| 中文摘要 | 第5-8页 |
| 英文摘要 | 第8-10页 |
| 第1章 绪论 | 第14-28页 |
| 1.1 TRIM蛋白 | 第14-21页 |
| 1.1.1 TRIM蛋白的结构与功能 | 第14-17页 |
| 1.1.2 TRIM蛋白的晶体结构模型 | 第17-18页 |
| 1.1.3 TRIM蛋白在先天免疫中的功能 | 第18-20页 |
| 1.1.4 鱼类TRIM蛋白的研究现状 | 第20-21页 |
| 1.2 干扰素的研究 | 第21-28页 |
| 1.2.1 Ⅰ型IFN | 第22-24页 |
| 1.2.2 Ⅱ型IFN | 第24-25页 |
| 1.2.3 Ⅲ型IFN | 第25-28页 |
| 第二章 草鱼finTRIM基因生物信息分析与表达 | 第28-45页 |
| 2.1 前言 | 第28页 |
| 2.2 材料与方法 | 第28-33页 |
| 2.2.1 主要仪器设备 | 第28-29页 |
| 2.2.2 试剂盒与试剂溶液 | 第29页 |
| 2.2.3 实验菌株与载体 | 第29页 |
| 2.2.4 试验材料 | 第29页 |
| 2.2.5 主要溶液配置 | 第29-30页 |
| 2.2.6 基因序列分析 | 第30-31页 |
| 2.2.7 系统进化树构建和蛋白序列相似率 | 第31页 |
| 2.2.8 内含子时相和蛋白质结构预测 | 第31页 |
| 2.2.9 草鱼组织DNA的提取 | 第31页 |
| 2.2.10 序列的验证 | 第31-32页 |
| 2.2.11 总RNA的提取 | 第32页 |
| 2.2.12 反转录 | 第32页 |
| 2.2.13 荧光定量PCR检测 | 第32-33页 |
| 2.3 结果 | 第33-43页 |
| 2.3.1 系统进化与蛋白相似率分析 | 第33-35页 |
| 2.3.2 序列比对、蛋白质结构预测和内含子时相分析 | 第35-41页 |
| 2.3.3 组织表达结果 | 第41-43页 |
| 2.4 讨论 | 第43-45页 |
| 第三章 斑马鱼finTRIM基因的表达特征分析 | 第45-52页 |
| 3.1 前言 | 第45页 |
| 3.2 材料与方法 | 第45-47页 |
| 3.2.1 细胞、病毒和斑马鱼样品 | 第45页 |
| 3.2.2 主要仪器设备试剂盒与试剂溶液 | 第45页 |
| 3.2.3 细胞的复苏 | 第45-46页 |
| 3.2.4 细胞的培养与传代 | 第46页 |
| 3.2.5 细胞的冻存 | 第46页 |
| 3.2.6 GCRV和SVCV的培养 | 第46页 |
| 3.2.7 病毒滴度测定 | 第46页 |
| 3.2.8 病毒刺激试验 | 第46-47页 |
| 3.2.9 总RNA的提取 | 第47页 |
| 3.2.10 反转录 | 第47页 |
| 3.2.11 荧光定量PCR检测 | 第47页 |
| 3.2.12 数据分析 | 第47页 |
| 3.3 结果 | 第47-50页 |
| 3.3.1 胚胎发育表达结果 | 第47-48页 |
| 3.3.2 组织表达结果 | 第48-49页 |
| 3.3.3 斑马鱼ZF4细胞GCRV和SVCV病毒诱导表达 | 第49-50页 |
| 3.4 讨论 | 第50-52页 |
| 第四章 达氏鲟比较转录组分析 | 第52-74页 |
| 4.1 前言 | 第52页 |
| 4.2 材料与方法 | 第52-54页 |
| 4.2.1 试验鱼的获取与处理 | 第52-53页 |
| 4.2.2 主要一起设备、试剂盒与试剂 | 第53页 |
| 4.2.3 总RNA的提取和cDNA文库的构建 | 第53页 |
| 4.2.4 测序数据加工与组装 | 第53页 |
| 4.2.5 功能注释与聚类 | 第53-54页 |
| 4.2.6 差异表达基因分析、GO和KEGG富集分析 | 第54页 |
| 4.2.7 系统进化树的构建与结构域预测 | 第54页 |
| 4.2.8 SSRs和SNPs检测 | 第54页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第54-73页 |
| 4.3.1 转录组组装、注释与分析 | 第54-56页 |
| 4.3.2 公共数据库的比对和unigenes注释 | 第56-58页 |
| 4.3.3 GO、KOG和KEGG功能注释与聚类 | 第58-62页 |
| 4.3.4 免疫相关差异表达基因和信号通路 | 第62-66页 |
| 4.3.5 Toll-like受体信号通路 | 第66-70页 |
| 4.3.6 趋化因子信号通路 | 第70-71页 |
| 4.3.7 补体和凝血级联反应 | 第71页 |
| 4.3.8 RIG-I-like和NOD-like受体信号通路 | 第71页 |
| 4.3.9 SSRs和SNPs分析 | 第71-73页 |
| 4.4 总结 | 第73-74页 |
| 第五章 达氏鲟IFN-γ、IFN-e1、IFN-e2和IFN-e3的表达分析 | 第74-87页 |
| 5.1 前言 | 第74页 |
| 5.2 材料与方法 | 第74-79页 |
| 5.2.1 样品的收集 | 第74-75页 |
| 5.2.2 RACE和序列验证 | 第75-76页 |
| 5.2.3 基因结构的扩增 | 第76页 |
| 5.2.4 系统进化树的构建 | 第76页 |
| 5.2.5 原代细胞的分离与培养 | 第76-77页 |
| 5.2.6 polyI:C和LPS的诱导 | 第77页 |
| 5.2.7 总RNA的提取 | 第77页 |
| 5.2.8 反转录 | 第77页 |
| 5.2.9 荧光定量检测 | 第77页 |
| 5.2.10 数据分析 | 第77页 |
| 5.2.11 序列登录号 | 第77-79页 |
| 5.3 结果 | 第79-84页 |
| 5.3.1 系统进化树和基因结构分析 | 第79-80页 |
| 5.3.2 胚胎发育表达结果 | 第80-81页 |
| 5.3.3 组织表达结构 | 第81-82页 |
| 5.3.4 polyI:C和LPS诱导表达结果 | 第82-84页 |
| 5.4 讨论 | 第84-87页 |
| 致谢 | 第87-88页 |
| 参考文献 | 第88-117页 |
| 个人简介 | 第117-118页 |
