| 摘要 | 第4-8页 |
| ABSTRACT | 第8-11页 |
| 第一章 绪论 | 第18-61页 |
| 1.1 概述 | 第18-21页 |
| 1.1.1 益生菌概念 | 第18-19页 |
| 1.1.2 益生菌的益生功能 | 第19-20页 |
| 1.1.3 益生菌在食品工业中的应用 | 第20-21页 |
| 1.2 双歧杆菌概述 | 第21-23页 |
| 1.2.1 双歧杆菌特性 | 第21页 |
| 1.2.2 双歧杆菌生理功能及其应用 | 第21-22页 |
| 1.2.3 双歧杆菌在工业开发和应用中所面临的问题 | 第22-23页 |
| 1.3 乳酸菌抵抗酸性环境的机制 | 第23-27页 |
| 1.3.1 F1Fo-ATP酶 | 第23页 |
| 1.3.2 一些氨基酸 | 第23-25页 |
| 1.3.3 苹果酸-乳酸发酵 | 第25页 |
| 1.3.4 脲酶 | 第25页 |
| 1.3.5 细胞外被 | 第25-26页 |
| 1.3.6 蛋白质的修复 | 第26页 |
| 1.3.7 DNA的修复 | 第26-27页 |
| 1.3.8 其它 | 第27页 |
| 1.4 双歧杆菌耐酸性和耐酸机制研究进展 | 第27-28页 |
| 1.5 提高双歧杆菌耐酸性的策略 | 第28-30页 |
| 1.5.1 胁迫适应和交叉保护 | 第29页 |
| 1.5.2 筛选具有遗传稳定性耐酸表型的菌株 | 第29-30页 |
| 1.6 本研究所涉及的相关生物学技术 | 第30-43页 |
| 1.6.1 聚合酶链式反应（PCR）技术 | 第30页 |
| 1.6.2 实时荧光定量PCR | 第30-32页 |
| 1.6.3 气相色谱技术 | 第32-33页 |
| 1.6.4 转录组测序技术 | 第33-42页 |
| 1.6.5 SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳技术 | 第42-43页 |
| 1.6.6 液相色谱-质谱/质谱（LC-MS/MS）联用技术 | 第43页 |
| 1.7 本课题的研究意义和目的 | 第43-45页 |
| 1.7.1 本课题的研究意义 | 第43-44页 |
| 1.7.2 本课题研究内容和拟达到的研究目的 | 第44-45页 |
| 参考文献 | 第45-61页 |
| 第二章 双歧杆菌耐酸菌株筛选与遗传稳定性分析 | 第61-80页 |
| 2.1 前言 | 第61-62页 |
| 2.2 材料与方法 | 第62-68页 |
| 2.2.1 实验菌株 | 第62页 |
| 2.2.2 培养条件 | 第62页 |
| 2.2.3 主要试剂 | 第62-63页 |
| 2.2.4 主要仪器 | 第63-64页 |
| 2.2.5 双歧杆菌耐酸能力评价pH值选择 | 第64页 |
| 2.2.6 双歧杆菌耐酸能力评价 | 第64-65页 |
| 2.2.7 双歧杆菌耐酸菌株筛选 | 第65-66页 |
| 2.2.8 基因组DNA提取 | 第66页 |
| 2.2.9 双歧杆菌特异引物PCR扩增 16S rRNA基因 | 第66-67页 |
| 2.2.10 PCR扩增产物测序及序列比对分析 | 第67-68页 |
| 2.2.11 耐酸菌株耐酸表型遗传稳定性分析 | 第68页 |
| 2.3 结果与分析 | 第68-75页 |
| 2.3.1 双歧杆菌耐酸性评价pH选择 | 第68-69页 |
| 2.3.2 耐酸菌株筛选 | 第69-71页 |
| 2.3.3 基因组DNA提取 | 第71页 |
| 2.3.4 双歧杆菌 16S rRNA基因片段PCR扩增以及测序比对 | 第71-72页 |
| 2.3.5 耐酸菌株耐酸表型遗传稳定性分析 | 第72-75页 |
| 2.4 讨论 | 第75-76页 |
| 本章小结 | 第76页 |
| 参考文献 | 第76-80页 |
| 第三章 细胞膜脂肪酸及细胞膜流动性在双歧杆菌耐酸性中的作用 | 第80-107页 |
| 3.1 前言 | 第80-81页 |
| 3.2 材料与方法 | 第81-88页 |
| 3.2.1 实验菌株 | 第81页 |
| 3.2.2 培养基及培养条件 | 第81-82页 |
| 3.2.3 主要试剂 | 第82页 |
| 3.2.4 主要仪器 | 第82页 |
| 3.2.5 在以有无吐温80的MRSC液体培养基培养时耐酸性评价 | 第82-83页 |
| 3.2.6 脂肪酸提取 | 第83-84页 |
| 3.2.7 脂肪酸甲酯分析 | 第84页 |
| 3.2.8 细胞膜流动性测定 | 第84-85页 |
| 3.2.9 细菌RNA提取 | 第85-86页 |
| 3.2.10 反转录合成cDNA | 第86-87页 |
| 3.2.11 实时荧光定量PCR | 第87-88页 |
