基因组尺度代谢网络通量平衡分析工具包的构建
| 摘要 | 第1-4页 |
| ABSTRACT | 第4-7页 |
| 第一章 文献综述 | 第7-23页 |
| ·系统生物学概述 | 第7-8页 |
| ·基因组尺度代谢网络概述 | 第8页 |
| ·基因组尺度代谢网络模拟算法 | 第8-16页 |
| ·基本的通量平衡分析方法 | 第10页 |
| ·扩展的通量平衡分析 | 第10-13页 |
| ·其他算法 | 第13-16页 |
| ·用于通量分析的软件 | 第16-20页 |
| ·单机软件 | 第16-18页 |
| ·在线工具 | 第18-20页 |
| ·模型、算法、软件讨论 | 第20-22页 |
| ·基因组尺度代谢网络模拟分析的意义 | 第22页 |
| ·本课题研究的意义 | 第22-23页 |
| 第二章 基本的模拟计算模块 | 第23-39页 |
| ·Python概述 | 第23-24页 |
| ·工具包运行需要的软件环境 | 第24-25页 |
| ·工具包包含的主要函数 | 第25-39页 |
| ·模型导入函数 | 第25-30页 |
| ·模拟计算功能函数 | 第30-39页 |
| 第三章 模型调试模块 | 第39-55页 |
| ·代谢网络模型存在的问题 | 第39-40页 |
| ·手性代谢物 | 第39页 |
| ·孤立反应的处理 | 第39页 |
| ·多步骤反应的处理 | 第39-40页 |
| ·大分子反应的处理 | 第40页 |
| ·确定生物量合成反应 | 第40页 |
| ·模型修正 | 第40-55页 |
| ·查找末端代谢物 | 第42-44页 |
| ·确定问题代谢物添加反应填补缺口 | 第44-55页 |
| 第四章 工具包在大肠杆菌核心网络模型中的应用 | 第55-69页 |
| ·模型文件转换以及模型导入 | 第55-57页 |
| ·模型模拟计算 | 第57-62页 |
| ·计算大肠杆菌的生长速率 | 第57-58页 |
| ·鲁棒性分析 | 第58-59页 |
| ·表型相平面分析 | 第59-61页 |
| ·反应必需性分析 | 第61-62页 |
| ·模型调试 | 第62-69页 |
| ·模型准备 | 第63-64页 |
| ·计算新模型的生长速率 | 第64页 |
| ·查找末端代谢物 | 第64页 |
| ·相关代谢物组的确定 | 第64-65页 |
| ·查找不能合成的生物量前体 | 第65-66页 |
| ·计算输出域 | 第66页 |
| ·计算输入域 | 第66-67页 |
| ·查找联系反应 | 第67-68页 |
| ·验证添加的反应 | 第68-69页 |
| 第五章 结论与展望 | 第69-71页 |
| ·结论 | 第69-70页 |
| ·创新点 | 第70页 |
| ·展望 | 第70-71页 |
| 参考文献 | 第71-77页 |
| 附录 | 第77-79页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第79-80页 |
| 致谢 | 第80页 |
