| 中文摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 第1章 绪论 | 第14-27页 |
| 1.1 内生真菌与宿主共生和腐生的研究进展 | 第14-19页 |
| 1.2 餐厨垃圾资源化应用研究进展 | 第19-23页 |
| 1.2.1 无害化处理 | 第19-20页 |
| 1.2.2 肥料化处理 | 第20-21页 |
| 1.2.2.1 好氧堆肥法 | 第20页 |
| 1.2.2.2 蚯蚓堆肥法 | 第20-21页 |
| 1.2.3 能源化处理 | 第21-23页 |
| 1.2.3.1 厌氧消化法 | 第21-22页 |
| 1.2.3.2 生物发酵制氢技术 | 第22页 |
| 1.2.3.3 生产生物柴油技术 | 第22-23页 |
| 1.2.4 总结与展望 | 第23页 |
| 1.3 秸秆处理现状 | 第23-24页 |
| 1.4 漆酶土壤修复研究现状 | 第24-25页 |
| 1.5 本研究的研究目的、立题依据和研究内容 | 第25-27页 |
| 第2章 内生真菌B3转录组测序及基因功能注释 | 第27-48页 |
| 2.1 材料与方法 | 第27-32页 |
| 2.1.1 B3菌株的培养 | 第27-28页 |
| 2.1.2 水稻愈伤与B3共生体系的建立 | 第28-29页 |
| 2.1.3 水稻凋落物与B3腐生体系的建立 | 第29页 |
| 2.1.4 Trizol法提取真菌总RNA | 第29-30页 |
| 2.1.5 RNA的质量检测 | 第30页 |
| 2.1.6 测序文库的构建 | 第30-31页 |
| 2.1.7 转录组数据处理 | 第31页 |
| 2.1.8 序列组装 | 第31页 |
| 2.1.9 基因功能注释 | 第31-32页 |
| 2.1.10 预测编码蛋白框CDS | 第32页 |
| 2.2 结果与分析 | 第32-43页 |
| 2.2.1 RNA的质量检测 | 第32页 |
| 2.2.2 测序产量统计 | 第32-33页 |
| 2.2.3 Trinity组装及分析 | 第33-34页 |
| 2.2.4 基因功能注释 | 第34-35页 |
| 2.2.5 NR注释 | 第35-36页 |
| 2.2.6 GO功能注释 | 第36-39页 |
| 2.2.7 COG注释 | 第39-40页 |
| 2.2.8 Pathway注释 | 第40-41页 |
| 2.2.9 Unigene编码蛋白框(CDS)预测 | 第41-43页 |
| 2.3 讨论 | 第43-48页 |
| 2.3.1 转录组测序评估 | 第43-45页 |
| 2.3.2 枫香拟茎点霉碳水化合物代谢相关基因 | 第45-48页 |
| 第3章 内生真菌B3共生和腐生状态的数字基因表达谱分析 | 第48-79页 |
| 3.1 材料与方法 | 第48-54页 |
| 3.1.1 B3菌株的培养 | 第48页 |
| 3.1.2 水稻愈伤与B3共生体系的建立 | 第48页 |
| 3.1.3 水稻凋落物与B3腐生体系的建立 | 第48页 |
| 3.1.4 真菌总RNA的提取 | 第48页 |
| 3.1.5 表达谱测序 | 第48-50页 |
| 3.1.6 表达谱数据处理 | 第50页 |
| 3.1.7 基因表达注释 | 第50页 |
| 3.1.8 差异表达基因分析 | 第50-51页 |
| 3.1.9 差异基因表达模式聚类分析 | 第51页 |
| 3.1.10 差异表达基因的GO显著性富集分析 | 第51-52页 |
| 3.1.11 差异表达基因的Pathway显著性富集分析 | 第52页 |
| 3.1.12 基因表达的qRT-PCR验证 | 第52-54页 |
| 3.1.12.1 引物的设计与合成 | 第52-53页 |
| 3.1.12.2 RNA提取 | 第53页 |
| 3.1.12.3 cDNA合成 | 第53页 |
| 3.1.12.4 荧光定量PCR反应 | 第53-54页 |
| 3.2 结果与分析 | 第54-70页 |
| 3.2.1 测序评估 | 第54-58页 |
| 3.2.1.1 测序质量评估 | 第54页 |
| 3.2.1.2 Clean tag拷贝数分布统计 | 第54-55页 |
| 3.2.1.3 测序饱和度分析 | 第55-56页 |
| 3.2.1.4 Clean tag比对统计 | 第56-58页 |
| 3.2.2 差异表达基因分析 | 第58页 |
| 3.2.3 差异基因表达模式聚类分析 | 第58-60页 |
| 3.2.3.1 三种对比方式差异基因的交集 | 第58-59页 |
| 3.2.3.2 三种对比方式差异基因的并集 | 第59-60页 |
| 3.2.4 差异表达基因的GO显著性富集分析 | 第60-63页 |