| 3.2.12 cfa基因表达检测 | 第88页 |
| 3.2.13 统计学分析 | 第88页 |
| 3.3 结果与分析 | 第88-98页 |
| 3.3.1 耐酸菌株相对其原始菌株的耐酸性增加倍数 | 第88-91页 |
| 3.3.2 脂肪酸组成 | 第91-94页 |
| 3.3.3 细胞膜流动性 | 第94-96页 |
| 3.3.4 细菌RNA提取 | 第96-97页 |
| 3.3.5 cfa基因表达水平分析 | 第97-98页 |
| 3.4 讨论 | 第98-100页 |
| 本章小结 | 第100-101页 |
| 参考文献 | 第101-107页 |
| 第四章 综合RNA-seq和生理学手段解析短双歧杆菌的耐酸机制 | 第107-144页 |
| 4.1 前言 | 第107-108页 |
| 4.2 材料与方法 | 第108-120页 |
| 4.2.1 实验菌株 | 第108页 |
| 4.2.2 培养基及培养条件 | 第108-109页 |
| 4.2.3 主要试剂 | 第109页 |
| 4.2.4 主要仪器 | 第109页 |
| 4.2.5 RNA提取和质量检测 | 第109-110页 |
| 4.2.6 RNA-seq测序 | 第110-111页 |
| 4.2.7 RNA-seq测序数据分析 | 第111-112页 |
| 4.2.8 实时荧光定量（qRT-PCR） | 第112-114页 |
| 4.2.9 生长曲线测定 | 第114-115页 |
| 4.2.10 H~+-ATPase活性测定 | 第115-118页 |
| 4.2.11 胞外多糖（EPS）提取 | 第118页 |
| 4.2.12 胞外多糖（EPS）含量测定 | 第118-120页 |
| 4.2.13 统计学分析 | 第120页 |
| 4.3 结果与分析 | 第120-132页 |
| 4.3.1 生长曲线测定 | 第120-121页 |
| 4.3.2 RNA-seq测序数据分析与验证 | 第121-124页 |
| 4.3.3 与碳水化合物转运、代谢及能量产生相关差异表达基因 | 第124-127页 |
| 4.3.4 H~+-ATPase活性测定结果 | 第127-128页 |
| 4.3.5 与细胞外被组分（肽聚糖、胞外多糖）合成相关差异表达基因 | 第128-129页 |
| 4.3.6 胞外多糖（EPS）含量测定 | 第129-130页 |
| 4.3.7 与氨基酸转运及合成相关的差异表达基因 | 第130-132页 |
| 4.3.8 耐酸菌株和其原始菌株其它差异表达基因 | 第132页 |
| 4.4 讨论 | 第132-137页 |
| 4.4.1 与碳水化合物转运、代谢、能量产生相关差异表达基因及H~+-ATPase活性差异 | 第134-135页 |
| 4.4.2 与细胞外被组分（肽聚糖和胞外多糖EPS）合成相关差异表达基因 | 第135-136页 |
| 4.4.3 与谷氨酸、谷氨酰胺转运和合成以及组氨酸合成相关的差异达基因 | 第136-137页 |
| 本章小结 | 第137-138页 |
| 参考文献 | 第138-144页 |
| 第五章 耐酸菌株和原始菌株细胞膜相关蛋白初步分析 | 第144-161页 |
| 5.1 前言 | 第144-145页 |
| 5.2 材料与方法 | 第145-151页 |
| 5.2.1 实验菌株 | 第145页 |
| 5.2.2 培养基及培养条件 | 第145页 |
| 5.2.3 主要试剂 | 第145-147页 |
| 5.2.4 主要仪器 | 第147页 |
| 5.2.5 膜相关蛋白分离 | 第147-148页 |
| 5.2.6 蛋白质浓度测定 | 第148页 |
| 5.2.7 SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE） | 第148-150页 |
| 5.2.8 耐酸菌株和原始菌株间差异膜相关蛋白鉴定 | 第150-151页 |
| 5.3 结果与分析 | 第151-153页 |
| 5.3.1 两株耐酸菌株和其相应的原始菌株膜相关蛋白SDS-PAGE图谱 | 第151-152页 |
| 5.3.2 差异膜相关蛋白鉴定 | 第152-153页 |
| 5.4 讨论 | 第153-156页 |
| 本章小结 | 第156页 |
| 参考文献 | 第156-161页 |
| 第六章 全文总结 | 第161-165页 |
| 6.1 主要结论 | 第161-164页 |
| 6.2 研究展望 | 第164-165页 |
| 论文的创新性 | 第165-166页 |
| 附录1 缩写词列表 | 第166-168页 |
| 附表 | 第168-182页 |
| 致谢 | 第182-183页 |
| 攻读博士学位期间发表论文和申请专利 | 第183页 |
