基于聚类的单核苷酸多态性位点质量控制方法研究
| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 插图索引 | 第9-10页 |
| 附表索引 | 第10-11页 |
| 第1章 绪论 | 第11-15页 |
| 1.1 选题背景及意义 | 第11-13页 |
| 1.2 研究现状 | 第13页 |
| 1.3 研究目的 | 第13-14页 |
| 1.4 论文结构安排 | 第14-15页 |
| 第2章 相关理论知识 | 第15-30页 |
| 2.1 基因 | 第15-19页 |
| 2.2 SNP基础知识 | 第19-22页 |
| 2.2.1 SNP简介 | 第19-20页 |
| 2.2.2 SNP的特性 | 第20-21页 |
| 2.2.3 SNP的应用 | 第21页 |
| 2.2.4 SNP数据库 | 第21-22页 |
| 2.3 关于GWAS | 第22-25页 |
| 2.3.1 GWAS介绍及应用 | 第22-24页 |
| 2.3.2 GWAS存在的问题 | 第24-25页 |
| 2.4 聚类算法 | 第25-29页 |
| 2.4.1 聚类分析的应用要求 | 第25-27页 |
| 2.4.2 聚类方法的划分 | 第27-29页 |
| 2.5 小结 | 第29-30页 |
| 第3章 基于加权模糊核聚类算法的SNP质量控制 | 第30-43页 |
| 3.1 GWAS中的质量控制 | 第30-31页 |
| 3.2 SNP质量控制指标 | 第31-35页 |
| 3.2.1 基因分型率 | 第32页 |
| 3.2.2 次等位基因频率 | 第32页 |
| 3.2.3 哈温平衡 | 第32-35页 |
| 3.3 加权模糊核聚类算法 | 第35-38页 |
| 3.3.1 核函数 | 第35-36页 |
| 3.3.2 算法介绍 | 第36-38页 |
| 3.4 实验过程 | 第38-42页 |
| 3.4.1 重置质量指标 | 第38-39页 |
| 3.4.2 实验结果分析 | 第39-42页 |
| 3.5 小结 | 第42-43页 |
| 第4章 基于共享最近邻聚类的SNP质量控制 | 第43-51页 |
| 4.1 主成分分析 | 第43-46页 |
| 4.1.1 主成分分析介绍 | 第43-45页 |
| 4.1.2 算法应用 | 第45-46页 |
| 4.2 共享最近邻聚类SNN | 第46-50页 |
| 4.2.1 SNN算法介绍 | 第46-48页 |
| 4.2.2 实验结果 | 第48-50页 |
| 4.3 小结 | 第50-51页 |
| 结论 | 第51-53页 |
| 参考文献 | 第53-58页 |
| 附录A 攻读学位期间所发表的学术论文及所参加项目 | 第58-59页 |
| 致谢 | 第59页 |
