| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 符号说明（Abbreviation） | 第12-15页 |
| 第一章 过渡态搜寻与反应通路研究 | 第15-23页 |
| 1.1 论文简介 | 第15-16页 |
| 1.2 过渡态理论与反应路径搜寻 | 第16-18页 |
| 1.3 量子化学理论方法与 GAUSSIAN 软件 | 第18-21页 |
| 1.3.1 量子化学理论方法 | 第18-19页 |
| 1.3.2 密度泛函理论与 SCC-DFTB | 第19-20页 |
| 1.3.3 GAUSSIAN 软件 | 第20-21页 |
| 1.4 论文的主要任务 | 第21页 |
| 1.5 本章小结 | 第21-23页 |
| 第二章 构建酰胺键异构反应势能面 | 第23-35页 |
| 2.1 CPMD 简介 | 第23-24页 |
| 2.2 METADYNAMICS 理论方法 | 第24页 |
| 2.3 酰胺键异构反应模拟的步骤与实施 | 第24-30页 |
| 2.3.1 波函数与几何结构优化 | 第26-27页 |
| 2.3.2 CPMD-Metadynamics 测试模拟 | 第27-30页 |
| 2.3.3 CPMD-Metadynamics 动力学模拟酰胺键异构反应 | 第30页 |
| 2.4 还原构建反应自由能势能面 | 第30-34页 |
| 2.5 本章小结 | 第34-35页 |
| 第三章 分子构象搜索与反应物结构搜寻 | 第35-66页 |
| 3.1 分子构象搜索简介 | 第35-37页 |
| 3.2 分子构象搜索软件的开发 | 第37-44页 |
| 3.3 案例：构建多取代基苯甲酰胺、（异）烟酰胺类分子稳态空间构象 | 第44-65页 |
| 3.3.1 反应物构象多重性 | 第46-51页 |
| 3.3.2 反应势垒与不同的过渡态结构 TS1、TS2 | 第51-53页 |
| 3.3.3 分子结构差异性 | 第53-61页 |
| 3.3.4 与实验值对照 | 第61-65页 |
| 3.4 本章小结 | 第65-66页 |
| 第四章 酶催化反应的计算模拟 | 第66-78页 |
| 4.1 模拟酶与人工酶 | 第66-67页 |
| 4.2 构建 M4L6-反应物的复合物结构 | 第67-69页 |
| 4.3 计算结果 | 第69-77页 |
| 4.4 本章小结 | 第77-78页 |
| 第五章 全文总结 | 第78-80页 |
| 5.1 主要结论 | 第78页 |
| 5.2 研究展望 | 第78-80页 |
| 参考文献 | 第80-87页 |
| 附录一 METADYNAMCIS 分子模拟执行文件 | 第87-92页 |
| 攻读硕士学位期间已发表或录用的论文 | 第92-94页 |
| 学术论文 | 第92页 |
| 软件与专利 | 第92-93页 |
| 会议论文摘要 | 第93-94页 |
| 攻读硕士学位期间参与的科研项目 | 第94-95页 |
| 致谢 | 第95页 |
