| 中文摘要 | 第1-9页 |
| 第一章 水稻基因组概况 | 第9-13页 |
| 一、 基因组研究的历史与现状 | 第9-11页 |
| 二、 水稻基因组概况 | 第11-12页 |
| 三、 水稻第四号染色体的测序情况 | 第12-13页 |
| 第二章 水稻基因组序列分析 | 第13-50页 |
| 一、 概述 | 第13-15页 |
| 二、 核苷酸层次的序列分析 | 第15-31页 |
| 1、 真核基因的组成元件 | 第15-18页 |
| 2、 基因预测软件 | 第18-22页 |
| 3、 EST数据分析 | 第22-24页 |
| 4、 非编码RNA基因的分析 | 第24-26页 |
| 5、 基因组重复序列的分析 | 第26-29页 |
| 6、 识别基因组数据中的错误 | 第29-30页 |
| 7、 识别假基因 | 第30-31页 |
| 8、 其它问题 | 第31页 |
| 三、 蛋白质层次的序列分析 | 第31-38页 |
| 1、 蛋白质的结构分析与功能预测 | 第32-35页 |
| 2、 蛋白质同源检索中的常见问题 | 第35-36页 |
| 3、 基因家族分析 | 第36-38页 |
| 四、 代谢调控过程层次的序列分析 | 第38-39页 |
| 五、 序列自动分析平台 | 第39-41页 |
| 六、 水稻四号染色体序列分析的基本结论 | 第41-43页 |
| 七、 基因组组成的复杂性：一点经验 | 第43-45页 |
| 1、 “幽灵”外显子 | 第43-44页 |
| 2、 一个RNA基因 | 第44-45页 |
| 八、 粳稻、籼稻的比较基因组研究 | 第45-50页 |
| 1、 概述 | 第45-46页 |
| 2、 结果与分析 | 第46-50页 |
| 第三章 高等植物同源基因间外显子长度的保守性 | 第50-64页 |
| 一、 概述 | 第50页 |
| 二、 外显子长度的保守性：两个例子 | 第50-55页 |
| 1、 一个蛋白激酶基因家族 | 第51-52页 |
| 2、 周期蛋白依赖的蛋白激酶（CDKs） | 第52-55页 |
| 三、 外显子长度的保守性：内容与适用范围 | 第55-57页 |
| 四、 外显子长度的保守性：应用 | 第57-64页 |
| 1、 基因结构预测 | 第57-58页 |
| 2、 翻译起始位点判断 | 第58-59页 |
| 3、 Retroposons的鉴定 | 第59-60页 |
| 4、 预测基因功能和基因家族的进化路线 | 第60-64页 |
| 第四章 拟南芥全基因组Retroposons的鉴定与分析 | 第64-76页 |
| 一、 概述 | 第64-65页 |
| 二、 实验方法 | 第65-67页 |
| 三、 结果与分析 | 第67-76页 |
| 第五章 水稻与拟南芥的比较基因组研究 | 第76-84页 |
| 一、 通过比较解释差异 | 第76-78页 |
| 二、 通过比较揭示共性 | 第78-79页 |
| 三、 关于拟南芥Superroot突变体的功能预测 | 第79-84页 |
| 结束语 | 第84-87页 |
| 参考文献 | 第87-99页 |
| 致谢 | 第99-100页 |
| 发表文章 | 第100页 |