基于混沌模拟退火的RNA二级结构预测的研究
| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-17页 |
| ·生物信息学概述 | 第9-13页 |
| ·生物信息学的定义 | 第9-10页 |
| ·生物信息学的任务 | 第10-11页 |
| ·生物信息学的现状与发展 | 第11-13页 |
| ·RNA 二级结构预测的研究现状 | 第13-15页 |
| ·基于最小自由能的RNA 二级结构预测 | 第13-14页 |
| ·比较序列分析法预测RNA 二级结构 | 第14-15页 |
| ·论文内容及结构安排 | 第15-17页 |
| ·论文内容 | 第15页 |
| ·结构安排 | 第15-17页 |
| 第二章 RNA 二级结构 | 第17-23页 |
| ·RNA 的生物学背景 | 第17-18页 |
| ·RNA 的二级结构 | 第18-19页 |
| ·RNA 二级结构的表示方法 | 第19-22页 |
| ·RNA 二级结构的几种表示方法 | 第19页 |
| ·RNA 二级结构形式化定义表示 | 第19-22页 |
| ·RNA 二级结构的实验测定 | 第22页 |
| ·本章小结 | 第22-23页 |
| 第三章 RNA 二级结构预测方法 | 第23-36页 |
| ·预测结果的评价方法 | 第23页 |
| ·基于比较序列分析模型的方法 | 第23-28页 |
| ·共变模型 | 第24-27页 |
| ·随机上下文语法无关模型 | 第27-28页 |
| ·基于最小自由能的方法 | 第28-33页 |
| ·最大碱基配对算法 | 第28-29页 |
| ·Zuker 最小自由能法 | 第29-30页 |
| ·模拟退火算法 | 第30-31页 |
| ·遗传退火算法 | 第31-33页 |
| ·方法总结及相关资源 | 第33-34页 |
| ·本章小结 | 第34-36页 |
| 第四章 基于混沌模拟退火的RNA 二级结构预测 | 第36-64页 |
| ·幂函数载波的混沌模拟退火算法 | 第36-40页 |
| ·初始化 | 第36-38页 |
| ·解的产生 | 第38-39页 |
| ·解的更新 | 第39-40页 |
| ·幂函数载波的混沌模拟退火算法的实现 | 第40-55页 |
| ·自由能的计算方法 | 第40-43页 |
| ·结构变化的研究 | 第43-52页 |
| ·实验环境 | 第52-53页 |
| ·重要的数据结构与实现 | 第53-55页 |
| ·仿真结果 | 第55-63页 |
| ·序列的选择 | 第55页 |
| ·参数选择 | 第55-57页 |
| ·实验结果 | 第57-62页 |
| ·与其他工作结果的比较 | 第62-63页 |
| ·本章小结 | 第63-64页 |
| 第五章 结论和展望 | 第64-66页 |
| ·论文工作总结 | 第64页 |
| ·未来工作展望 | 第64-66页 |
| 致谢 | 第66-67页 |
| 参考文献 | 第67-70页 |
