| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-7页 |
| 目录 | 第7-9页 |
| 1 前言 | 第9-19页 |
| ·概述 | 第9页 |
| ·红掌的植物学特征和国内外生产概况 | 第9-10页 |
| ·红掌的植物学特征 | 第9页 |
| ·红掌国内外生产概况 | 第9-10页 |
| ·红掌主要病害国内外的研究概况 | 第10-13页 |
| ·红掌细菌性叶枯病的发生与危害 | 第10-11页 |
| ·红掌细菌性叶枯病的防治 | 第11页 |
| ·红掌的抗病育种研究进展 | 第11页 |
| ·红掌细菌性叶枯病病原菌致病机理 | 第11-12页 |
| ·黄单胞菌属细菌的致病相关基因 | 第12-13页 |
| ·生物信息学背景 | 第13-17页 |
| ·生物信息学的产生 | 第13-14页 |
| ·生物信息学的发展 | 第14页 |
| ·测序技术的发展 | 第14-15页 |
| ·生物信息学在植物病理研究上的应用 | 第15-17页 |
| ·本实验研究目的与意义 | 第17-18页 |
| ·实验路线 | 第18-19页 |
| 2 红掌病原菌的分离及鉴定 | 第19-34页 |
| ·试验材料 | 第19页 |
| ·仪器与试剂 | 第19-21页 |
| ·主要仪器 | 第19页 |
| ·主要培养基及试剂 | 第19-21页 |
| ·试验方法 | 第21-27页 |
| ·病原菌的分离 | 第21页 |
| ·对分离出的病原菌进行染色试验 | 第21-22页 |
| ·病原菌的生理生化指标实验 | 第22-24页 |
| ·病原菌的致病性实验 | 第24页 |
| ·病原菌特定序列的测定及分析 | 第24-27页 |
| ·结果与分析 | 第27-32页 |
| ·病原菌的分离结果及分析 | 第27页 |
| ·病原菌回接试验结果及分析 | 第27-28页 |
| ·病原菌的染色试验结果及分析 | 第28-29页 |
| ·病原菌的生理生化结果及分析 | 第29-31页 |
| (1) 病原菌的糖发酵实验结果及分析 | 第29-31页 |
| ·病原菌特定序列的测定及分析 | 第31-32页 |
| ·结果讨论 | 第32-34页 |
| ·关于病原菌的鉴定 | 第32-33页 |
| ·关于病原菌的分离 | 第33-34页 |
| 3 红掌叶枯病病原菌的基因组survey测序及分析 | 第34-49页 |
| ·材料与方法 | 第34-38页 |
| ·菌株的获取 | 第34页 |
| ·菌株基因组DNA抽提 | 第34页 |
| ·全基因组Illumina Solexa测序 | 第34-35页 |
| ·测序结果使用SOAPdenovo进行组装 | 第35-36页 |
| ·GC含量与深度关联分析 | 第36-37页 |
| ·K-mer分析 | 第37-38页 |
| ·基因预测与注释 | 第38页 |
| ·对基因功能注释结果进行致病相关基因预测与功能分析 | 第38页 |
| ·结果与分析 | 第38-48页 |
| ·菌株R8基因组的基本信息 | 第38-39页 |
| ·基因预测结果 | 第39页 |
| ·各个基因注释数据库预测的结果 | 第39-48页 |
| ·结果讨论与展望 | 第48-49页 |
| ·获得R8菌株的基因组序列草图 | 第48页 |
| ·从预测的翻译蛋白中预测获取R8菌株的致病相关基因 | 第48页 |
| ·从未知基因获取R8菌株的致病相关基因 | 第48-49页 |
| 附录 | 第49-50页 |
| 部分英文缩写表 | 第50-51页 |
| 参考文献 | 第51-54页 |
| 致谢 | 第54页 |
