| 目录 | 第1-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-12页 |
| 缩略语表 | 第12-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-29页 |
| 1 三角鲂简介 | 第14-15页 |
| ·三角鲂的分类 | 第14页 |
| ·三角鲂的研究现状 | 第14-15页 |
| 2 转录组学研究概况 | 第15-24页 |
| ·转录组学传统研究方法 | 第16-17页 |
| ·新一代高通量测序技术 | 第17-24页 |
| 3 微卫星DNA在种群遗传学中的应用 | 第24-27页 |
| ·微卫星DNA的结构 | 第24-25页 |
| ·微卫星DNA的特点 | 第25页 |
| ·微卫星标记的筛选 | 第25-26页 |
| ·微卫星标记在种群遗传学中的应用 | 第26-27页 |
| 4 本研究的目的意义 | 第27-29页 |
| 第二章 三角鲂cDNA文库构建与测序 | 第29-38页 |
| 1 材料与方法 | 第29-32页 |
| ·实验鱼来源与规格 | 第29-30页 |
| ·总RNA提取 | 第30页 |
| ·mRNA提取 | 第30-31页 |
| ·cDNA文库的构建(具体操作步骤见附录1) | 第31-32页 |
| ·模板阳性的Ion Sphere~(TM)(ISPs)颗粒制备与Ion 318~(TM)芯片测序(具体操作步骤见附录1) | 第32页 |
| 2 结果 | 第32-35页 |
| ·总RNA提取结果 | 第32-33页 |
| ·mRNA提取结果 | 第33页 |
| ·mRNA片段化 | 第33页 |
| ·cDNA文库质量评估 | 第33-34页 |
| ·Ion 318~(TM)芯片-加入ISPs质量评估 | 第34-35页 |
| 3 分析与讨论 | 第35-38页 |
| ·三角鲂转录组文库构建的质量 | 第35-36页 |
| ·ISPs加入Ion 318~(TM)芯片的质量分析 | 第36-38页 |
| 第三章 基于Ion Torrent测序平台的三角鲂转录组分析 | 第38-56页 |
| 1 材料与方法 | 第38-39页 |
| 2 结果 | 第39-53页 |
| ·下机序列质量评估与序列组装 | 第39-42页 |
| ·序列功能注释与分类 | 第42-51页 |
| ·生长相关的功能基因 | 第51页 |
| ·SSR和SNP鉴别 | 第51-53页 |
| 3 分析与讨论 | 第53-56页 |
| ·Ion Torrent测序通量及测序读长 | 第53-54页 |
| ·三角鲂生长相关组织转录组数据 | 第54-56页 |
| 第四章 团头鲂微卫星标记在三角鲂中跨种扩增及三角鲂转录组微卫星标记筛选 | 第56-65页 |
| 1 材料与方法 | 第56-61页 |
| ·实验材料 | 第56页 |
| ·方法 | 第56-61页 |
| 2 结果 | 第61-62页 |
| ·基因组DNA提取结果 | 第61页 |
| ·团头鲂多态性引物在三角鲂中跨种扩增 | 第61-62页 |
| ·基于转录组数据的微卫星引物开发 | 第62页 |
| ·三角鲂微卫星标记的多态性 | 第62页 |
| 3 分析与讨论 | 第62-65页 |
| 第五章 三角鲂四个野生群体遗传多样性的微卫星分析 | 第65-75页 |
| 1 材料与方法 | 第65-67页 |
| ·实验材料 | 第65-66页 |
| ·方法 | 第66-67页 |
| 2 结果 | 第67-72页 |
| ·三角鲂群体的微卫星引物PCR扩增结果 | 第67页 |
| ·三角鲂群体的遗传多样性 | 第67-71页 |
| ·三角鲂四个野生群体的遗传分化 | 第71-72页 |
| 3 分析与讨论 | 第72-75页 |
| ·三角鲂群体的遗传多样性 | 第72-73页 |
| ·三角鲂群体的遗传分化 | 第73-74页 |
| ·Hardy-Weinberg平衡的偏离 | 第74-75页 |
| 小结 | 第75-76页 |
| 参考文献 | 第76-87页 |
| 附录 | 第87-121页 |
| 附录1 cDNA文库的构建与测序具体操作步骤 | 第87-105页 |
| 1 RNase Ⅲ酶切mRNA | 第87页 |
| 2 mRNA 片段纯化 | 第87-88页 |
| 3 Hybridize and Ligate the RNA | 第88-89页 |
| 4 执行反转录 | 第89页 |
| 5 cDNA 纯化 | 第89-90页 |
| 6 cDNA文库扩增 | 第90页 |
| 7 纯化已扩增的cDNA文库 | 第90-91页 |
| 8 检测已扩增纯化的cDNA文库片段大小分布 | 第91-92页 |
| 9 决定模板制备所需的文库稀释因子 | 第92页 |
| 10 在Ion OneTouch~(TM)仪器上制备模板阳性的Ion Sphere~(TM)(ISPs)颗粒 | 第92-97页 |
| 11 Ion OneTouch~(TM) ES富集模板阳性的ISPs | 第97-99页 |
| 12 清洁PGM~(TM)测序平台 | 第99-101页 |
| 13 初始化PGM~(TM)测序仪 | 第101-102页 |
| 14 Ion 318~(TM)芯片测序步骤 | 第102-105页 |
| 附录2 三角鲂生长基因 | 第105-117页 |
| 附录3 32个多态性微卫星引物序列及退火温度 | 第117-120页 |
| 附录4 攻读博士学位期间发表论文情况 | 第120-121页 |
| 致谢 | 第121-122页 |
