| 摘要 | 第4-7页 |
| ABSTRACT | 第7-10页 |
| 第一章 研究背景 | 第14-27页 |
| 1.1 引言 | 第14页 |
| 1.2 核小体结构及核小体定位 | 第14-16页 |
| 1.3 影响核小体定位的因素 | 第16-23页 |
| 1.3.1 DNA序列的内在因素 | 第16-19页 |
| 1.3.2 反式作用因子对核小体定位的影响 | 第19-21页 |
| 1.3.3 表观遗传因素对核小体定位的影响 | 第21-23页 |
| 1.4 核小体定位对基因表达调控的影响 | 第23-24页 |
| 1.4.1 核小体定位对基因表达的抑制作用 | 第23页 |
| 1.4.2 核小体定位对基因表达的激活 | 第23-24页 |
| 1.5 DNA重复序列核小体定位特征 | 第24-26页 |
| 1.6 本论文主要内容 | 第26-27页 |
| 第二章 研究方法 | 第27-37页 |
| 2.1 重组质粒构建及序列准备 | 第27-31页 |
| 2.1.1 DNA重复序列克隆 | 第27-28页 |
| 2.1.2 含601序列的重组质粒构建 | 第28页 |
| 2.1.3 R5Y5序列克隆及PCR扩增 | 第28-29页 |
| 2.1.4 常规的分子生物学实验方法 | 第29-31页 |
| 2.2 组蛋白表达纯化 | 第31-33页 |
| 2.2.1 组蛋白表达 | 第31-32页 |
| 2.2.2 蛋白浓度测定 | 第32页 |
| 2.2.3 组蛋白八聚体装配及纯化 | 第32-33页 |
| 2.3 盐透析法组装核小体及染色质 | 第33页 |
| 2.4 核小体组装效率的检测 | 第33-34页 |
| 2.4.1 组装核小体样品的检测 | 第33页 |
| 2.4.2 吉布斯自由能计算 | 第33-34页 |
| 2.5 染色质结构检测方法 | 第34-36页 |
| 2.5.1 电镜样品制备 | 第34-35页 |
| 2.5.2 蔗糖梯度密度离心方法 | 第35页 |
| 2.5.3 分析超速离心方法检测染色质结构 | 第35页 |
| 2.5.4 微球菌核酸酶酶切实验 | 第35-36页 |
| 2.6 重复序列核小体定位统计分析方法 | 第36-37页 |
| 第三章 三核苷酸重复序列体内核小体定位的统计分析 | 第37-51页 |
| 3.1 三核苷酸重复序列在人基因组上的分布 | 第37-39页 |
| 3.2 三核苷酸重复序列核小体定位统计 | 第39-44页 |
| 3.2.1 体内三核苷酸重复序列核小体定位特征 | 第39-43页 |
| 3.2.2 不同细胞状态下重复序列核小体定位比较 | 第43页 |
| 3.2.3 互补的重复序列核小体定位比较 | 第43-44页 |
| 3.3 上游碱基A对GAA重复序列核小体定位的影响 | 第44-48页 |
| 3.3.1 GAA重复序列上游碱基A的分布 | 第44-45页 |
| 3.3.2 上游A-tracts对GAA重复序列核小体定位的影响 | 第45-46页 |
| 3.3.3 GAA重复序列对含polyA序列核小体定位的影响 | 第46页 |
| 3.3.4 上游A-tracts对CAA及TAA重复序列核小体定位的影响 | 第46-48页 |
| 3.4 体内含GAA重复序列特殊位点的核小体占据 | 第48-50页 |
| 3.4.1 FXN基因第一内含子中GAA重复序列核小体占据分析 | 第48页 |
| 3.4.2 体内含长片段的GAA重复序列核小体占据分析 | 第48-50页 |
| 3.5 本章小结 | 第50-51页 |
| 第四章 组蛋白的体外表达纯化及八聚体的装配 | 第51-56页 |
| 4.1 组蛋白体外表达 | 第52页 |
| 4.2 组蛋白八聚体的装配 | 第52-54页 |
| 4.3 本章小结 | 第54-56页 |
| 第五章 GAA重复序列组装核小体能力的体外实验研究 | 第56-68页 |
| 5.1 重组质粒的构建 | 第56-59页 |
| 5.1.1 重组质粒克隆 | 第56-57页 |
| 5.1.2 大量制备质粒样品 | 第57-58页 |
| 5.1.3 质粒线性化 | 第58-59页 |
| 5.2 体外组装染色质实验体系的建立 | 第59-61页 |
| 5.2.1 体外组装染色质方法的选择 | 第59-60页 |
| 5.2.2 环状质粒组装染色质实验体系的建立 | 第60页 |
| 5.2.3 线状质粒组装染色质实验体系的建立 | 第60-61页 |
| 5.3 含GAA重复序列质粒体外组装染色质 | 第61-65页 |
| 5.3.1 含GAA42的环状质粒体外组装染色质及其检测 | 第61-63页 |
| 5.3.2 含GAA42的线状质粒体外组装染色质及其检测 | 第63-64页 |
| 5.3.3 分析超离技术检测染色质结构 | 第64-65页 |
| 5.4 GAA重复序列核小体定位特征讨论 | 第65-67页 |
| 5.5 本章小结 | 第67-68页 |
| 第六章 含R5Y5模体的DNA序列组装核小体能力的体外实验研究 | 第68-82页 |
| 6.1 R5Y5序列模体的设计及重组质粒构建 | 第69-70页 |
| 6.1.1 含R5Y5模体序列的设计 | 第69页 |
| 6.1.2 R5Y5序列分子克隆 | 第69-70页 |
| 6.2 体外组装单个核小体实验体系的建立 | 第70-74页 |
| 6.2.1 体外组装常规核小体实验体系的建立 | 第70-72页 |
| 6.2.2 体外组装含有组蛋白变体的核小体实验体系的建立 | 第72-74页 |
| 6.3 R5Y5序列体外组装常规核小体及亲和性检测 | 第74-76页 |
| 6.4 R5Y5序列体外组装含有H2A.Z变体的核小体及其亲和性检测 | 第76-78页 |
| 6.5 R5Y5序列体外组装含有H3.3变体的核小体及其亲和性检测 | 第78-80页 |
| 6.6 本章小结 | 第80-82页 |
| 第七章 总结与展望 | 第82-85页 |
| 7.1 本论文工作总结 | 第82-83页 |
| 7.2 工作展望 | 第83-85页 |
| 参考文献 | 第85-96页 |
| 附录1 三核苷酸重复序列核小体定位 | 第96-102页 |
| 附录2 A-tracts对CAA和TAA核小体定位的影响 | 第102-104页 |
| 附录3 基因组中含长片段GAA重复序列位点信息 | 第104-105页 |
| 致谢 | 第105-106页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第106-107页 |
