| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-17页 |
| ·课题背景 | 第12页 |
| ·国内外研究现状 | 第12-14页 |
| ·课题目标和意义 | 第14-15页 |
| ·将来的发展 | 第15页 |
| ·论文组织 | 第15-17页 |
| 第二章 相关理论基础 | 第17-36页 |
| ·生物信息学的生物学基础 | 第17-19页 |
| ·蛋白质的结构和功能 | 第17页 |
| ·蛋白质的分子组成 | 第17-18页 |
| ·蛋白质的结构层次 | 第18-19页 |
| ·蛋白质结构与功能关系 | 第19页 |
| ·序列分析与相似性搜索概述 | 第19-20页 |
| ·序列比对 | 第20-27页 |
| ·序列比对的原理 | 第20-21页 |
| ·字母表和序列 | 第21-23页 |
| ·编辑距离（Edit Distance） | 第23-24页 |
| ·通过点矩阵分析两条序列的相似之处 | 第24-26页 |
| ·序列的两两比对 | 第26-27页 |
| ·记分规则 | 第27-35页 |
| ·取代矩阵 | 第28-34页 |
| ·核酸打分矩阵 | 第28-29页 |
| ·蛋白质打分矩阵 | 第29-34页 |
| ·空位罚分 | 第34-35页 |
| ·小结 | 第35-36页 |
| 第三章 序列比对算法 | 第36-39页 |
| ·Smith-Waterman 算法 | 第36-37页 |
| ·FASTA 算法 | 第37页 |
| ·BLAST 算法 | 第37-38页 |
| ·算法评价 | 第38页 |
| ·多序列比对算法 | 第38页 |
| ·小结 | 第38-39页 |
| 第四章 基于模式驱动模式发现算法 | 第39-54页 |
| ·序列模式的研究意义 | 第39-40页 |
| ·相关术语介绍 | 第40-45页 |
| ·PROSITE 语言 | 第40-41页 |
| ·精确匹配与模糊匹配 | 第41页 |
| ·通过添加约束条件对模式进行分类 | 第41-42页 |
| ·模式评分：信息论 | 第42-43页 |
| ·泛化（generalization）和特化（specialization） | 第43页 |
| ·模式发现 | 第43-44页 |
| ·基于比较的方法（comparison based） | 第44-45页 |
| ·模式驱动的方法(pattern driven):Pratt | 第45-51页 |
| ·Pratt 算法相关集合定义 | 第46-47页 |
| ·预处理Preprocessing | 第47-48页 |
| ·查询Searching | 第48-49页 |
| ·算法 | 第49-51页 |
| ·实验及其结果与分析 | 第51-53页 |
| ·实验数据选取数据介绍 | 第51-52页 |
| ·实验结果与分析 | 第52-53页 |
| ·小结 | 第53-54页 |
| 第五章 模糊近似序列匹配 | 第54-60页 |
| ·模糊近似序列匹配 | 第54-57页 |
| ·序列分解 | 第54-55页 |
| ·序列模糊化 | 第55-57页 |
| ·事件模糊化 | 第55-56页 |
| ·间隔模糊化 | 第56页 |
| ·总长度模糊 | 第56-57页 |
| ·序列推导 | 第57页 |
| ·序列查找 | 第57页 |
| ·模糊近似序列匹配对 pratt 算法进行优化 | 第57-58页 |
| ·实验结果与分析 | 第58-59页 |
| ·实验数据选取 | 第58页 |
| ·实验结果与分析比较 | 第58-59页 |
| ·小结 | 第59-60页 |
| 第六章 总结与展望 | 第60-62页 |
| ·总结 | 第60-61页 |
| ·展望 | 第61-62页 |
| 致谢 | 第62-63页 |
| 参考文献 | 第63-67页 |
| 攻硕期间取得的研究成果 | 第67-68页 |
