| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-8页 |
| 目录 | 第8-11页 |
| 符号说明 | 第11-12页 |
| 前言 | 第12-19页 |
| 第一节 生物信息学概述 | 第12-13页 |
| 第二节 蛋白质结构、柔性与功能 | 第13-17页 |
| ·蛋白质的功能 | 第13-14页 |
| ·蛋白质结构的测定 | 第14-16页 |
| ·蛋白质的层次结构 | 第16页 |
| ·蛋白质的柔性与功能 | 第16-17页 |
| 第三节 研究目的与内容安排 | 第17-19页 |
| ·研究蛋白质结构、柔性和功能的重要性 | 第17-18页 |
| ·本文的内容安排 | 第18-19页 |
| 第一章 残基深度、柔性及研究方法概述 | 第19-28页 |
| 第一节 残基的溶剂可及面积与深度 | 第19-20页 |
| ·溶剂可及面积 | 第19-20页 |
| ·残基深度 | 第20页 |
| 第二节 蛋白质动力学与柔性 | 第20-21页 |
| 第三节 现有研究手段简介及局限性 | 第21-27页 |
| ·预测残基深度-支持向量回归简介 | 第21-23页 |
| ·蛋白质柔性预测与分析方法 | 第23-27页 |
| 第四节 本文的主要工作 | 第27-28页 |
| 第二章 基于序列的残基深度预测 | 第28-56页 |
| 第一节 残基深度概念简介 | 第28-29页 |
| ·结构预测概述 | 第28页 |
| ·溶剂可及性的预测 | 第28页 |
| ·残基深度 | 第28-29页 |
| ·残基深度预测概览 | 第29页 |
| 第二节 材料与方法 | 第29-37页 |
| ·数据集 | 第30-31页 |
| ·残基深度的计算 | 第31-32页 |
| ·特征向量 | 第32-34页 |
| ·预测性能评价指标 | 第34-36页 |
| ·预测方法 | 第36-37页 |
| 第三节 结果与讨论 | 第37-54页 |
| ·关于MSMS深度指标的预测性能 | 第37-43页 |
| ·不同深度指标的预测 | 第43-49页 |
| ·序列表示分析 | 第49-52页 |
| ·预测内部和表面残基的精度 | 第52-54页 |
| 第四节 结论与展望 | 第54-56页 |
| 第三章 蛋白质中残基柔性和溶剂可及性之间的关系探讨 | 第56-86页 |
| 第一节 柔性和溶剂可及性 | 第56-58页 |
| ·B-因子及其研究方法 | 第56页 |
| ·蛋白质的无序区域 | 第56-57页 |
| ·溶剂可及性 | 第57-58页 |
| ·本章的研究工作预览 | 第58页 |
| 第二节 材料和方法 | 第58-61页 |
| ·数据集 | 第58-59页 |
| ·B-因子与无序区域 | 第59-60页 |
| ·溶剂可及性和残基深度 | 第60页 |
| ·线性回归模型 | 第60-61页 |
| ·评估指标 | 第61页 |
| ·统计检验 | 第61页 |
| 第三节 结果与讨论 | 第61-84页 |
| ·单残基水平上B'-因子与RSA之间的关系 | 第62-66页 |
| ·相邻残基的RSA对残基柔性的影响 | 第66-68页 |
| ·局部的溶剂可及性对残基柔性的影响 | 第68-72页 |
| ·B'-因子与残基深度之间的关系 | 第72-74页 |
| ·B'-因子与预测的RSA在无序区域上表现的关系 | 第74-75页 |
| ·案例研究 | 第75-83页 |
| ·讨论 | 第83-84页 |
| 第四节 结论与应用展望 | 第84-86页 |
| 第四章 Gamma半径计算算法 | 第86-100页 |
| 第一节 引言 | 第86-87页 |
| 第二节 若干基本概念和定义 | 第87-91页 |
| ·有限点集与它的凸闭包 | 第87页 |
| ·有向多面体简介 | 第87-88页 |
| ·Delaunay图简介 | 第88-90页 |
| ·γ到达半径的定义 | 第90-91页 |
| 第三节 γ半径的计算分析 | 第91-93页 |
| 第四节 计算γ半径的算法 | 第93-99页 |
| ·算法分析 | 第93-96页 |
| ·算法描述 | 第96-97页 |
| ·路径回溯 | 第97页 |
| ·实例计算 | 第97-99页 |
| 第五节 结论与展望 | 第99-100页 |
| 第五章 结束语 | 第100-101页 |
| 参考文献 | 第101-110页 |
| 致谢 | 第110-111页 |
| 附录 Ⅰ 蛋白质序列数据集的PDB ID列表 | 第111-116页 |
| 附录 Ⅱ 网络资源 | 第116-117页 |
| 个人简历与科研成果 | 第117-120页 |