| 摘要 | 第3-4页 |
| ABSTRACT | 第4-5页 |
| 第一章 绪论 | 第10-26页 |
| 1.1 细胞色素P450酶 | 第10-20页 |
| 1.1.1 细胞色素P450酶概述 | 第10页 |
| 1.1.2 细胞色素P450酶的结构 | 第10-11页 |
| 1.1.3 细胞色素P450酶的功能 | 第11-15页 |
| 1.1.4 细胞色素P450酶在药物发现和发展领域的人工进化 | 第15-20页 |
| 1.2 蛋白质的远端突变 | 第20-23页 |
| 1.2.1 远端突变的概念 | 第20页 |
| 1.2.2 远端突变的影响 | 第20页 |
| 1.2.3 远端突变如何影响酶功能 | 第20-21页 |
| 1.2.4 对远端突变进行研究的应用价值 | 第21-23页 |
| 1.3 本文研究内容、目的和意义 | 第23-26页 |
| 第二章 理论基础与计算方法 | 第26-36页 |
| 2.1 分子对接 | 第26-30页 |
| 2.1.1 分子对接的理论基础 | 第26-29页 |
| 2.1.2 主要分子对接软件 | 第29-30页 |
| 2.2 分子动力学模拟 | 第30-36页 |
| 2.2.1 概述 | 第30-31页 |
| 2.2.2 分子力场 | 第31-32页 |
| 2.2.3 积分算法 | 第32-34页 |
| 2.2.4 周期性边界条件 | 第34页 |
| 2.2.5 分子动力学系综 | 第34-36页 |
| 第三章 研究方法与步骤 | 第36-40页 |
| 3.1 无底物模拟和分子对接的准备工作 | 第36页 |
| 3.2 WT(-)和MUT(-)的动力学模拟 | 第36-37页 |
| 3.3 总体采样分子对接及构象筛选 | 第37页 |
| 3.4 WT(+)和MUT(+)的动力学模拟 | 第37页 |
| 3.5 蛋白质的整体结构分析 | 第37-38页 |
| 3.6 氢键与 π-π 堆积作用分析 | 第38页 |
| 3.7 Phenacetin的结合模式分析 | 第38页 |
| 3.8 通道分析 | 第38-39页 |
| 3.9 本章小结 | 第39-40页 |
| 第四章 结果与讨论 | 第40-63页 |
| 4.1 总体采样对接 | 第40-43页 |
| 4.1.1 对接前的无底物模拟 | 第40页 |
| 4.1.2 总体采样对接结果与分析 | 第40-43页 |
| 4.2 复合物的动力学模拟 | 第43-62页 |
| 4.2.1 蛋白质的整体结构分析 | 第43-45页 |
| 4.2.2 F186L突变位点作用能分析 | 第45-46页 |
| 4.2.3 突变位点与活性中心的长程作用 | 第46-48页 |
| 4.2.4 底物分子的结合模式分析 | 第48-52页 |
| 4.2.5 通道分析 | 第52-61页 |
| 4.2.6 长程作用机制的实验验证 | 第61-62页 |
| 4.3 结论 | 第62页 |
| 4.4 本章小结 | 第62-63页 |
| 第五章 全文总结 | 第63-65页 |
| 5.1 主要工作与创新点 | 第63页 |
| 5.2 后续研究工作与展望 | 第63-65页 |
| 参考文献 | 第65-81页 |
| 致谢 | 第81-82页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 | 第82-84页 |