| 1 绪论 | 第1-27页 |
| ·研究背景及意义 | 第11-15页 |
| ·国内外药物发展概况 | 第11-12页 |
| ·计算机辅助药物设计 | 第12-14页 |
| ·分子对接中的重要问题 | 第14-15页 |
| ·分子对接与药物设计 | 第15-21页 |
| ·分子对接分类 | 第15-17页 |
| ·应用领域 | 第17-20页 |
| ·成功的实例 | 第20-21页 |
| ·分子对接的发展方向 | 第21-25页 |
| ·柔性对接 | 第21页 |
| ·溶剂化效应 | 第21-22页 |
| ·并行计算 | 第22-24页 |
| ·反向对接 | 第24-25页 |
| ·本文主要研究内容和工作 | 第25-27页 |
| 2 分子对接原理 | 第27-45页 |
| ·互补匹配原则 | 第27-28页 |
| ·构象搜索算法 | 第28-38页 |
| ·构象评分函数 | 第38-40页 |
| ·典型分子对接软件 | 第40-45页 |
| ·DOCK | 第40-41页 |
| ·AutoDock | 第41页 |
| ·FlexX | 第41-43页 |
| ·Affinity | 第43页 |
| ·Docking | 第43-44页 |
| ·FlexiDock | 第44-45页 |
| 3 分子对接演化设计模型 | 第45-66页 |
| ·分子对接演化设计模型 | 第45-50页 |
| ·分子对接问题的数学模型 | 第45-47页 |
| ·模型转化 | 第47-50页 |
| ·基于空间收缩的多种群遗传算法 | 第50-65页 |
| ·概述 | 第50-52页 |
| ·空间收缩因子 | 第52-54页 |
| ·小种群策略 | 第54页 |
| ·参数自适应设计 | 第54-55页 |
| ·算法实现 | 第55-58页 |
| ·数值测试 | 第58-65页 |
| ·小结 | 第65-66页 |
| 4 分子对接信息熵模型的并行解法 | 第66-77页 |
| ·概述 | 第66页 |
| ·分子对接IEGA模型的并行化设计 | 第66-72页 |
| ·遗传算法的并行化分析 | 第66-67页 |
| ·PIEGA(Parallel IEGA)模型的实现方案 | 第67-68页 |
| ·基于MPI的并行化程序设计 | 第68-72页 |
| ·PIEGA的有效性分析 | 第72-76页 |
| ·PIEGA的性能评价指标 | 第72-73页 |
| ·数值优化测试 | 第73-76页 |
| ·小结 | 第76-77页 |
| 5 分子对接并行化软件设计 | 第77-92页 |
| ·概述 | 第77-78页 |
| ·软件设计策略 | 第78-79页 |
| ·分子对接并行化软件的有效集成 | 第79-80页 |
| ·分子表面的球形表示 | 第80-82页 |
| ·评分预处理网格 | 第82-86页 |
| ·并行化软件实现 | 第86-90页 |
| ·系统平台 | 第86-87页 |
| ·对接算法流程 | 第87-89页 |
| ·程序的输入／输出 | 第89-90页 |
| ·小结 | 第90-92页 |
| 6 对接测试与应用 | 第92-99页 |
| ·基于环氧合酶-2的分子对接应用 | 第93-96页 |
| ·研究背景 | 第93-94页 |
| ·基于COX-2晶体结构的对接 | 第94-96页 |
| ·过氧化物酶体增殖物激活受体-γ激动剂应用 | 第96-98页 |
| ·研究背景 | 第96-97页 |
| ·基于PPARγ晶体结构的分子对接 | 第97-98页 |
| ·小结 | 第98-99页 |
| 7 分子对接与虚拟筛选 | 第99-114页 |
| ·概述 | 第99-100页 |
| ·虚拟筛选 | 第100-101页 |
| ·基于COX-2的虚拟筛选 | 第101-105页 |
| ·准备分子库 | 第101-104页 |
| ·分子库筛选 | 第104-105页 |
| ·虚拟筛选用于免疫吸附材料的辅助设计 | 第105-113页 |
| ·问题描述 | 第105-106页 |
| ·对接预测 | 第106-113页 |
| ·小结 | 第113-114页 |
| 8 结论与展望 | 第114-116页 |
| ·结论 | 第114页 |
| ·展望 | 第114-116页 |
| 参考文献 | 第116-126页 |
| 创新点摘要 | 第126-127页 |
| 攻读博士学位期间发表论文情况 | 第127-129页 |
| 致谢 | 第129-131页 |