| 摘要 | 第1-11页 |
| Abstract | 第11-16页 |
| 第一章 引言 | 第16-22页 |
| ·宏基因组简介 | 第16-18页 |
| ·宏基因组研究基础 | 第18-22页 |
| ·标签序列 | 第18-19页 |
| ·操作分类单元 | 第19-20页 |
| ·主要问题 | 第20-22页 |
| 第二章 基于宏基因组数据的微生物群落比较 | 第22-48页 |
| ·基于OTU的群落比较方法 | 第22-24页 |
| ·基于系统发生树的群落比较方法 | 第24-27页 |
| ·F_(ST)和系统发生检验 | 第24-25页 |
| ·UniFrac和加权UniFrac | 第25-27页 |
| ·方差调整的加权UniFrac | 第27-29页 |
| ·模拟计算 | 第29-33页 |
| ·模拟1：从两个圆形区域内均匀抽样模拟两个群落 | 第30页 |
| ·模拟2：从两个椭圆形区域内均匀抽样模拟两个群落 | 第30页 |
| ·模拟3：一个群落均匀、另一个群落不均匀的分布于同一圆形区域 | 第30-33页 |
| ·结果总结和分析 | 第33页 |
| ·实际数据分析 | 第33-48页 |
| ·应用1：外来移植对人类皮肤微生物群落的影响 | 第36-40页 |
| ·应用2：老鼠肠道中的微生物群落比较 | 第40-42页 |
| ·应用3：比较由两种测序技术分析同一群落得到的数据集 | 第42-43页 |
| ·应用4：中巴拿马热带雨林组成分析 | 第43-48页 |
| 第三章 识别在两类微生物群落中具有显著丰度差别的单元 | 第48-82页 |
| ·识别具有显著丰度差别OTU的经验贝叶斯方法 | 第48-54页 |
| ·OTU计数数据的Beta-Beta-Binomial模型 | 第48-50页 |
| ·截断的概率函数 | 第50-51页 |
| ·识别具有显著丰度差别的OTU | 第51-52页 |
| ·参数估计 | 第52页 |
| ·关于参数初始化的一些细节 | 第52-54页 |
| ·模拟计算 | 第54-64页 |
| ·模拟1 | 第54-55页 |
| ·模拟2 | 第55-64页 |
| ·模拟3 | 第64页 |
| ·FDR控制 | 第64页 |
| ·吸烟者与不吸烟者喉咙微生物比较研究 | 第64-82页 |
| 参考文献 | 第82-94页 |
| 致谢 | 第94-96页 |
| 攻读博士学位期间完成论文情况 | 第96-97页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第97页 |
