| 摘要 | 第10-12页 |
| Abstract | 第12-14页 |
| 缩写词 | 第15-16页 |
| 第一章 前言 | 第16-32页 |
| 1 流感病毒概述 | 第16-22页 |
| 1.1 流感病毒的分型 | 第16-17页 |
| 1.2 流感病毒的感染过程 | 第17-18页 |
| 1.3 禽流感病毒疫情 | 第18-20页 |
| 1.4 流感病毒的治疗和药物 | 第20-22页 |
| 2 多肽药物的研究概述 | 第22-26页 |
| 2.1 多肽药物的来源与特点 | 第22-24页 |
| 2.2 多肽药物在国内外的发展近况 | 第24-25页 |
| 2.3 抗流感多肽药物的研究进展 | 第25-26页 |
| 3 计算机辅助的肽设计方法 | 第26-30页 |
| 3.1 概述 | 第26页 |
| 3.2 肽-蛋白质复合物结构解析方法 | 第26-27页 |
| 3.3 分子动力学模拟 | 第27页 |
| 3.4 肽-蛋白质对接算法 | 第27-29页 |
| 3.5 肽分子设计的构象采样方法 | 第29-30页 |
| 4 本论文研究内容,目的与意义 | 第30-32页 |
| 第二章 材料与方法 | 第32-44页 |
| 1 材料 | 第32-35页 |
| 1.1 主要仪器 | 第32-33页 |
| 1.2 主要试剂与材料 | 第33页 |
| 1.3 工作站和软件 | 第33-34页 |
| 1.4 常用溶液及试剂配制 | 第34-35页 |
| 2 方法 | 第35-44页 |
| 2.1 目的蛋白的纯化与性质分析 | 第35-37页 |
| 2.2 多肽结合活性分析方法 | 第37-39页 |
| 2.2.1 多肽竞争结合实验 | 第37页 |
| 2.2.2 等温滴定量热法测定多肽和蛋白质间相互作用(ITC) | 第37-38页 |
| 2.2.3 生物大分子相互作用分析系统(Biacore 3000) | 第38页 |
| 2.2.4 聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE) | 第38-39页 |
| 2.3 多肽设计的分子模拟方法 | 第39-44页 |
| 2.3.1 多肽结构模型构建 | 第39-40页 |
| 2.3.2 分子力学 | 第40页 |
| 2.3.3 分子动力学模拟方法 | 第40页 |
| 2.3.4 蒙特卡罗方法 | 第40-41页 |
| 2.3.5 基于受体蛋白结构的多肽设计 | 第41页 |
| 2.3.6 分子柔性对接技术 | 第41-42页 |
| 2.3.7 多肽-蛋白质复合物结构分析 | 第42-43页 |
| 2.3.8 结合自由能计算 | 第43-44页 |
| 第三章 结果与分析 | 第44-68页 |
| 第一部分 13D4Fab-VN1194HA复合物结构研究 | 第44-50页 |
| 1. 13D4-Fab及其与VN1194血凝素的复合物晶体结构分析 | 第44-46页 |
| 2. 13D4重链CDR区的变构契合现象 | 第46-47页 |
| 3. 分子动力学模拟13D4抗体HCDR3变构契合过程 | 第47-50页 |
| 4. 第一部分小结 | 第50页 |
| 第二部分 计算机辅助多肽分子的理性设计 | 第50-68页 |
| 1. 基于13D4抗体HCDR3的多肽设计尝试 | 第51-53页 |
| 2. 利用Rosetta的多肽设计 | 第53-58页 |
| 3. 游离状态下多肽分子的动力学模拟研究 | 第58-60页 |
| 4. 基于13D4 Fab-VN1194 HA复合物结构的多肽分子设计 | 第60-66页 |
| 5. 第二部分小结 | 第66-68页 |
| 讨论 | 第68-71页 |
| 1 13D4抗体HCDR3的变构契合现象 | 第68页 |
| 2 基于13D4抗体HCDR3区域的多肽药物分子的设计 | 第68-69页 |
| 3 多肽药物面临的挑战和前景 | 第69-71页 |
| 小结与展望 | 第71-73页 |
| 参考文献 | 第73-79页 |
| 致谢 | 第79-80页 |
| 附录 | 第80页 |
| 在校期间发表成果 | 第80页 |
