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宏基因组数据分析中的统计方法研究

摘要第1-11页
Abstract第11-16页
第一章 引言第16-22页
   ·宏基因组简介第16-18页
   ·宏基因组研究基础第18-22页
     ·标签序列第18-19页
     ·操作分类单元第19-20页
     ·主要问题第20-22页
第二章 基于宏基因组数据的微生物群落比较第22-48页
   ·基于OTU的群落比较方法第22-24页
   ·基于系统发生树的群落比较方法第24-27页
     ·F_(ST)和系统发生检验第24-25页
     ·UniFrac和加权UniFrac第25-27页
   ·方差调整的加权UniFrac第27-29页
   ·模拟计算第29-33页
     ·模拟1:从两个圆形区域内均匀抽样模拟两个群落第30页
     ·模拟2:从两个椭圆形区域内均匀抽样模拟两个群落第30页
     ·模拟3:一个群落均匀、另一个群落不均匀的分布于同一圆形区域第30-33页
     ·结果总结和分析第33页
   ·实际数据分析第33-48页
     ·应用1:外来移植对人类皮肤微生物群落的影响第36-40页
     ·应用2:老鼠肠道中的微生物群落比较第40-42页
     ·应用3:比较由两种测序技术分析同一群落得到的数据集第42-43页
     ·应用4:中巴拿马热带雨林组成分析第43-48页
第三章 识别在两类微生物群落中具有显著丰度差别的单元第48-82页
   ·识别具有显著丰度差别OTU的经验贝叶斯方法第48-54页
     ·OTU计数数据的Beta-Beta-Binomial模型第48-50页
     ·截断的概率函数第50-51页
     ·识别具有显著丰度差别的OTU第51-52页
     ·参数估计第52页
     ·关于参数初始化的一些细节第52-54页
   ·模拟计算第54-64页
     ·模拟1第54-55页
     ·模拟2第55-64页
     ·模拟3第64页
     ·FDR控制第64页
   ·吸烟者与不吸烟者喉咙微生物比较研究第64-82页
参考文献第82-94页
致谢第94-96页
攻读博士学位期间完成论文情况第96-97页
学位论文评阅及答辩情况表第97页

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