高、低产蛋量京海黄鸡卵巢组织转录组学分析
| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第一章 文献综述 | 第9-15页 |
| 1 家禽卵巢组织简介 | 第9-10页 |
| 1.1 家禽卵巢结构及功能与哺乳动物区别 | 第9页 |
| 1.2 卵巢组织的外分泌功能 | 第9-10页 |
| 1.3 卵巢组织内分泌功能与调节 | 第10页 |
| 2 转录组及转录组测序技术 | 第10-11页 |
| 2.1 转录组学 | 第10-11页 |
| 2.2 转录组测序技术 | 第11页 |
| 3 动物转录组研究进展 | 第11-14页 |
| 3.1 家畜转录组研究 | 第11-12页 |
| 3.2 家禽转录组研究 | 第12-14页 |
| 4 研究目的与意义 | 第14-15页 |
| 第二章 材料与方法 | 第15-22页 |
| 1 试验材料 | 第15-16页 |
| 1.1 试验动物及样品采集 | 第15页 |
| 1.2 主要试剂和试验耗材 | 第15页 |
| 1.2.1 主要试验试剂 | 第15页 |
| 1.2.2 主要试验耗材 | 第15页 |
| 1.3 主要试验仪器 | 第15-16页 |
| 2 试验方法 | 第16-20页 |
| 2.1 RNA提取与质量检测 | 第16-17页 |
| 2.1.1 RNA提取 | 第16-17页 |
| 2.1.2 RNA质量检测 | 第17页 |
| 2.2 cDNA文库的构建及Illumina测序 | 第17-18页 |
| 2.3 测序数据及其质量控制 | 第18页 |
| 2.3.1 碱基质量值 | 第18页 |
| 2.3.2 测序质量控制 | 第18页 |
| 2.4 转录组数据与参考基因组序列比对 | 第18-19页 |
| 2.4.1 比对效率统计 | 第18-19页 |
| 2.4.2 对比结果作图 | 第19页 |
| 2.5 转录组文库质量评估 | 第19页 |
| 2.6 基因结构分析 | 第19-20页 |
| 2.6.1 SNP位点筛选 | 第19页 |
| 2.6.2 新可变剪接事件预测 | 第19-20页 |
| 2.6.3 优化基因结构 | 第20页 |
| 2.7 新基因分析 | 第20页 |
| 2.8 差异表达基因分析 | 第20页 |
| 3 实时荧光定量PCR验证 | 第20-22页 |
| 第三章 试验结果 | 第22-42页 |
| 1 样品RNA质量检测 | 第22页 |
| 2 测序数据及其质量控制 | 第22-29页 |
| 2.1 测序数据质量控制结果 | 第22-23页 |
| 2.2 测序错误率分布检查 | 第23-26页 |
| 2.3 转录组数据与参考基因组序列比对分析 | 第26-29页 |
| 2.3.1 比对效率统计分析 | 第26页 |
| 2.3.2 对比结果作图分析 | 第26-29页 |
| 3 转录组文库质量评估分析 | 第29-31页 |
| 3.1 mRNA片段化随机性检验 | 第29页 |
| 3.2 插入片段长度检验分析 | 第29-31页 |
| 3.3 转录组测序数据饱和度检验分析 | 第31页 |
| 4 基因结构分析 | 第31-42页 |
| 4.1 SNP位点统计分析 | 第31-32页 |
| 4.2 新可变剪接事件预测 | 第32-33页 |
| 4.3 基因结构优化 | 第33页 |
| 4.4 新基因挖掘分析 | 第33-38页 |
| 4.4.1 新基因统计与注释 | 第34-35页 |
| 4.4.2 新基因G0分析 | 第35-37页 |
| 4.4.3 新基因通路富集分析 | 第37页 |
| 4.4.4 新基因C0G数据库功能注释 | 第37-38页 |
| 4.5 差异表达基因分析 | 第38-40页 |
| 4.6 差异表达基因荧光定量验证 | 第40-42页 |
| 第四章 讨论 | 第42-47页 |
| 1 试验样本的挑选 | 第42页 |
| 2 测序质量评估 | 第42-43页 |
| 3 基因结构分析 | 第43-44页 |
| 4 新基因分析 | 第44页 |
| 5 差异表达基因分析 | 第44-47页 |
| 第五章 全文结论 | 第47-48页 |
| 创新点 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-56页 |
| 附录 | 第56-59页 |
| 致谢 | 第59-60页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第60-61页 |
