| 致谢 | 第4-5页 |
| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 1 引言 | 第15-17页 |
| 2 绪论 | 第17-46页 |
| 2.1 多环芳烃概述 | 第17-33页 |
| 2.1.1 多环芳烃的来源与污染现状 | 第17-19页 |
| 2.1.2 多环芳烃的分布 | 第19-20页 |
| 2.1.3 多环芳烃的毒理学机制 | 第20-23页 |
| 2.1.4 多环芳烃的修复方法 | 第23-24页 |
| 2.1.5 PAHs降解菌的研究现状 | 第24-27页 |
| 2.1.6 PAHs降解机制研究进展 | 第27-33页 |
| 2.2 同源模建 | 第33-37页 |
| 2.2.1 蛋白质晶体学 | 第33-36页 |
| 2.2.2 同源模建方法概述 | 第36-37页 |
| 2.3 分子对接 | 第37-43页 |
| 2.3.1 分子对接方法分类 | 第38页 |
| 2.3.2 分子对接构象的搜寻方法 | 第38-39页 |
| 2.3.3 分子对接软件的发展历程 | 第39-43页 |
| 2.4 微量热技术的应用及研究现状 | 第43-45页 |
| 2.5 研究内容与思路 | 第45-46页 |
| 3 PAHs降解菌的筛选与鉴定 | 第46-59页 |
| 3.1 材料与方法 | 第46-52页 |
| 3.1.1 样品采集 | 第46-47页 |
| 3.1.2 试剂和仪器 | 第47-48页 |
| 3.1.3 培养基的配制 | 第48-49页 |
| 3.1.4 菌株的富集筛选 | 第49页 |
| 3.1.5 菌株的分离与复筛 | 第49页 |
| 3.1.6 细菌生长活性测定 | 第49-50页 |
| 3.1.7 细菌的分子生物学鉴定 | 第50-52页 |
| 3.1.8 PAHs降解菌的生理学特征研究 | 第52页 |
| 3.2 结果与讨论 | 第52-58页 |
| 3.2.1 PAHs降解菌的富集筛选 | 第52页 |
| 3.2.2 PAHs降解菌的鉴定 | 第52-55页 |
| 3.2.3 芘和荧蒽降解菌的生理学特征 | 第55-58页 |
| 3.3 本章小结 | 第58-59页 |
| 4 假单胞菌JPN2对芘的降解性能和机制研究 | 第59-72页 |
| 4.1 材料与方法 | 第59-63页 |
| 4.1.1 化学品和仪器 | 第59-60页 |
| 4.1.2 菌株JPN2对芘的生物降解性能研究 | 第60页 |
| 4.1.3 芘降解产物的提取与测定 | 第60-61页 |
| 4.1.4 芘及其降解产物的分析方法 | 第61-62页 |
| 4.1.5 芘对菌株JPN2生物活性的影响研究 | 第62页 |
| 4.1.6 菌株JPN2对不同碳源的生物利用率研究 | 第62-63页 |
| 4.2 结果与讨论 | 第63-71页 |
| 4.2.1 菌株JPN2对芘的生物降解能力研究 | 第63-64页 |
| 4.2.2 芘降解产物的鉴定与分析 | 第64-67页 |
| 4.2.3 芘对菌株JPN2生物活性的影响研究 | 第67-69页 |
| 4.2.4 菌株JPN2对不同碳源的生物利用率研究 | 第69-71页 |
| 4.3 本章小结 | 第71-72页 |
| 5 副氧化微杆菌JPM1对荧蒽的降解性能和机制研究 | 第72-83页 |
| 5.1 材料与方法 | 第72-74页 |
| 5.1.1 化学品和仪器 | 第72页 |
| 5.1.2 菌株JPM1对荧蒽的生物降解能力研究 | 第72-73页 |
| 5.1.3 荧蒽降解产物的提取与鉴定 | 第73-74页 |
| 5.1.4 荧蒽对菌株JPM1生物活性的影响研究 | 第74页 |
| 5.1.5 菌株JPM1对不同类型碳源的生物利用率研究 | 第74页 |
| 5.2 结果与讨论 | 第74-82页 |
| 5.2.1 菌株JPM1对荧蒽的生物降解能力研究 | 第74-75页 |
| 5.2.2 荧蒽降解产物的鉴定与分析 | 第75-78页 |
| 5.2.3 荧蒽对菌株JPM1生物活性的影响研究 | 第78-81页 |
| 5.2.4 菌株JPM1对不同类型碳源的生物利用率研究 | 第81-82页 |
| 5.3 本章小结 | 第82-83页 |
| 6 靶标酶三维晶体结构的同源模建研究 | 第83-94页 |
| 6.1 材料与方法 | 第83-89页 |
| 6.1.1 nahAc基因的PCR扩增 | 第83-84页 |
| 6.1.2 靶标酶晶体结构的同源模建研究 | 第84-88页 |
| 6.1.3 模建晶体结构的优化与评价 | 第88-89页 |
| 6.2 结果与讨论 | 第89-93页 |
| 6.2.1 假单胞菌JPN2中nahAc基因的鉴定 | 第89-90页 |
| 6.2.2 模板与靶标酶一级氨基酸序列比对 | 第90-91页 |
| 6.2.3 靶标酶三维晶体结构解析 | 第91-92页 |
| 6.2.4 靶标酶JPN2-NDO晶体结构的合理性检验 | 第92-93页 |
| 6.3 本章小结 | 第93-94页 |
| 7 基于靶标酶晶体结构的降解机制研究 | 第94-105页 |
| 7.1 材料与方法 | 第94-95页 |
| 7.1.1 分子对接软件 | 第94页 |
| 7.1.2 分子对接方法和参数设置 | 第94-95页 |
| 7.1.3 分子对接方法验证 | 第95页 |
| 7.2 结果与讨论 | 第95-104页 |
| 7.2.1 对接方法和对接参数验证 | 第95-96页 |
| 7.2.2 芘与靶标酶JPN2-NDO活性位点之间的相互作用机制研究 | 第96-101页 |
| 7.2.3 模板与靶标酶活性位点的结构比对 | 第101-102页 |
| 7.2.4 芘在假单胞菌JPN2中的生物降解机制研究 | 第102-104页 |
| 7.3 本章小结 | 第104-105页 |
| 8 结论 | 第105-109页 |
| 8.1 主要研究结论 | 第105-106页 |
| 8.2 创新点 | 第106-107页 |
| 8.3 展望 | 第107-109页 |
| 参考文献 | 第109-125页 |
| 附录A Pseudomonas sp.JPN2的16S rDNA序列 | 第125-126页 |
| 附录B Pseudomonas sp.JPN2中nahAc基因序列和相应的氨基酸序列 | 第126-127页 |
| 附录C Microbacterium paraoxydans JPM1的16S rDNA序列 | 第127-128页 |
| 附录D 模建的三维晶体结构JPN2-NDO的Ramachandran详解图 | 第128-129页 |
| 附录E JPN2-NDO活性位点中各个氨基酸残基的能量 | 第129-131页 |
| 作者简历及在学研究成果 | 第131-135页 |
| 学位论文数据集 | 第135页 |
