| 中文摘要 | 第1-5页 |
| 英文摘要 | 第5-8页 |
| 1 绪论 | 第8-11页 |
| ·课题的提出及其研究意义 | 第8-9页 |
| ·问题的提出 | 第8页 |
| ·研究的意义 | 第8-9页 |
| ·国内外研究现状 | 第9-10页 |
| ·课题研究的内容和目的 | 第10-11页 |
| 2 并行计算的现状及其发展趋势 | 第11-18页 |
| ·并行计算发展状况简介 | 第11-12页 |
| ·并行处理技术的发展方向 | 第12页 |
| ·并行计算机的原理及分类 | 第12-14页 |
| ·并行编程模型与并行算法 | 第14-18页 |
| ·并行编程模型 | 第14-15页 |
| ·并行算法 | 第15页 |
| ·并行程序设计 | 第15-16页 |
| ·并行处理的性能评价 | 第16-18页 |
| 3 MPICH并行集群系统 | 第18-21页 |
| ·MPICH并行集群系统配置 | 第18-19页 |
| ·集群的操作、通信系统及网络设置 | 第19-20页 |
| ·集群的维护 | 第20-21页 |
| 4 MPI并行程序设计及其结果讨论 | 第21-39页 |
| ·MPI简介 | 第21-22页 |
| ·MPI并行程序的编制 | 第22-31页 |
| ·VC++6.0环境下的MPI编程 | 第22-23页 |
| ·MPI简单函数的调用 | 第23-24页 |
| ·用MPI编写并行程序计算π | 第24-25页 |
| ·Jacobi迭代并行程序设计 | 第25-27页 |
| ·矩阵二维拓扑并行算法 | 第27-29页 |
| ·矩阵三维拓扑并行算法 | 第29-31页 |
| ·用MPIConfig配置MPICH运行环境 | 第31-32页 |
| ·用guiMPIRun运行并行程序 | 第32-35页 |
| ·结果与讨论 | 第35-39页 |
| ·π计算(忽略通信时间) | 第35页 |
| ·矩阵二维拓扑计算(通信量大) | 第35-37页 |
| ·矩阵三维拓扑计算(通信量大) | 第37-39页 |
| 5 分子动力学模拟的并行计算实现 | 第39-55页 |
| ·分子模拟概论 | 第39页 |
| ·分子模拟方法 | 第39-41页 |
| ·量子力学法 | 第39-40页 |
| ·分子力学法 | 第40-41页 |
| ·分子动力学模拟基本原理 | 第41-43页 |
| ·分子动力学模拟的基本步骤 | 第43-44页 |
| ·分子动力学模拟并行算法 | 第44-50页 |
| ·粒子分解法(particle decomposition，PD) | 第46-47页 |
| ·空间分解法(spatial decomposition，SD) | 第47-50页 |
| ·ProtoMol和VMD介绍 | 第50-51页 |
| ·算例分析 | 第51-55页 |
| 6 跨网段实现分布式计算 | 第55-64页 |
| ·分布式系统模式 | 第55-56页 |
| ·使用.NET Remoting实现分布式计算 | 第56-62页 |
| ·Remoting基础 | 第57页 |
| ·服务器对象 | 第57页 |
| ·ServerLoader程序 | 第57-58页 |
| ·SimpleClient程序 | 第58-59页 |
| ·Digits of Pi客户端 | 第59-62页 |
| ·线程同步 | 第62页 |
| ·本章小节 | 第62-64页 |
| 7 结论与展望 | 第64-66页 |
| ·基本结论 | 第64-65页 |
| ·后续研究工作的展望 | 第65-66页 |
| 致谢 | 第66-67页 |
| 参考文献 | 第67-71页 |
| 附录: 硕士学习期间论文发表情况 | 第71-72页 |