基于太湖之光的可扩展分子模拟算法研究与实现
| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 第1章 绪论 | 第11-15页 |
| 1.1 研究目的与意义 | 第11-12页 |
| 1.2 论文主要研究贡献 | 第12页 |
| 1.3 国内外研究现状 | 第12-14页 |
| 1.4 论文组织结构 | 第14-15页 |
| 第2章 系统架构和模型 | 第15-21页 |
| 2.1 系统架构 | 第15页 |
| 2.2 SW26010处理器 | 第15-18页 |
| 2.3 高速互连网络 | 第18-20页 |
| 2.4 辅助互连网络 | 第20页 |
| 2.5 本章小结 | 第20-21页 |
| 第3章 基于太湖之光的可行性分析 | 第21-26页 |
| 3.1 分子动力学 | 第21-23页 |
| 3.2 太湖之光特殊阵列模式(集合模式) | 第23-24页 |
| 3.3 软件对DMA模式的需求情况 | 第24页 |
| 3.4 本章小结 | 第24-26页 |
| 第4章 分子动力学算法构建及优化 | 第26-33页 |
| 4.1 邻居列表的构建 | 第26-27页 |
| 4.2 力计算 | 第27页 |
| 4.3 粒子簇算法 | 第27-32页 |
| 4.4 本章小结 | 第32-33页 |
| 第5章 分子动力学模拟仿真并行扩展及其优化 | 第33-45页 |
| 5.1 代码在CPE集群上的移植 | 第33-34页 |
| 5.2 从核并行化 | 第34-37页 |
| 5.3 访存优化 | 第37-41页 |
| 5.4 手动预取 | 第41-42页 |
| 5.5 向量化操作 | 第42-44页 |
| 5.6 本章小结 | 第44-45页 |
| 第6章 实验结果分析 | 第45-51页 |
| 6.1 实验设置 | 第45页 |
| 6.2 性能评估 | 第45-46页 |
| 6.3 多节点间性能 | 第46-49页 |
| 6.4 本章小结 | 第49-51页 |
| 结论 | 第51-53页 |
| 参考文献 | 第53-58页 |
| 致谢 | 第58-59页 |
| 附录 A 发表论文和参加科研情况说明 | 第59页 |