| 3.2.5 差异表达基因的Pathway显著性富集分析 | 第63-68页 |
| 3.2.5.1 空白对照的真菌B3 VS腐生的真菌B3 | 第63-67页 |
| 3.2.5.2 空白对照的真菌B3 VS共生的真菌B3 | 第67页 |
| 3.2.5.3 腐生的真菌B3 VS共生的真菌B3 | 第67-68页 |
| 3.2.6 基因表达的qRT-PCR验证 | 第68-70页 |
| 3.3 讨论 | 第70-79页 |
| 3.3.1 B3菌在共生条件下的代谢变化 | 第70-74页 |
| 3.3.1.1 次生代谢产物大量合成 | 第70-71页 |
| 3.3.1.2 核糖体显著合成 | 第71页 |
| 3.3.1.3 Citrate cycle途径基因表达上调 | 第71-74页 |
| 3.3.2 B3菌在腐生条件下的代谢变化 | 第74-79页 |
| 3.3.2.1 难降解有机化合物的降解代谢能力增强 | 第74页 |
| 3.3.2.2 糖代谢能力增强 | 第74-79页 |
| 第4章 内生真菌B3产漆酶分批发酵动力学 | 第79-88页 |
| 4.1 材料与方法 | 第79-80页 |
| 4.1.1 B3菌株的培养 | 第79页 |
| 4.1.2 培养基和试剂 | 第79-80页 |
| 4.1.3 样品收集 | 第80页 |
| 4.1.4 生物量测定 | 第80页 |
| 4.1.5 漆酶酶活力测定 | 第80页 |
| 4.1.6 蔗糖质量浓度测定 | 第80页 |
| 4.2 结果与讨论 | 第80-87页 |
| 4.2.1 内生真菌枫香拟茎点霉B3发酵产漆酶曲线 | 第80-81页 |
| 4.2.2 内生真菌枫香拟茎点霉B3发酵动力学模型的建立 | 第81-83页 |
| 4.2.2.1 菌体生长动力学模型 | 第81-82页 |
| 4.2.2.2 漆酶生成动力学模型 | 第82页 |
| 4.2.2.3 基质消耗动力学模型 | 第82-83页 |
| 4.2.3 发酵动力学模型参数求解 | 第83-86页 |
| 4.2.3.1 菌体生长动力学模型 | 第83-84页 |
| 4.2.3.2 漆酶生成动力学模型 | 第84-85页 |
| 4.2.3.3 基质消耗动力学模型 | 第85-86页 |
| 4.2.4 模型的验证 | 第86-87页 |
| 4.3 结论 | 第87-88页 |
| 第5章 餐厨垃圾和麦秸作为氮碳源培养内生真菌B3产漆酶 | 第88-104页 |
| 5.1 材料与方法 | 第89-95页 |
| 5.1.1 菌种 | 第89页 |
| 5.1.2 材料和成分分析 | 第89页 |
| 5.1.3 培养基和培养条件 | 第89-90页 |
| 5.1.4 漆酶酶活力测定 | 第90页 |
| 5.1.5 响应面法 | 第90页 |
| 5.1.6 培养基优化 | 第90-92页 |
| 5.1.7 培养条件优化 | 第92-95页 |
| 5.1.8 统计分析 | 第95页 |
| 5.1.9 模型验证 | 第95页 |
| 5.2 结果与分析 | 第95-102页 |
| 5.2.1 材料和成分分析 | 第95-96页 |
| 5.2.2 培养基优化 | 第96-98页 |
| 5.2.3 培养基条件优化 | 第98-102页 |
| 5.2.4 模型验证 | 第102页 |
| 5.3 讨论 | 第102-104页 |
| 第6章 内生真菌B3产漆酶对连作花生土壤的酚酸降解 | 第104-118页 |
| 6.1 材料与方法 | 第105-107页 |
| 6.1.1 菌种 | 第105页 |
| 6.1.2 材料 | 第105页 |
| 6.1.3 扩大培养 | 第105页 |
| 6.1.4 样品采集 | 第105-106页 |
| 6.1.5 花生植株农艺指标测定 | 第106页 |
| 6.1.6 土壤中酚酸测定 | 第106页 |
| 6.1.7 DNA提取和PCR扩增 | 第106-107页 |
| 6.1.8 DGGE分析 | 第107页 |
| 6.1.9 统计分析 | 第107页 |
| 6.2 结果与分析 | 第107-116页 |
| 6.2.1 土壤中的酚酸浓度 | 第107-111页 |
| 6.2.2 根际土壤微生物区系DGGE分析 | 第111-115页 |
| 6.2.3 花生幼苗的农艺指标 | 第115-116页 |
| 6.3 讨论 | 第116-118页 |
| 全文小结与展望 | 第118-120页 |
| 附录A | 第120-121页 |
| 附录B | 第121-122页 |
| 附录C | 第122-123页 |
| 参考文献 | 第123-139页 |
| 在读期间发表的学术论文及研究成果 | 第139-140页 |
| 在读期间所获荣誉 | 第140-141页 |
| 致谢 | 第141页 |
