| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-7页 |
| 缩略词表 | 第8-9页 |
| 主要仪器表 | 第9-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-37页 |
| 1 干细胞的研究进展 | 第13-23页 |
| 1.1 干细胞的定义及分类 | 第13-14页 |
| 1.2 干细胞的分类 | 第14-15页 |
| 1.3 干细胞的研究进展及应用 | 第15-19页 |
| 1.4 禽类干细胞的研究进展 | 第19-23页 |
| 1.5 小结 | 第23页 |
| 2 干细胞向雄性生殖细胞分化的研究进展 | 第23-25页 |
| 2.1 胚胎干细胞向雄性生殖细胞分化 | 第24-25页 |
| 2.2 成体干细胞向雄性生殖细胞分化 | 第25页 |
| 3 基因芯片及RNA-seq技术的研究进展 | 第25-31页 |
| 3.1 基因芯片技术 | 第25-28页 |
| 3.2 RNA-seq技术 | 第28-31页 |
| 4 本研究的目的和意义 | 第31-32页 |
| 5 参考文献 | 第32-37页 |
| 第二章 鸡胚ESCs、PGCs及SSCs分离与鉴定 | 第37-50页 |
| 1 材料与方法 | 第37-41页 |
| 1.1 实验材料 | 第37页 |
| 1.2 试剂 | 第37-38页 |
| 1.3 主要仪器和设备 | 第38页 |
| 1.4 鸡胚胎干细胞的分离与鉴定 | 第38-39页 |
| 1.5 鸡原始生殖细胞的分离与鉴定 | 第39页 |
| 1.6 鸡精原干细胞的分离与鉴定 | 第39-40页 |
| 1.7 细胞的性别鉴定 | 第40-41页 |
| 1.8 干细胞比例的计算 | 第41页 |
| 1.9 细胞的流式细胞筛选 | 第41页 |
| 2 结果 | 第41-47页 |
| 2.1 ESCs的鉴定 | 第41-43页 |
| 2.2 PGCs的鉴定 | 第43-44页 |
| 2.3 SSCs的鉴定 | 第44-45页 |
| 2.4 细胞的性别鉴定 | 第45页 |
| 2.5 传统方法干细胞比例的计算 | 第45-46页 |
| 2.6 流式分选结果 | 第46页 |
| 2.7 抗体标记效率分析 | 第46-47页 |
| 3 讨论 | 第47-49页 |
| 3.1 鸡胚盘分离方法比较 | 第47页 |
| 3.2 多种干细胞分离方法比较 | 第47-48页 |
| 3.3 多种抗体标记效率比较 | 第48-49页 |
| 3.4 流式细胞分选方法优势 | 第49页 |
| 4 本章小结 | 第49页 |
| 5 参考文献 | 第49-50页 |
| 第三章 基于Microarray技术筛选和分析关键基因 | 第50-70页 |
| 1 材料与方法 | 第50-55页 |
| 1.1 实验材料 | 第50页 |
| 1.2 主要试剂 | 第50页 |
| 1.3 主要仪器和设备 | 第50页 |
| 1.4 总RNA提取和纯化 | 第50页 |
| 1.5 cDNA第一链和第二链一步法合成 | 第50-51页 |
| 1.6 荧光标记cRNA合成 | 第51-52页 |
| 1.7 cRNA纯化 | 第52页 |
| 1.8 cRNA纯化浓度测定 | 第52页 |
| 1.9 荧光分子浓度及掺入率计算 | 第52页 |
| 1.10 cRNA样品片段化和芯片杂交(4×44Kmicroarrays) | 第52-53页 |
| 1.11 芯片洗涤 | 第53页 |
| 1.12 芯片扫描 | 第53页 |
| 1.13 芯片数据的荧光定量PCR验证 | 第53-54页 |
| 1.14 数据分析 | 第54-55页 |
| 2 结果 | 第55-66页 |
| 2.1 RNA的抽提与质量检测 | 第55-56页 |
| 2.2 芯片的数据质量控制 | 第56页 |
| 2.3 差异基因的筛选和聚类分析 | 第56-63页 |
| 2.4 差异基因表达KEGG分析 | 第63-64页 |
| 2.5 荧光定量PCR验证 | 第64-66页 |
| 3 讨论 | 第66-68页 |
| 3.1 生殖细胞分化关键基因筛选 | 第66-67页 |
| 3.2 差异表达基因的功能分析 | 第67-68页 |
| 4 本章小结 | 第68页 |
| 5 参考文献 | 第68-70页 |
| 第四章 基于RNA-seq技术筛选和分析关键基因 | 第70-123页 |
| 1 材料和方法 | 第70-75页 |
| 1.1 实验材料 | 第70页 |
| 1.2 主要试剂 | 第70页 |
| 1.3 主要仪器和设备 | 第70页 |
| 1.4 细胞分离纯化 | 第70-71页 |
| 1.5 总RNA提取和检测 | 第71页 |
| 1.6 转录组测序 | 第71页 |
| 1.7 RNA-seq数据分析流程 | 第71-75页 |
| 1.8 荧光定量PCR验证 | 第75页 |
| 2 结果 | 第75-118页 |
| 2.1 RNA的提取与质量检测 | 第75-76页 |
| 2.2 产量统计 | 第76页 |
| 2.3 测序质量评估 | 第76-77页 |
| 2.4 测序饱和度分析 | 第77-78页 |
| 2.5 测序随机性分析 | 第78页 |
| 2.6 基因覆盖度统计 | 第78-79页 |
| 2.7 差异表达基因(DEGs)分析 | 第79-84页 |
| 2.8 组间差异基因分析 | 第84-117页 |
| 2.9 荧光定量PCR验证 | 第117-118页 |
| 3 讨论 | 第118-120页 |
| 3.1 分化过程中差异基因分析 | 第118-119页 |
| 3.2 分化过程中差异信号通路分析 | 第119页 |
| 3.3 DNA甲基化修饰 | 第119-120页 |
| 4 本章小结 | 第120-121页 |
| 5 参考文献 | 第121-123页 |
| 第五章 候选特异基因的初步研究 | 第123-141页 |
| 1 材料与方法 | 第123-124页 |
| 1.1 候选特异基因的生物信息学分析 | 第123-124页 |
| 2 结果 | 第124-139页 |
| 2.1 候选特异基因生物信息学分析结果 | 第124-139页 |
| 3 讨论 | 第139-140页 |
| 4 本章小结 | 第140页 |
| 5 参考文献 | 第140-141页 |
| 全文结论 | 第141-143页 |
| 全文创新点 | 第143-144页 |
| 致谢 | 第144-145页 |
| 博士期间发表的论文 | 第145-146页 |
