| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 主要缩写词 | 第10-11页 |
| 第一章 引言 | 第11-35页 |
| 1.1 蛋白质相互作用研究概述 | 第12-21页 |
| 1.1.1 蛋白质相互作用的实验鉴定 | 第12-14页 |
| 1.1.2 蛋白质相互作用的计算预测 | 第14-17页 |
| 1.1.3 基于序列的机器学习方法预测蛋白互作的一般流程 | 第17-20页 |
| 1.1.4 蛋白质相互作用位点 | 第20-21页 |
| 1.2 蛋白质相互作用实例研究的重要性 | 第21-26页 |
| 1.2.1 蛋白质互作组是一个混合的体系 | 第21-23页 |
| 1.2.2 实例的选取 | 第23-26页 |
| 1.3 实例一：蛋白质泛素化位点的研究现状概述 | 第26-30页 |
| 1.3.1 泛素化 | 第26-28页 |
| 1.3.2 泛素化位点的实验鉴定与数据库 | 第28-29页 |
| 1.3.3 基于序列的泛素化位点预测 | 第29-30页 |
| 1.4 实例二：微管结合蛋白的研究现状概述 | 第30-34页 |
| 1.4.1 微管与微管结合蛋白概述 | 第30-33页 |
| 1.4.2 微管结合蛋白的计算研究现状 | 第33-34页 |
| 1.5 论文工作简介 | 第34-35页 |
| 第二章 基于密码子对信息的蛋白互作预测方法的开发 | 第35-53页 |
| 2.1 材料与方法 | 第35-42页 |
| 2.1.1 序列编码方法 | 第35-37页 |
| 2.1.2 酵母高质量数据集的构建、分析与交叉验证 | 第37-39页 |
| 2.1.3 基于大规模酿酒酵母独立测试集的评测 | 第39-40页 |
| 2.1.4 与简单序列编码关联的基因组水平指标的分析 | 第40-41页 |
| 2.1.5 基于果蝇数据的与其他类型的方法的比较 | 第41页 |
| 2.1.6 CCPPI服务器的构建 | 第41-42页 |
| 2.2 结果与讨论 | 第42-51页 |
| 2.2.1 互作蛋白对间的密码子对使用频率差异的统计 | 第42-43页 |
| 2.2.2 密码子对使用频率差异特征的初步测试 | 第43-45页 |
| 2.2.3 基于大规模酿酒酵母独立测试集的评测 | 第45-46页 |
| 2.2.4 为什么密码子对使用信息可以预测蛋白质相互作用? | 第46-48页 |
| 2.2.5 数据集偏好对预测性能的影响 | 第48-49页 |
| 2.2.6 基于简单序列编码的机器学习方法对蛋白同源性依赖较小 | 第49-51页 |
| 2.2.7 CCPPI在线预测服务器 | 第51页 |
| 2.3 本章小结 | 第51-53页 |
| 第三章 人类蛋白泛素化位点结构特征的分析 | 第53-74页 |
| 3.1 材料与方法 | 第53-61页 |
| 3.1.1 数据集 | 第53-54页 |
| 3.1.2 统计分析 | 第54页 |
| 3.1.3 溶剂可及性与基于残基接触网络的结构特征的计算 | 第54-55页 |
| 3.1.4 蛋白其它功能位点的注释与计算 | 第55-57页 |
| 3.1.5 级结构、结构字母表与微环境的定义 | 第57-58页 |
| 3.1.6 泛素化位点结构与序列特征的ROC分析 | 第58-59页 |
| 3.1.7 结论显著性的检验 | 第59-61页 |
| 3.2 结果与讨论 | 第61-73页 |
| 3.2.1 人类泛素化位点的可及性与中心性 | 第61-63页 |
| 3.2.2 泛素化位点与其它蛋白功能位点的潜在关联 | 第63-68页 |
| 3.2.3 泛素化位点序列与结构邻居的特征 | 第68-71页 |
| 3.2.4 泛素化位点的序列模式与结构特征能够相互补充 | 第71-73页 |
| 3.3 本章小结 | 第73-74页 |
| 第四章 微管结合蛋白在线分析工具的开发 | 第74-94页 |
| 4.1 材料与方法 | 第74-83页 |
| 4.1.1 微管结合蛋白的人工搜集 | 第74-76页 |
| 4.1.2 微管结合蛋白特征模体的挖掘 | 第76-78页 |
| 4.1.3 基于特征模体的微管结合蛋白预测器的建立 | 第78-82页 |
| 4.1.4 在线分析工具的搭建 | 第82-83页 |
| 4.2 结果与讨论 | 第83-91页 |
| 4.2.1 人工搜集的微管结合蛋白核心数据集 | 第83-84页 |
| 4.2.2 微管结合蛋白预测器的构建 | 第84-88页 |
| 4.2.3 特征模体生物学意义的探讨 | 第88-90页 |
| 4.2.4 MAPanalyzer：一个微管结合蛋白在线分析工具 | 第90-91页 |
| 4.3 本章小结 | 第91-94页 |
| 第五章 结论与展望 | 第94-97页 |
| 5.1 结论 | 第94-95页 |
| 5.2 展望 | 第95-97页 |
| 参考文献 | 第97-109页 |
| 致谢 | 第109-110页 |
| 附录 | 第110-119页 |
| 作者简历 | 第119-120页 |
