| 摘要 | 第1-13页 |
| Abstract | 第13-18页 |
| 縮略语表 | 第18-20页 |
| 第一章 文献综述 | 第20-37页 |
| 1 转录组高通量测序技术 | 第20-22页 |
| ·转录组 | 第20页 |
| ·转录组高通量测序技术 | 第20-22页 |
| 2 水产动物育种技术 | 第22-27页 |
| ·传统育种技术 | 第23-25页 |
| ·分子标记辅助育种 | 第25-27页 |
| 3 微卫星标记及其在水产动物育种中的应用 | 第27-29页 |
| ·群体遗传学研究 | 第27-28页 |
| ·亲缘关系鉴定和谱系分析 | 第28-29页 |
| ·构建遗传连锁图谱和QTL定位 | 第29页 |
| 4 数量遗传学及在水产育种中的应用 | 第29-34页 |
| ·数量性状 | 第30-31页 |
| ·遗传力(heritability)和遗传相关(genetic correlation) | 第31-32页 |
| ·育种值(breeding value) | 第32-33页 |
| ·杂交优势(heterosis)与配合力(combining ability) | 第33-34页 |
| 5 团头鲂遗传育种研究进展 | 第34-36页 |
| 6 本研究的主要内容、目的和意义 | 第36-37页 |
| 第二章 基于454 GS FLX高通量测序的团头鲂转录组学研究 | 第37-54页 |
| 1 材料和方法 | 第38-41页 |
| ·实验材料 | 第38页 |
| ·主要试剂 | 第38页 |
| ·主要仪器 | 第38页 |
| ·RNA的提取和质量检测 | 第38-39页 |
| ·cDNA合成和扩增 | 第39页 |
| ·cDNA文库均一化 | 第39-40页 |
| ·样品准备与高通量测序 | 第40页 |
| ·序列拼接 | 第40页 |
| ·功能注释、基因分类和代谢途径分析 | 第40-41页 |
| ·微卫星序列(SSR)和单核苷酸多态性(SNP)查找和分析 | 第41页 |
| 2 结果 | 第41-50页 |
| ·高质量RNA的提取和454转录组文库的构建 | 第41-42页 |
| ·454焦磷酸测序 | 第42页 |
| ·拼接 | 第42-43页 |
| ·开放阅读框(ORF)查找 | 第43-45页 |
| ·基因鉴定和注释 | 第45页 |
| ·比较分析 | 第45-48页 |
| ·微卫星(SSR)分布特征 | 第48页 |
| ·单核苷酸多态性(SNP)标记鉴定 | 第48-50页 |
| 3 讨论 | 第50-52页 |
| 小结 | 第52-54页 |
| 第三章 团头鲂EST-SSR的开发及多重PCR的构建 | 第54-65页 |
| 1 实验材料与方法 | 第54-58页 |
| ·实验材料 | 第54-55页 |
| ·主要试剂 | 第55页 |
| ·主要仪器 | 第55页 |
| ·团头鲂基因组DNA的制备 | 第55-56页 |
| ·团头鲂微卫星引物设计 | 第56页 |
| ·PCR扩增 | 第56页 |
| ·聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE) | 第56-57页 |
| ·数据处理和分析 | 第57页 |
| ·团头鲂微卫星多重PCR体系的筛选 | 第57-58页 |
| ·淤泥湖群体遗传多样性分析 | 第58页 |
| 2 实验结果 | 第58-60页 |
| ·基因组DNA的提取结果 | 第58-59页 |
| ·微卫星引物筛选结果 | 第59页 |
| ·微卫星多重PCR体系构建 | 第59页 |
| ·淤泥湖野生群体遗传多样性分析 | 第59-60页 |
| 3 讨论 | 第60-64页 |
| 小结 | 第64-65页 |
| 第四章 团头鲂微卫星亲子鉴定平台构建 | 第65-75页 |
| 1 材料和方法 | 第66-69页 |
| ·实验材料 | 第66页 |
| ·主要实验仪器和试剂 | 第66页 |
