| 摘要 | 第1-13页 |
| ABSTRACT | 第13-16页 |
| 第一篇 酿酒酵母辅酶Q_6合成酶ABZ2结构与催化机制研究 | 第16-78页 |
| 第一章 辅酶Q_6合成酶ABZ2的研究背景 | 第16-34页 |
| ·引言 | 第16-23页 |
| ·辅酶Q_6概述 | 第16-18页 |
| ·辅酶Q_6合成路径概述 | 第18-22页 |
| ·对辅酶Q_6合成路径的补充 | 第22-23页 |
| ·PABA的生物合成 | 第23-25页 |
| ·PLP依赖酶的功能和分类 | 第25-34页 |
| ·引言 | 第25-26页 |
| ·PLP依赖酶的催化类型 | 第26-28页 |
| ·PLP依赖酶的结构类型 | 第28-34页 |
| 第二章 实验材料、设备与方法 | 第34-50页 |
| ·实验材料与设备 | 第34-35页 |
| ·菌株、质粒 | 第34页 |
| ·试剂、酶 | 第34页 |
| ·仪器设备 | 第34-35页 |
| ·实验方法 | 第35-50页 |
| ·重组质粒的构建 | 第35-40页 |
| ·目的蛋白的表达与纯化 | 第40-44页 |
| ·目的蛋白的结晶 | 第44-47页 |
| ·晶体结构解析和精修 | 第47页 |
| ·计算机模拟底物结合 | 第47-48页 |
| ·Abz2野生型和突变体酶活分析 | 第48-50页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第50-68页 |
| ·ABZ2的表达与纯化 | 第50-51页 |
| ·ABZ2的晶体学研究 | 第51-55页 |
| ·Abz2晶体衍射数据的收集、处理、结构解析 | 第52-54页 |
| ·Abz2结构模型的质量评估 | 第54-55页 |
| ·ABZ2的结构 | 第55-60页 |
| ·Abz2整体结构 | 第55-57页 |
| ·Abz2的结构与同源结构的比较 | 第57-59页 |
| ·PLP结合位点 | 第59-60页 |
| ·ABZ2活性位点的鉴定 | 第60-64页 |
| ·Abz2底物结合模型 | 第60-61页 |
| ·Abz2活性测定 | 第61-64页 |
| ·ABZ2的催化机理 | 第64-65页 |
| ·对ADC裂合酶的重新分类 | 第65-68页 |
| 本篇小结 | 第68-69页 |
| 参考文献 | 第69-78页 |
| 第二篇 酿酒酵母辅酶Q_6合成酶COQ5结构与催化机制研究 | 第78-114页 |
| 第四章 酿酒酵母辅酶Q_6合成酶COQ5的研究背景 | 第78-86页 |
| ·引言 | 第78页 |
| ·SAM-MTASE的功能和分类 | 第78-83页 |
| ·SAM-MTASE的催化机理 | 第83-85页 |
| ·COQ5的研究背景 | 第85-86页 |
| 第五章 实验材料、设备与方法 | 第86-94页 |
| ·实验材料与设备 | 第86-87页 |
| ·菌株、质粒 | 第86页 |
| ·试剂、酶 | 第86页 |
| ·仪器设备 | 第86-87页 |
| ·实验方法 | 第87-94页 |
| ·重组质粒的构建 | 第87-90页 |
| ·Coq5-⊿N26的表达与纯化 | 第90页 |
| ·Coq5-⊿N26的表达检测和大量表达 | 第90页 |
| ·Coq5-⊿N26的纯化 | 第90页 |
| ·Coq5-⊿N60核心结构域的确定 | 第90-91页 |
| ·Coq5-⊿N60-p28的重组质粒构建,蛋白表达和纯化 | 第91-92页 |
| ·Coq5-⊿N60的硒代蛋白表达和纯化 | 第92页 |
| ·蛋白质结晶以及数据收集 | 第92页 |
| ·晶体结构解析和精修 | 第92-94页 |
| 第六章 结果与讨论 | 第94-109页 |
| ·COQ5的表达与纯化 | 第94-97页 |
| ·Coq5-⊿N26蛋白的表达与纯化 | 第94-96页 |
| ·Coq5-⊿60核心结构域的确定 | 第96页 |
| ·Coq5-⊿N60野生型蛋白和硒代蛋白的表达与纯化 | 第96-97页 |
| ·COQ5-⊿N60的晶体学研究 | 第97-103页 |
| ·Coq5-⊿N60晶体的生长与优化 | 第97-98页 |
| ·Coq5-⊿N60衍射数据的收集与处理以及晶体结构的解析 | 第98-100页 |
| ·Coq5-⊿N60结构模型的质量评估 | 第100-103页 |
| ·COQ5-⊿N60的晶体结构与辅酶结合位点 | 第103-109页 |
| ·Coq5-⊿N60的总体结构 | 第103-107页 |
| ·Coq5-⊿N60-apo的总体结构 | 第103-106页 |
| ·Coq5-⊿N60-SAM总体结构 | 第106-107页 |
| ·SAM结合位点 | 第107-109页 |
| 本篇小结 | 第109-110页 |
| 参考文献 | 第110-114页 |
| 第三部分 其他工作 | 第114-118页 |
| 第七章 辅酶Q合成路径中其他成员的研究情况 | 第114-118页 |
| ·背景介绍 | 第114页 |
| ·实验结果和讨论 | 第114-117页 |
| 参考文献 | 第117-118页 |
| 附录 | 第118-122页 |
| A：引物设计规则 | 第118页 |
| B：大肠杆菌感受态的制备 | 第118-119页 |
| C：琼脂糖凝胶电泳的实验流程 | 第119页 |
| D：聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS—PAGE)的实验流程 | 第119-120页 |
| E：蛋白纯化原理简介 | 第120-122页 |
| 致谢 | 第122-123页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文与参加的学术会议 | 第123页 |
