| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-11页 |
| 主要缩略词表 | 第11-12页 |
| 第一部分 文献综述 | 第12-34页 |
| 第一章 棉花腺体与棉酚研究进展 | 第12-20页 |
| 1 棉花腺体与棉酚概述 | 第12-14页 |
| ·棉花腺体性状 | 第12页 |
| ·棉酚生物学特性 | 第12-14页 |
| 2 腺体性状遗传研究 | 第14-15页 |
| ·棉花腺体性状基因的遗传研究 | 第14-15页 |
| ·棉花腺体性状复等位基因的遗传研究 | 第15页 |
| 3 低酚棉育种概况 | 第15-16页 |
| 4 子叶色素腺体延缓形成性状的研究进展 | 第16-20页 |
| ·子叶色素腺体延缓形成性状概述 | 第16-17页 |
| ·子叶色素腺体延缓形成性状的遗传研究 | 第17-20页 |
| 第二章 萜类化合物研究进展 | 第20-26页 |
| 1 萜类化合物研究概述 | 第20-21页 |
| 2 萜类合酶基因及棉酚生物合成 | 第21-26页 |
| ·萜类合酶基因研究进展 | 第21-23页 |
| ·杜松烯合酶基因与棉酚生物合成 | 第23-26页 |
| 第三章 转录组测序技术及其应用 | 第26-32页 |
| 1 测序技术的发展 | 第26-27页 |
| ·第一代测序技术 | 第26页 |
| ·第二代测序技术 | 第26-27页 |
| 2 转录组学与转录组测序 | 第27-32页 |
| ·转录组学研究进展 | 第27-29页 |
| ·转录组测序技术及其应用 | 第29-32页 |
| 本研究的目的和意义 | 第32-34页 |
| 第二部分 研究报告 | 第34-86页 |
| 第四章 亚洲棉与澳洲棉种子萌发时期转录组测序及差异分析 | 第34-86页 |
| 1 材料与方法 | 第34-48页 |
| ·供试材料 | 第34页 |
| ·测序材料准备 | 第34-35页 |
| ·棉花总RNA的提取 | 第35-36页 |
| ·总RNA样品质量检测 | 第36-38页 |
| ·测序cDNA文库的构建 | 第38-42页 |
| ·Illumina HiSeq 2000上机测序 | 第42-43页 |
| ·实时定量荧光PCR | 第43-45页 |
| ·生物信息学分析 | 第45-48页 |
| 2 结果与分析 | 第48-83页 |
| ·子叶腺体延缓形成的观察 | 第48-49页 |
| ·测序RNA样品的提取与检测 | 第49-50页 |
| ·测序cDNA文库构建 | 第50页 |
| ·测序原始数据质量评估及预处理 | 第50-55页 |
| ·利用参考基因组的初步分析(Ab initio strategy) | 第55-58页 |
| ·转录组测序的de novo拼接与注释 | 第58-64页 |
| ·转录组数据差异比较分析 | 第64-66页 |
| ·差异表达聚类分析 | 第66-68页 |
| ·差异基因的功能富集分析 | 第68-71页 |
| ·代谢途径表达差异研究 | 第71-73页 |
| ·腺体形成相关候选转录因子的研究 | 第73-74页 |
| ·萜类合酶基因的系统进化分析 | 第74-81页 |
| ·定量验证测序结果 | 第81-83页 |
| 3 讨论 | 第83-86页 |
| ·转录组测序实验的实验设计 | 第83页 |
| ·转录组测序分析流程 | 第83-84页 |
| ·子叶色素腺体延缓形成性状的讨论 | 第84-85页 |
| ·萜类合酶基因家族的系统进化分类 | 第85-86页 |
| 全文结论 | 第86-88页 |
| 参考文献 | 第88-98页 |
| 硕士期间发表的论文 | 第98-100页 |
| 致谢 | 第100页 |