| 摘要 | 第3-4页 |
| ABSTRACT | 第4-5页 |
| 注释表 | 第9-10页 |
| 第1章 绪论 | 第10-14页 |
| 1.1 选题背景及意义 | 第10-11页 |
| 1.2 研究现状及不足 | 第11-12页 |
| 1.2.1 对搜库引擎及质控工具评估的研究现状及不足 | 第11-12页 |
| 1.2.2 陷阱序列法的研究现状及不足 | 第12页 |
| 1.3 研究内容及创新点 | 第12-13页 |
| 1.3.1 研究内容 | 第12-13页 |
| 1.3.2 创新点 | 第13页 |
| 1.4 论文组织结构 | 第13-14页 |
| 第2章 鸟枪法蛋白质组学 | 第14-28页 |
| 2.1 引言 | 第14-16页 |
| 2.2 鸟枪法蛋白质组学的实验技术 | 第16-18页 |
| 2.2.1 蛋白质分离 | 第16页 |
| 2.2.2 蛋白质酶解 | 第16页 |
| 2.2.3 肽段分离 | 第16页 |
| 2.2.4 质谱分析中的离子源 | 第16-17页 |
| 2.2.5 质谱分析中的质量分析器 | 第17-18页 |
| 2.2.6 质谱分析中的检测器 | 第18页 |
| 2.3 鸟枪法蛋白质组学的数据分析技术 | 第18-26页 |
| 2.3.1 串联质谱数据预处理 | 第18页 |
| 2.3.2 肽段鉴定 | 第18-21页 |
| 2.3.3 肽段层面的质量控制 | 第21-24页 |
| 2.3.4 蛋白装配和蛋白层面的质量控制 | 第24-26页 |
| 2.4 本章小结 | 第26-28页 |
| 第3章 基于目标-诱饵搜索策略的陷阱序列法 | 第28-41页 |
| 3.1 引言 | 第28页 |
| 3.2 基于目标-诱饵搜索策略搜库鉴定和质量控制的实施流程 | 第28-34页 |
| 3.2.1 实验数据和蛋白序列数据库的准备 | 第29-30页 |
| 3.2.2 使用搜库引擎对质谱数据进行分析 | 第30-31页 |
| 3.2.3 根据肽段谱图匹配数目计算具体参数 | 第31-34页 |
| 3.2.4 基于目标-诱饵搜索策略对搜库结果进行质量控制 | 第34页 |
| 3.3 基于目标-诱饵搜索策略发展的陷阱序列法 | 第34-39页 |
| 3.3.1 陷阱序列法 | 第34-35页 |
| 3.3.2 数据和方法 | 第35-36页 |
| 3.3.3 陷阱序列大小对评估效果的影响 | 第36-37页 |
| 3.3.4 FMR的定义及公式推导 | 第37-39页 |
| 3.4 本章小结 | 第39-41页 |
| 第4章 采用陷阱序列法评估蛋白质组数据分析流程 | 第41-57页 |
| 4.1 引言 | 第41页 |
| 4.2 数据和方法 | 第41-44页 |
| 4.2.1 数据 | 第41-43页 |
| 4.2.2 方法 | 第43-44页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第44-56页 |
| 4.3.1 对搜库引擎原始打分的评估 | 第44-46页 |
| 4.3.2 对质控工具的评估 | 第46-48页 |
| 4.3.3 对搜库引擎重新打分的评估 | 第48-50页 |
| 4.3.4 将不同搜库引擎和质控工具进行整合 | 第50-53页 |
| 4.3.5 在大数据集上使用小的陷阱序列进行评估 | 第53-56页 |
| 4.4 本章小结 | 第56-57页 |
| 第5章 总结、不足及展望 | 第57-60页 |
| 5.1 总结 | 第57页 |
| 5.2 不足 | 第57页 |
| 5.3 展望 | 第57-60页 |
| 参考文献 | 第60-74页 |
| 附录A 程序清单 | 第74-88页 |
| A.1 反转或随机化目标序列库的程序 | 第74-77页 |
| A.2 提取带有原始打分值的PSM的程序 | 第77-81页 |
| A.3 提取带有重新打分值的PSM的程序 | 第81-85页 |
| A.4 对输出结果根据不同标签计数的程序 | 第85-88页 |
| 致谢 | 第88-89页 |
| 攻读硕士学位期间从事的科研工作及取得的成果 | 第89页 |