| ·样品采集 | 第66页 |
| ·DNA提取 | 第66页 |
| ·微卫星PCR扩增 | 第66-67页 |
| ·微卫星基因型分型 | 第67页 |
| ·计算机模拟分析 | 第67-69页 |
| ·分养家系的亲子鉴定分析 | 第69页 |
| ·混合家系的亲子鉴定分析 | 第69页 |
| 2 实验结果 | 第69-72页 |
| ·亲本和子代的基因型分析 | 第69-70页 |
| ·计算机模拟分析 | 第70页 |
| ·单养家系的亲子鉴定 | 第70页 |
| ·混养家系的亲子鉴定 | 第70-72页 |
| 3 讨论 | 第72-73页 |
| 小结 | 第73-75页 |
| 第五章 团头鲂不同地理群体间杂交优势和配合力分析 | 第75-93页 |
| 1 材料和方法 | 第75-79页 |
| ·团头鲂野生群体亲本收集 | 第75-76页 |
| ·人工繁殖 | 第76页 |
| ·团头鲂子代饲养和数据测量 | 第76-77页 |
| ·微卫星基因型分型 | 第77页 |
| ·杂交优势和配合力分析 | 第77-79页 |
| 2 实验结果 | 第79-88页 |
| ·团头鲂F_1代亲缘关系鉴定 | 第79页 |
| ·团头鲂亲本群体遗传多样性分析 | 第79-81页 |
| ·团头鲂F_1代优良家系筛选 | 第81-84页 |
| ·团头鲂群体杂交优势分析 | 第84-87页 |
| ·3个群体生长性状配合力分析 | 第87-88页 |
| ·团头鲂不同地里群体间的杂交优势分析 | 第88页 |
| 3 讨论 | 第88-91页 |
| 小结 | 第91-93页 |
| 第六章 团头鲂F_1代20月龄生长性状的遗传参数 | 第93-102页 |
| 1 材料与方法 | 第94-95页 |
| ·家系的构建 | 第94页 |
| ·子代培育与生长性状数据测量与分析 | 第94页 |
| ·微卫星基因型分型和亲子鉴定 | 第94页 |
| ·遗传参数估计 | 第94-95页 |
| ·单性状育种值估计 | 第95页 |
| ·综合育种值估计 | 第95页 |
| 2 实验结果 | 第95-97页 |
| ·亲子鉴定结果与子代生长 | 第95页 |
| ·遗传参数估计 | 第95-96页 |
| ·育种值估计 | 第96页 |
| ·综合育种值估计 | 第96-97页 |
| 3 讨论 | 第97-101页 |
| 小结 | 第101-102页 |
| 第七章 亲本对子代生长快和生长慢群体的贡献 | 第102-113页 |
| 1 材料与方法 | 第103-104页 |
| ·繁殖策略和子代饲养 | 第103页 |
| ·样品采集和数据测量 | 第103页 |
| ·微卫星亲子鉴定 | 第103页 |
| ·数据分析 | 第103页 |
| ·有效群体数量(Ne) | 第103-104页 |
| ·亲本对子代生长快和慢群体的贡献 | 第104页 |
| ·亲本育种值估计 | 第104页 |
| 2 实验结果 | 第104-108页 |
| ·亲子鉴定结果 | 第104页 |
| ·生长快和生长慢群体的生长表现和遗传特征 | 第104-106页 |
| ·有效群体数量 | 第106页 |
| ·亲本对生长快和慢群体的贡献及优良亲本的选择 | 第106-108页 |
| ·中选亲本育种值分析 | 第108页 |
| 3 讨论 | 第108-111页 |
| 小结 | 第111-113页 |
| 本论文的主要研究结果及创新点 | 第113-116页 |
| 参考文献 | 第116-136页 |
| 附录一 实验室常用试剂、缓冲液的配制方法 | 第136-140页 |
| 附录二 团头鲂454高通量测序数据储存列表 | 第140-141页 |
| 附录三 团头鲂92个多态性微卫星标记详细信息 | 第141-150页 |
| 附录四 攻读博士学位期间发表论文和授权专利 | 第150-153页 |
| 附录五 攻读博士学位期间所获得奖励与荣誉 | 第153-154页 |
| 致谢 | 第154-155页 |
