| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 引言 | 第9页 |
| 1 文献综述 | 第9-21页 |
| 1.1 川牛膝相关研究综述 | 第9-10页 |
| 1.1.1 资源现状 | 第9-10页 |
| 1.1.2 化学成分 | 第10页 |
| 1.1.3 药用价值 | 第10页 |
| 1.2 DNA测序技术概述 | 第10-14页 |
| 1.2.1 以Sanger法为代表的第一代测序技术 | 第11-12页 |
| 1.2.2 简称为NGS的第二代高通量测序技术 | 第12-13页 |
| 1.2.3 不依赖PCR的第三代测序 | 第13-14页 |
| 1.3 高通量测序数据分析研究进展 | 第14-16页 |
| 1.3.1 高通量测序数据特点 | 第14页 |
| 1.3.2 高通量测序数据组装算法研究进展 | 第14-16页 |
| 1.4 全基因组de novo测序 | 第16-20页 |
| 1.4.1 全基因组de novo测序研究现状 | 第16-19页 |
| 1.4.2 全基因组de novo测序意义 | 第19-20页 |
| 1.5 研究的意义 | 第20-21页 |
| 2 材料与方法 | 第21-34页 |
| 2.1 材料 | 第21页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第21页 |
| 2.1.2 试剂和仪器 | 第21页 |
| 2.1.3 仪器 | 第21页 |
| 2.2 基因组DNA提取 | 第21-22页 |
| 2.2.1 研磨 | 第21-22页 |
| 2.2.2 水浴 | 第22页 |
| 2.2.3 离心 | 第22页 |
| 2.2.4 抽提 | 第22页 |
| 2.2.5 沉淀 | 第22页 |
| 2.2.6 洗涤 | 第22页 |
| 2.3 构建文库 | 第22-23页 |
| 2.3.1 文库选择 | 第22页 |
| 2.3.2 文库制备 | 第22-23页 |
| 2.3.3 DNA成簇扩增 | 第23页 |
| 2.3.4 上机测序 | 第23页 |
| 2.4 数据分析 | 第23-27页 |
| 2.4.1 环境选择 | 第23页 |
| 2.4.2 数据预分析 | 第23-25页 |
| 2.4.3 基因组装 | 第25-26页 |
| 2.4.4 重复序列标注 | 第26-27页 |
| 2.5 高保守基因评价 | 第27-31页 |
| 2.6 已知关键化合物代谢通路上游相关酶基因探索 | 第31-34页 |
| 2.6.1 甲羟戊酸途径、非甲羟戊酸途径及后续甾酮合成途径主要基因 | 第31-33页 |
| 2.6.2 对杯苋甾酮下游合成途径的推测 | 第33-34页 |
| 3 结果与讨论 | 第34-40页 |
| 3.1 DNA提取结果 | 第34-35页 |
| 3.1.1 浓度 | 第34页 |
| 3.1.2 电泳检测结果 | 第34-35页 |
| 3.2 数据初步分析结果 | 第35-36页 |
| 3.2.1 数据大小 | 第35页 |
| 3.2.2 数据清理结果 | 第35页 |
| 3.2.3 基因组特征分析结果 | 第35-36页 |
| 3.3 基因组拼装结果 | 第36-37页 |
| 3.3.1 拼接方法比较 | 第36页 |
| 3.3.2 contig和scaffold | 第36-37页 |
| 3.3.3 组装结果综合评价 | 第37页 |
| 3.4 重复序列标注结果 | 第37页 |
| 3.5 高保守基因评价 | 第37-39页 |
| 3.6 杯苋甾酮合成途径关键基因探索 | 第39-40页 |
| 4 讨论 | 第40-43页 |
| 4.1 药用植物基因组质量影响建库成功率 | 第40页 |
| 4.2 ABYSS拼接效果明显优于其它两者 | 第40页 |
| 4.3. VELVET明显不适用于同类实验,效率低且质量差 | 第40页 |
| 4.4 scaffold组装结果和contig组装结果差异不大,应是由于未构建长插入片段库导致 | 第40页 |
| 4.5 可以借助拼接结果对代谢途径进行分析 | 第40-43页 |
| 5 参考文献 | 第43-46页 |
| 附件1 | 第46-83页 |
| 附件2 | 第83-154页 |
| 致谢 | 第154-155页 |
