| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 1 绪论 | 第11-24页 |
| 1.1 研究背景和意义 | 第11-13页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第13-19页 |
| 1.2.1 直接删除和忽略间隔位点的处理 | 第13-15页 |
| 1.2.2 融合间隔位点的5-状态模型的处理 | 第15-17页 |
| 1.2.3 融合间隔位点的改进5-状态模型的处理 | 第17-19页 |
| 1.2.4 其它处理方法 | 第19页 |
| 1.3 研究内容及技术路线 | 第19-23页 |
| 1.3.1 研究内容 | 第19-20页 |
| 1.3.2 技术路线 | 第20-22页 |
| 1.3.3 论文可行性分析 | 第22-23页 |
| 1.4 本章小结 | 第23-24页 |
| 2 系统发育树的重建及检验 | 第24-31页 |
| 2.1 系统发育树相关概念 | 第24-25页 |
| 2.2 系统发育树重建方法 | 第25-28页 |
| 2.2.1 邻接法 | 第25-26页 |
| 2.2.2 最大似然法 | 第26-28页 |
| 2.3 修剪算法 | 第28-29页 |
| 2.4 重建树拓扑的可靠性检验 | 第29页 |
| 2.5 本章小结 | 第29-31页 |
| 3 间隔位点的缺失数据处理原理及方法 | 第31-40页 |
| 3.1 最小进化原理 | 第31-32页 |
| 3.2 最近邻插补法 | 第32-35页 |
| 3.2.1 最近邻插补的一般方法 | 第32-33页 |
| 3.2.2 间隔位点的核苷酸最近邻插补 | 第33-35页 |
| 3.3 最大似然法插补方法 | 第35-38页 |
| 3.3.1 最大似然估计 | 第35-36页 |
| 3.3.2 间隔位点的核苷酸最大似然法插补 | 第36-38页 |
| 3.4 插补方法的有效性评估 | 第38页 |
| 3.5 本章小结 | 第38-40页 |
| 4 序列间进化距离估算测试与分析 | 第40-53页 |
| 4.1 真实同源DNA序列的测试分析 | 第40-47页 |
| 4.1.1 七种猿类的线粒体DNA全序列 | 第40-43页 |
| 4.1.2 六种睡莲科植物核糖体DNA内转录间隔区序列 | 第43-45页 |
| 4.1.3 八种侧耳属真菌25S rRNA序列 | 第45-47页 |
| 4.2 不同间隔处理方法的比较分析 | 第47-52页 |
| 4.3 本章小结 | 第52-53页 |
| 5 分子系统发育重建测试与分析 | 第53-59页 |
| 5.1 虚拟同源DNA序列数据的产生 | 第53-54页 |
| 5.2 不同间隔处理方法的比较分析 | 第54-58页 |
| 5.3 本章小结 | 第58-59页 |
| 6 总结与展望 | 第59-61页 |
| 6.1 总结 | 第59页 |
| 6.2 创新点 | 第59-60页 |
| 6.3 展望 | 第60-61页 |
| 参考文献 | 第61-66页 |
| 附录 同源DNA比对序列间隔插补前后对照 | 第66-70页 |
| 攻读学位期间的学术论文与研究成果 | 第70-71页 |
| 致谢 | 第71页 |