基于生物信息学的日本血吸虫糖代谢研究
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 第一章 前言 | 第9-23页 |
| ·血吸虫和血吸虫病 | 第9-11页 |
| ·血吸虫病的流行情况 | 第9-10页 |
| ·血吸虫的生活史 | 第10-11页 |
| ·血吸虫转录组、蛋白质组及基因组研究进展 | 第11-15页 |
| ·血吸虫转录组研究进展 | 第11-12页 |
| ·血吸虫蛋白质组学研究进展 | 第12-13页 |
| ·血吸虫基因组研究进展 | 第13-15页 |
| ·日本血吸虫糖代谢途径 | 第15-20页 |
| ·糖酵解与糖异生途径 | 第16-17页 |
| ·三羧酸循环 | 第17-18页 |
| ·磷酸戊糖途径 | 第18-19页 |
| ·血吸虫糖代谢途径研究进展 | 第19-20页 |
| ·后基因组时代的生物信息学 | 第20-21页 |
| ·生物信息学 | 第20-21页 |
| ·生物信息学的主要研究领域和内容 | 第21页 |
| ·本论文的研究内容和意义 | 第21-23页 |
| ·研究内容 | 第21页 |
| ·研究意义 | 第21-23页 |
| 第二章 日本血吸虫糖代谢途径的重构 | 第23-34页 |
| ·引言 | 第23页 |
| ·材料 | 第23-25页 |
| ·数据库 | 第23-24页 |
| ·主要仪器和设备 | 第24页 |
| ·工具软件及相关生物信息学服务网站 | 第24-25页 |
| ·方法 | 第25-26页 |
| ·数据整合 | 第25-26页 |
| ·日本血吸虫糖代谢途径候选成员的初步筛选 | 第26页 |
| ·日本血吸虫糖代谢途径候选成员的确定 | 第26页 |
| ·结果和讨论 | 第26-34页 |
| ·Orthologue分析确定糖代谢途径成员 | 第26-30页 |
| ·日本血吸虫糖代谢途径的重建 | 第30-32页 |
| ·糖代谢途径成员全长基因序列的确定 | 第32-34页 |
| 第三章 糖代谢途径成员鉴定 | 第34-41页 |
| ·引言 | 第34页 |
| ·材料 | 第34-35页 |
| ·数据 | 第34页 |
| ·主要仪器设备 | 第34页 |
| ·工具软件及相关生物信息学服务网站 | 第34-35页 |
| ·方法 | 第35-36页 |
| ·多序列联配 | 第35页 |
| ·同源建模 | 第35-36页 |
| ·疫苗靶点的初步预测 | 第36页 |
| ·结果与讨论 | 第36-41页 |
| ·三个潜在的疫苗靶点 | 第36-41页 |
| 第四章 重要成员全长序列的预测与测序 | 第41-52页 |
| ·引言 | 第41页 |
| ·材料 | 第41-43页 |
| ·数据 | 第41页 |
| ·软件 | 第41-42页 |
| ·主要试剂与仪器 | 第42-43页 |
| ·方法 | 第43-46页 |
| ·研究序列的提取 | 第43页 |
| ·不完整蛋白序列的组合 | 第43页 |
| ·组合序列的再次确认 | 第43页 |
| ·日本血吸虫总RNA抽提 | 第43-44页 |
| ·cDNA合成 | 第44页 |
| ·PCR引物的设计与合成 | 第44页 |
| ·缺失基因片段的克隆 | 第44-45页 |
| ·重组质粒pGEM-T Easy的构建 | 第45页 |
| ·阳性克隆的挑取 | 第45页 |
| ·序列补全及生物信息学分析 | 第45-46页 |
| ·结果与讨论 | 第46-52页 |
| ·片段序列的拼接 | 第46-48页 |
| ·引物的设计与PCR结果 | 第48-50页 |
| ·PCR产物的测序与新全长编码序列的拼接 | 第50页 |
| ·二氢硫辛酰胺脱氢酶的二次测序 | 第50页 |
| ·对本研究方法的深入探讨 | 第50-52页 |
| 第五章 日本血吸虫糖代谢途径成员的分子进化分析 | 第52-61页 |
| ·引言 | 第52-53页 |
| ·材料 | 第53-54页 |
| ·数据 | 第53页 |
| ·主要仪器设备 | 第53页 |
| ·工具软件及相关生物信息学服务网站 | 第53-54页 |
| ·方法 | 第54-57页 |
| ·确定分子进化分析对象 | 第54-55页 |
| ·对目标序列进行多序列联配 | 第55页 |
| ·确定替代模型 | 第55页 |
| ·构建进化树 | 第55-56页 |
| ·评价所建立的树 | 第56-57页 |
| ·结果与讨论 | 第57-61页 |
| ·醛缩酶的进化分析 | 第57-59页 |
| ·延胡索酸酶的进化分析 | 第59-61页 |
| 第六章 结论 | 第61-62页 |
| 附录 | 第62-74页 |
| 1.代码1 | 第62-64页 |
| 2.代码2 | 第64-65页 |
| 3.代码3 | 第65-66页 |
| 4.代码4 | 第66-68页 |
| 5.代码5 | 第68-70页 |
| 6.全长序列 | 第70-74页 |
| 参考文献 | 第74-78页 |
| 硕士期间发表的论文 | 第78-79页 |
| 致谢 | 第79页 |
