| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-10页 |
| 第一章 引言 | 第10-24页 |
| ·鲤全基因组复制 | 第10-13页 |
| ·2R 假说 | 第10页 |
| ·3R 假说( FSGD ) | 第10-12页 |
| ·4R 假说 | 第12-13页 |
| ·转录组序列在基因组学中的应用 | 第13-20页 |
| ·高通量测序技术 | 第13-16页 |
| ·转录组组装技术 | 第16-20页 |
| ·转录组分析在基因组复制事件鉴定中的应用 | 第20页 |
| ·趋化因子研究进展 | 第20-23页 |
| ·趋化因子的分类 | 第20-21页 |
| ·趋化因子的受体 | 第21页 |
| ·趋化因子的功能 | 第21-22页 |
| ·鱼类 CC 趋化因子的研究 | 第22-23页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第23-24页 |
| ·本研究的目的 | 第23页 |
| ·本研究的意义 | 第23-24页 |
| 第二章 鲤第四次基因组复制时间的评估 | 第24-39页 |
| ·方法 | 第24-27页 |
| ·鲤 454 contigs 和公共数据库中公开的 ESTs 或 mRNAs 的混合装配 | 第24-25页 |
| ·基因预测 | 第25页 |
| ·直系同源对和旁系同源对 Ks 值的计算 | 第25-26页 |
| ·物种分化和基因组复制事件的鉴定 | 第26-27页 |
| ·富集在鲤和斑马鱼中的生物过程和代谢通路 | 第27页 |
| ·结果与分析 | 第27-37页 |
| ·鲤 454 contigs 和公开的 ESTs/mRNAs 的混合装配 | 第27页 |
| ·混合装配质量的评估 | 第27-30页 |
| ·鲤装配 contigs 的基因预测 | 第30-33页 |
| ·鲤和斑马鱼间的直系同源对推断物种的分化事件 | 第33-34页 |
| ·旁系同源对的 Ks 值分布估计基因组复制事件 | 第34页 |
| ·富集在鲤和斑马鱼中的生物过程和生物通路的比较分析 | 第34-37页 |
| ·讨论 | 第37-39页 |
| 第三章 鲤 CC 型趋化因子 CCL - C5a 样基因的克隆、组织表达与进化分析 | 第39-50页 |
| ·实验材料 | 第39页 |
| ·样品采集 | 第39页 |
| ·试剂 | 第39页 |
| ·方法 | 第39-41页 |
| ·组织准备 | 第39页 |
| ·总 RNA 的提取和 cDNA 的合成 | 第39-40页 |
| ·3'RACE 和 5'RACE 扩增 | 第40页 |
| ·CCL-C5a 全长 cDNA 序列分析 | 第40页 |
| ·鲤 CCL-C5a 在各组织中的表达分析 | 第40-41页 |
| ·LPS 刺激后鲤 CCL - C5a 在细胞中的表达分析 | 第41页 |
| ·结果和分析 | 第41-48页 |
| ·鲤 CCL-C5a 全长 cDNA 的克隆和分析 | 第41-43页 |
| ·鲤 CCL-C5a 的氨基酸结构域分析和功能预测 | 第43-46页 |
| ·鲤 CCL-C5a 基因的组织表达和 LPS 刺激后的表达 | 第46-47页 |
| ·鲤 CCL-C5a 的进化分析 | 第47-48页 |
| ·讨论 | 第48-50页 |
| 第四章 结论 | 第50-51页 |
| 参考文献 | 第51-60页 |
| 硕士在读期间撰写与发表的论文 | 第60-61页 |
| 致谢 | 第61页 |
