA靶标变化工具 | 第50-65页 |
| 3.1 引言 | 第50页 |
| 3.2 STplot工具开发 | 第50-54页 |
| 3.2.1 基于基因模型的序列片段库重构 | 第50-51页 |
| 3.2.2 降解组数据预处理 | 第51-52页 |
| 3.2.3 miRNA靶基因预测及降解信号挖掘 | 第52-53页 |
| 3.2.4 基于可变剪切的t-plot绘制 | 第53-54页 |
| 3.2.5 STplot工具开发流程 | 第54页 |
| 3.3 STplot的安装以及参数说明 | 第54-57页 |
| 3.3.1 STplot的安装 | 第54-55页 |
| 3.3.2 参数说明 | 第55-57页 |
| 3.4 在拟南芥中的使用案例 | 第57-64页 |
| 3.4.1 输入数据说明 | 第57-58页 |
| 3.4.2 运行参数 | 第58页 |
| 3.4.3 结果示例 | 第58-64页 |
| 3.5 讨论和小结 | 第64-65页 |
| 第四章 展望 | 第65-67页 |
| 参考文献 | 第67-77页 |
| 附录 | 第77-110页 |
| 作者简历 | 第110页 |
