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PRRSV感染和干扰素刺激猪肺泡巨噬细胞的比较转录组学分析

摘要第5-8页
Abstract第8-11页
缩略词表第19-21页
第一章 引言第21-27页
    1.1 国内外研究现状第21-22页
    1.2 研究的目的和意义第22-23页
    1.3 研究内容与技术路线第23-26页
        1.3.1 研究内容第23-24页
        1.3.2 技术路线第24-26页
    1.4 研究目标第26-27页
第二章 猪繁殖与呼吸综合征病毒感染猪肺泡巨噬细胞的转录组学分析第27-73页
    2.1 前言第27-29页
    2.2 材料与方法第29-34页
        2.2.1 材料第29-31页
        2.2.2 方法第31-34页
    2.3 结果与分析第34-69页
        2.3.1 PRRSV的浓缩及样品准备第34页
        2.3.2 PRRSV感染各组猪肺泡巨噬细胞RNA的质量检测第34-35页
        2.3.3 PRRSV感染各组样品深度测序原始数据的质量评估第35-37页
        2.3.4 PRRSV感染各组测序原始数据去低质量处理及分析第37-38页
        2.3.5 PRRSV感染各组过滤数据中已知核糖体RNA的去除第38-39页
        2.3.6 PRRSV感染各组与参考基因组的比对及全基因组reads分布图谱分析第39-40页
        2.3.7 PRRSV感染各组注释mRNA的鉴定及表达差异分析第40-43页
        2.3.8 PRRSV感染各组间差异基因的Gene Ontology(GO)基因功能富集分析第43-48页
        2.3.9 PRRSV感染各组间差异基因的KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)生物通路富集分析第48-52页
        2.3.10 PRRSV感染过程中PAMs免疫相关基因的转录分析第52-62页
        2.3.11 PRRSV感染各组注释lncRNA的鉴定及表达差异分析第62-63页
        2.3.12 PRRSV感染各组新lncRNA的鉴定及表达差异分析第63-65页
        2.3.13 PRRSV感染过程中显著变化lncRNAs的功能预测第65-67页
        2.3.14 测序结果的部分验证第67-69页
    2.4 讨论第69-71页
    2.5 小结第71-73页
第三章 干扰素刺激猪肺泡巨噬细胞的转录组学分析第73-109页
    3.1 前言第73-74页
    3.2 材料与方法第74-77页
        3.2.1 材料第74-75页
        3.2.2 方法第75-77页
    3.3 结果与分析第77-106页
        3.3.1 IFN-α刺激浓度的摸索第77-78页
        3.3.2 IFN-α刺激各组猪肺泡巨噬细胞内RNA的质量检测第78-79页
        3.3.3 IFN-α刺激各组样品深度测序原始数据的质量评估第79页
        3.3.4 IFN-α刺激各组测序原始数据去低质量处理及分析第79-81页
        3.3.5 IFN-α刺激各组过滤数据中已知核糖体RNA的去除第81页
        3.3.6 IFN-α刺激各组与参考基因组的比对及全基因组reads分布图谱分析第81-82页
        3.3.7 IFN-α刺激各组注释mRNA的鉴定及表达差异分析第82-83页
        3.3.8 IFN-α刺激各组间差异基因的Gene Ontology(GO)基因功能富集分析第83-86页
        3.3.9 IFN-α刺激各组间差异基因的KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)生物通路富集分析第86-89页
        3.3.10 IFN-α刺激过程中影响猪肺泡巨噬细胞免疫功能的基因分析第89-94页
        3.3.11 IFN-α刺激各组注释lncRNA的鉴定及表达差异分析第94-95页
        3.3.12 IFN-α刺激各组新lncRNA的鉴定及表达差异分析第95-97页
        3.3.13 IFN-α刺激过程中PAMs中显著上调的已知lncRNAs的功能预测第97-105页
        2.3.14 测序结果的部分验证第105-106页
    3.4 讨论第106-107页
