| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 主要符号表 | 第11-13页 |
| 第1章 前言 | 第13-27页 |
| 1.1 线粒体基因组及分子系统发生学 | 第13-14页 |
| 1.1.1 线粒体基因组 | 第13页 |
| 1.1.2 分子系统发生学 | 第13-14页 |
| 1.2 转录组简介 | 第14-16页 |
| 1.2.1 转录组 | 第14页 |
| 1.2.2 转录组学 | 第14-15页 |
| 1.2.3 组学研究现状 | 第15-16页 |
| 1.3 测序技术进展及其在转录组学中的应用 | 第16-22页 |
| 1.3.1 转录组研究的基本方法 | 第16-18页 |
| 1.3.2 高通量测序技术 | 第18-21页 |
| 1.3.3 转录组测序(RNA-Seq)技术 | 第21-22页 |
| 1.4 线粒体转录组作图研究 | 第22-24页 |
| 1.4.1 线粒体基因组概述 | 第22-23页 |
| 1.4.2 线粒体转录组概述 | 第23页 |
| 1.4.3 线粒体转录组作图 | 第23-24页 |
| 1.5 黑胫钩额螽及螽亚目昆虫研究进展 | 第24-26页 |
| 1.5.1 螽亚目昆虫研究概述 | 第24-25页 |
| 1.5.2 黑胫钩额螽及其研究现状 | 第25-26页 |
| 1.6 本课题的研究目的和意义 | 第26-27页 |
| 第2章 黑胫钩额螽的线粒体基因组测序分析 | 第27-41页 |
| 2.1 实验材料 | 第27-29页 |
| 2.1.1 实验标本 | 第27页 |
| 2.1.2 实验仪器与试剂 | 第27-29页 |
| 2.2 实验方法 | 第29-32页 |
| 2.2.1 总DNA的提取 | 第29页 |
| 2.2.2 PCR扩增及引物设计 | 第29-31页 |
| 2.2.3 基因测序及序列拼接 | 第31页 |
| 2.2.4 序列注释及分析 | 第31页 |
| 2.2.5 螽亚目系统发育树的构建 | 第31-32页 |
| 2.3 结果与分析 | 第32-37页 |
| 2.3.1 黑胫钩额螽全线粒体基因组分析 | 第32-36页 |
| 2.3.2 螽亚目谱系基因组学分析 | 第36-37页 |
| 2.4 讨论 | 第37-41页 |
| 2.4.1 黑胫钩额螽的线粒体基因组序列特征 | 第37-38页 |
| 2.4.2 螽亚目的谱系基因组学分析 | 第38-41页 |
| 第3章 黑胫钩额螽的转录组测序分析 | 第41-63页 |
| 3.1 实验材料 | 第41-43页 |
| 3.1.1 实验标本 | 第41页 |
| 3.1.2 实验仪器与试剂 | 第41-43页 |
| 3.2 实验方法 | 第43-48页 |
| 3.2.1 实验准备 | 第43页 |
| 3.2.2 黑胫钩额螽总RNA的提取及纯化 | 第43-45页 |
| 3.2.3 总RNA样品质量检测 | 第45-46页 |
| 3.2.4 RNA测序文库(cDNA文库)的构建 | 第46-47页 |
| 3.2.5 cDNA文库测序 | 第47-48页 |
| 3.3 生物信息学分析流程 | 第48-51页 |
| 3.3.1 原始测序数据的存储 | 第48页 |
| 3.3.2 Clean Reads数据的获得 | 第48页 |
| 3.3.3 数据的组装 | 第48-49页 |
| 3.3.4 Unigene的数据分析 | 第49-51页 |
| 3.4 实验结果及分析 | 第51-62页 |
| 3.4.1 总RNA的质量检测 | 第51-52页 |
| 3.4.2 测序数据统计 | 第52-53页 |
| 3.4.3 测序数据组装 | 第53-55页 |
| 3.4.4 All-Unigene蛋白编码框(CDS)预测 | 第55页 |
| 3.4.5 Unigene的功能注释 | 第55-61页 |
| 3.4.6 单核苷酸多态性及微卫星分析 | 第61-62页 |
| 3.5 小结 | 第62-63页 |
| 第4章 Unigene差异表达基因分析 | 第63-71页 |
| 4.1 差异表达基因分析方法 | 第63-64页 |
| 4.1.1 基因表达水平的标准化 | 第63页 |
| 4.1.2 差异表达基因的筛选 | 第63页 |
| 4.1.3 差异表达基因的数据分析 | 第63-64页 |
| 4.2 结果与分析 | 第64-69页 |
| 4.2.1 差异表达基因的初步筛选 | 第64-65页 |
| 4.2.2 差异基因的GO功能富集分析 | 第65-67页 |
| 4.2.3 差异基因的Pathway功能富集分析 | 第67-69页 |
| 4.3 小结 | 第69-71页 |
| 第5章 黑胫钩额螽的线粒体转录组作图分析 | 第71-75页 |
| 5.1 研究方法 | 第71页 |
| 5.2 结果与分析 | 第71-73页 |
| 5.3 小结 | 第73-75页 |
| 总结 | 第75-77页 |
| 参考文献 | 第77-87页 |
| 致谢 | 第87-89页 |
| 攻读硕士学位期间的研究成果 | 第89页 |