| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-23页 |
| ·课题背景 | 第14-17页 |
| ·基于计算的生物学研究——生物信息学 | 第14-15页 |
| ·RNA 序列结构预测简介 | 第15-16页 |
| ·RNA 结构预测计算领域的现状与面临的挑战 | 第16-17页 |
| ·高性能 RNA 二级结构预测的研究现状 | 第17-20页 |
| ·经典体系结构上的 RNA 二级结构预测 | 第17-18页 |
| ·异构计算平台上的 RNA 二级结构预测 | 第18-20页 |
| ·课题研究的目的和主要内容 | 第20-21页 |
| ·本文组织结构 | 第21-23页 |
| 第二章 RNA 二级结构预测算法概述 | 第23-35页 |
| ·RNA 结构基础理论 | 第23-24页 |
| ·RNA 二级结构预测算法 | 第24-28页 |
| ·基于序列比较的预测方法 | 第25-26页 |
| ·基于最小自由能的预测算法 | 第26-28页 |
| ·Nussinov RNA 二级结构预测算法分析 | 第28-33页 |
| ·动态规划思想 | 第28-29页 |
| ·RNA 二级结构的数学模型 | 第29-30页 |
| ·Nussinov 算法的氢键热力学模型 | 第30-31页 |
| ·Nussinov 算法分析 | 第31-33页 |
| ·本章小结 | 第33-35页 |
| 第三章 针对格点间并行性的 NUSSINOV 加速结构 | 第35-51页 |
| ·简单的加速结构 | 第35-36页 |
| ·改进的加速算法硬件结构 | 第36-49页 |
| ·算法流程概述 | 第38-40页 |
| ·取模映射的供数方案与存储结构设计 | 第40-42页 |
| ·取模映射的地址映射单元设计 | 第42-44页 |
| ·基于存储平衡策略的存储设计 | 第44-47页 |
| ·存储平衡的地址映射单元设计 | 第47-49页 |
| ·性能与存储需求分析 | 第49-50页 |
| ·本章小结 | 第50-51页 |
| 第四章 针对格点内并行性的 NUSSINOV 加速结构 | 第51-61页 |
| ·并行加速算法概述 | 第51-55页 |
| ·加速算法硬件结构 | 第55-59页 |
| ·算法流程概述 | 第57-58页 |
| ·供数与存储结构设计 | 第58-59页 |
| ·性能与存储需求分析 | 第59-60页 |
| ·本章小结 | 第60-61页 |
| 第五章 实现与结果分析 | 第61-68页 |
| ·并行算法的实现与功能验证 | 第62-63页 |
| ·并行算法加速性能验证 | 第63-67页 |
| ·本章小结 | 第67-68页 |
| 第六章 总结与展望 | 第68-70页 |
| ·主要工作内容和创新点 | 第68页 |
| ·后续研究工作 | 第68-70页 |
| 参考文献 | 第70-74页 |
| 致谢 | 第74-75页 |
| 攻读硕士学位期间已发表或录用的论文 | 第75页 |