    3.5 小结第107-109页
第四章 猪繁殖与呼吸综合征病毒感染与猪源干扰素刺激猪肺泡巨噬细胞的转录组学差异分析第109-121页
    4.1 前言第109-110页
    4.2 结果与分析第110-118页
        4.2.1 PRRSV感染与IFN-α刺激组间显著变化基因的比较第110-113页
        4.2.2 IFN-α刺激6h组与PRRSV感染9h组转录差异分析第113-118页
    4.3 讨论第118-120页
    4.5 小结第120-121页
第五章 影响猪繁殖与呼吸综合征病毒非结构蛋白在细胞内定位的基序的鉴定及功能分析第121-160页
    5.1 前言第122-123页
    5.2 材料与方法第123-139页
        5.2.1 材料第123-125页
        5.2.2 方法第125-139页
    5.3 结果与分析第139-157页
        5.3.1 PRRSV JXwn6 Nsp1β赖氨酸突变质粒的构建及其蛋白表达鉴定第139-140页
        5.3.2 PRRSV JXwn6 Nsp1β单点赖氨酸突变质粒的构建及其蛋白表达鉴定第140-142页
        5.3.3 PRRSV Nsp1β GKYLQRRLQ基序氨基酸突变对剪切带产生的影响第142页
        5.3.4 PRRSV Nsp1β第124位临近氨基酸突变对剪切带产生的影响第142-143页
        5.3.5 PRRSV Nsp1β第124位赖氨酸突变对剪切带产生的影响第143页
        5.3.6 激光共聚焦检测Nsp1β第124位赖氨基酸突变体对其细胞内定位的影响第143-144页
        5.3.7 双荧光素报告系统检测Nsp1β关键氨基酸突变对其抑制IFN-β转录活性的影响第144-145页
        5.3.8 PRRSV Nsp1β第200位赖氨酸突变对修饰条带产生的影响第145页
        5.3.9 PRRSV Nsp1β第200位赖氨酸突变为甘氨酸和丙氨酸对其细胞定位的影响第145-146页
        5.3.10 PRRSV Nsp1β的C端延伸域缺失对其细胞定位的影响第146页
        5.3.11 PRRSV JXwn06 Nsp1β C端延伸域氨基酸三点突变质粒的构建及细胞定位分析第146-148页
        5.3.12 PRRSV JXwn06 Nsp1β第194至197位,第201至203位氨基酸单点突变质粒的构建及细胞定位分析第148-149页
        5.3.13 PRRSV Ⅰ型和Ⅱ型经典毒株Nsp1β FxFxxxKWYG基序的鉴定第149-150页
        5.3.14 Nsp1β FxFxxxKWYG基序缺失对其细胞定位的影响第150-151页
        5.3.15 双荧光素报告系统检测Nsp1β FxFxxxKWYG基序中关键氨基酸突变对其抑制IFN-β转录活性的影响第151-152页
        5.3.16 动脉炎病毒Nsp1/Nsp1β/Nsp1αβ C末端氨基酸序列比较第152页
        5.3.17 PRRSV JXwn06 Nsp1β突变体真核表达载体的构建第152-153页
        5.3.18 表达Nsp1β各突变体的JXwn06全长cDNA质粒的构建第153页
        5.3.19 PRRSV JXwn06 Nsp1β各突变体病毒的拯救第153-154页
        5.3.20 PRRSV JXwn06 Nsp1β各突变体拯救病毒的鉴定第154页
        5.3.21 拯救病毒在MARC-145细胞上的增殖特性第154-155页
        5.3.22 拯救病毒感染MARC-145细胞不同时相Nsp1β的细胞定位分析第155-157页
    5.4 讨论第157-159页
    5.5 小结第159-160页
第六章 结论第160-161页
第七章 创新点第161-162页
第八章 文献综述 猪繁殖与呼吸综合征病毒感染猪肺泡巨噬细胞的组学研究第162-171页
    8.1 猪繁殖与呼吸综合征病毒和猪肺泡巨噬细胞第162-163页
    8.2 与PRRSV和PAM相互作用相关的转录组学研究第163-168页
    8.3 与PRRSV和PAM相互作用相关的蛋白组学研究第168-170页
    8.4 总结与展望第170-171页
参考文献第171-185页
致谢第185-187页
附录第187-213页
作者简历第213页

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