| 中文摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第10-28页 |
| 1.1 蛋白质-配体的分子识别 | 第10-19页 |
| 1.1.1 蛋白质-配体的分子识别 | 第10-11页 |
| 1.1.2 蛋白质-配体识别中的特异性相互作用 | 第11-14页 |
| 1.1.3 蛋白质-配体识别相互作用的研究方法 | 第14-19页 |
| 1.2 谷胱甘肽过氧化物酶 | 第19-24页 |
| 1.2.1 谷胱甘肽过氧化物酶（GPx） | 第19页 |
| 1.2.2 GPx 的结构与催化机制 | 第19-21页 |
| 1.2.3 GPx 的人工模拟 | 第21-24页 |
| 1.3 钙离子结合蛋白 Recoverin | 第24-26页 |
| 1.3.1 Recoverin 的结构 | 第25-26页 |
| 1.3.2 Recoverin 的生物功能 | 第26页 |
| 1.4 论文研究内容 | 第26-28页 |
| 第二章 基于分子对接设计钙离子响应的 GPx 模拟酶 | 第28-39页 |
| 2.1 引言 | 第28-29页 |
| 2.2 理论方法与步骤 | 第29-31页 |
| 2.2.1 数据来源 | 第29-30页 |
| 2.2.2 分子预处理 | 第30-31页 |
| 2.2.3 分子对接 | 第31页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第31-38页 |
| 2.3.1 Recoverin 三维晶体结构分析 | 第31-32页 |
| 2.3.2 虚拟筛选结果 | 第32-38页 |
| 2.4 本章小结 | 第38-39页 |
| 第三章 分子动力学结合自由能计算研究模拟酶与底物的识别机制 | 第39-61页 |
| 3.1 引言 | 第39-41页 |
| 3.2 理论方法和步骤 | 第41-43页 |
| 3.2.1 体系初始化处理 | 第41页 |
| 3.2.2 分子动力学模拟 | 第41-42页 |
| 2.2.3 自由能的计算 | 第42-43页 |
| 3.2.4 自由能能量分解 | 第43页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第43-59页 |
| 3.3.1 动力学特征结果 | 第44-46页 |
| 3.3.2 活性中心构象及表面静电势分析 | 第46-48页 |
| 3.3.3 Recoverin-GSH 复合物中的氢键分析 | 第48-50页 |
| 3.3.4 基于结合自由能对酶-底物识别机制的分析 | 第50-52页 |
| 3.3.5 与 GSH 识别中关键氨基酸残基的分析 | 第52-57页 |
| 3.3.6 GSH 的活性基团与催化中心作用模式分析 | 第57-58页 |
| 3.3.7 实验制备的 seleno-recoverin-Q50R 的 GPx 活力 | 第58-59页 |
| 3.4 本章小结 | 第59-61页 |
| 结论 | 第61-63页 |
| 参考文献 | 第63-70页 |
| 附录一 各突变型 recoverin-GSH 复合物中的氢键 | 第70-71页 |
| 附录二 与 GSH 识别中的关键残基的自由能分解 | 第71-74页 |
| 作者简历 | 第74页 |
| 硕士期间发表论文情况 | 第74-75页 |
| 致谢 | 第75页 |
