| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 缩略词 | 第11-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-43页 |
| 引言 | 第12-14页 |
| ·线粒体基因组的起源和进化 | 第14-19页 |
| ·线粒体的起源假说 | 第14-17页 |
| ·线粒体基因组的进化 | 第17-19页 |
| ·高等植物线粒体基因组的结构特征和基因组成 | 第19-22页 |
| ·线粒体基因组的结构特征 | 第19-20页 |
| ·线粒体基因组的基因组成 | 第20-22页 |
| ·多细胞动物线粒体基因组的结构特征和基因组成 | 第22-26页 |
| ·线粒体基因组的结构特征 | 第22-23页 |
| ·线粒体基因组的基因组成 | 第23-26页 |
| ·真菌线粒体基因组的结构特征和基因组成 | 第26-29页 |
| ·线粒体基因组的结构特征 | 第26页 |
| ·线粒体基因组的基因组成 | 第26-29页 |
| ·原生生物线粒体基因组的结构特征和基因组成 | 第29-33页 |
| ·线粒体基因组的结构特征 | 第29-30页 |
| ·线粒体基因组的基因组成 | 第30-33页 |
| ·高等植物中细胞器到细胞核、以及细胞器间的DNA序列迁移 | 第33-39页 |
| ·DNA序列迁移机制 | 第34-35页 |
| ·DNA序列迁移的流向 | 第35-36页 |
| ·迁移DNA序列在新基因组内的分布及序列重排 | 第36-38页 |
| ·高等植物线粒体tRNA基因 | 第38-39页 |
| ·全基因组测序策略 | 第39-41页 |
| ·全基因组霰弹法测序(WGS)策略 | 第39-40页 |
| ·逐个克隆法测序(CBC)策略 | 第40页 |
| ·线粒体基因组测序 | 第40-41页 |
| ·籼稻(93-11)叶绿体全基因组序列的组装 | 第41页 |
| ·线粒体基因组测序的现状和将来 | 第41-42页 |
| ·超级杂交稻两优培九及其亲本 | 第42-43页 |
| 第二章 研究材料与方法 | 第43-51页 |
| ·材料 | 第43-44页 |
| ·水稻样本 | 第43页 |
| ·试剂 | 第43-44页 |
| ·基因组DNA提取 | 第43页 |
| ·PCR和电泳 | 第43-44页 |
| ·DNA测序 | 第44页 |
| ·主要仪器设备 | 第44页 |
| ·方法 | 第44-51页 |
| ·基因组DNA提取和测序 | 第44-46页 |
| ·DNA提取 | 第44-45页 |
| ·测序 | 第45-46页 |
| ·线粒体基因组序列筛选、拼接和分析 | 第46-49页 |
| ·主要技术路线 | 第46页 |
| ·线粒体基因组序列的筛选和拼接 | 第46-47页 |
| ·序列多态性分析 | 第47-49页 |
| ·种内序列多态性分析 | 第47-48页 |
| ·亚种间序列多态性分析 | 第48-49页 |
| ·基因预测及相关NUMT、NUPT、MTPT的寻找 | 第49页 |
| ·系统进化分析 | 第49-51页 |
| 第三章 结果和分析 | 第51-90页 |
| ·水稻线粒体基因组序列的拼接 | 第51-52页 |
| ·水稻线粒体基因组的结构特征 | 第52-54页 |
| ·水稻线粒体基因组序列的多态性分析 | 第54-72页 |
| ·单核苷酸多态性 | 第54-66页 |
| ·水稻亚种间线粒体基因组的单核苷酸多态性 | 第54-58页 |
| ·水稻线粒体基因组的种内单核苷酸多态性 | 第58-66页 |
| ·种内SNP的特征 | 第58-60页 |
| ·侧链核苷酸对种内SNP类型的影响 | 第60-66页 |
| ·线粒体基因组序列的插入缺失突变和片段序列变化 | 第66-72页 |
| ·水稻细胞内细胞器到细胞核的基因迁移 | 第72-90页 |
| ·蛋白质编码基因的迁移 | 第72-78页 |
| ·线粒体蛋白质编码基因到细胞核的迁移 | 第72-73页 |
| ·叶绿体蛋白质编码基因到细胞核的迁移 | 第73-76页 |
| ·叶绿体蛋白质编码基因到线粒体的迁移 | 第76-78页 |
| ·非蛋白质编码基因的迁移 | 第78-90页 |
| ·叶绿体tRNA基因到线粒体的迁移 | 第78-81页 |
| ·叶绿体tRNA基因到细胞核的迁移 | 第81-84页 |
| ·线粒体tRNA基因到细胞核的迁移 | 第84-87页 |
| ·迁移tRNA基因的系统进化 | 第87-90页 |
| 第四章 讨论和结论 | 第90-98页 |
| ·水稻线粒体基因组在种内和亚种间的序列差异 | 第90-91页 |
| ·线粒体基因组的多元化结构 | 第91-92页 |
| ·从线粒体基因组序列的差异上看水稻93-11和PA64S的分化时间 | 第92-93页 |
| ·开花植物的线粒体tRNA基因 | 第93-94页 |
| ·tRNA基因迁移的机制及其高频率的迁移 | 第94-95页 |
| ·迁移tRNA基因的表达 | 第95-96页 |
| ·后续工作建议 | 第96-98页 |
| 参考文献 | 第98-108页 |
| 致谢 | 第108-110页 |
| 附一：附表S1 | 第110-113页 |
| 附二：附表S2 | 第113-114页 |
| 附三：附表S3 | 第114-117页 |
| 附四：发表论文 | 第117页 |
