摘要 | 第1-11页 |
Abstract | 第11-16页 |
第一章 引言 | 第16-22页 |
·宏基因组简介 | 第16-18页 |
·宏基因组研究基础 | 第18-22页 |
·标签序列 | 第18-19页 |
·操作分类单元 | 第19-20页 |
·主要问题 | 第20-22页 |
第二章 基于宏基因组数据的微生物群落比较 | 第22-48页 |
·基于OTU的群落比较方法 | 第22-24页 |
·基于系统发生树的群落比较方法 | 第24-27页 |
·F_(ST)和系统发生检验 | 第24-25页 |
·UniFrac和加权UniFrac | 第25-27页 |
·方差调整的加权UniFrac | 第27-29页 |
·模拟计算 | 第29-33页 |
·模拟1:从两个圆形区域内均匀抽样模拟两个群落 | 第30页 |
·模拟2:从两个椭圆形区域内均匀抽样模拟两个群落 | 第30页 |
·模拟3:一个群落均匀、另一个群落不均匀的分布于同一圆形区域 | 第30-33页 |
·结果总结和分析 | 第33页 |
·实际数据分析 | 第33-48页 |
·应用1:外来移植对人类皮肤微生物群落的影响 | 第36-40页 |
·应用2:老鼠肠道中的微生物群落比较 | 第40-42页 |
·应用3:比较由两种测序技术分析同一群落得到的数据集 | 第42-43页 |
·应用4:中巴拿马热带雨林组成分析 | 第43-48页 |
第三章 识别在两类微生物群落中具有显著丰度差别的单元 | 第48-82页 |
·识别具有显著丰度差别OTU的经验贝叶斯方法 | 第48-54页 |
·OTU计数数据的Beta-Beta-Binomial模型 | 第48-50页 |
·截断的概率函数 | 第50-51页 |
·识别具有显著丰度差别的OTU | 第51-52页 |
·参数估计 | 第52页 |
·关于参数初始化的一些细节 | 第52-54页 |
·模拟计算 | 第54-64页 |
·模拟1 | 第54-55页 |
·模拟2 | 第55-64页 |
·模拟3 | 第64页 |
·FDR控制 | 第64页 |
·吸烟者与不吸烟者喉咙微生物比较研究 | 第64-82页 |
参考文献 | 第82-94页 |
致谢 | 第94-96页 |
攻读博士学位期间完成论文情况 | 第96-97页 |
学位论文评阅及答辩情况表 | 第97页 |