| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-33页 |
| 1 病毒性草鱼出血病研究进展 | 第15-21页 |
| 1.1 病毒性草鱼出血病的病原与防治 | 第15-17页 |
| 1.1.1 草鱼呼肠孤病毒(GCRV) | 第15-16页 |
| 1.1.2 GCRV的疫苗免疫 | 第16-17页 |
| 1.2 GCRV的免疫途径和免疫相关基因 | 第17-21页 |
| 1.2.1 鱼类的先天性免疫途径 | 第17-18页 |
| 1.2.2 GCRV的受体基因 | 第18-19页 |
| 1.2.3 GCRV的免疫相关基因 | 第19-20页 |
| 1.2.4 GCRV的免疫相关信号通路 | 第20-21页 |
| 1.2.5 GCRV对草鱼细胞凋亡的影响 | 第21页 |
| 2 动物miRNA的研究进展 | 第21-31页 |
| 2.1 miRNA的概念 | 第21-22页 |
| 2.2 miRNA的作用机制 | 第22-23页 |
| 2.3 小RNA的分类 | 第23-24页 |
| 2.4 miRNA的检测与鉴定方法 | 第24-25页 |
| 2.5 miRNA的研究进展 | 第25-31页 |
| 2.5.1 miRNA的表达特征 | 第25页 |
| 2.5.2 miRNA与疾病相关研究进展 | 第25-29页 |
| 2.5.3 鱼类中已报道的miRNA | 第29-30页 |
| 2.5.4 miRNA的进化与保守性 | 第30-31页 |
| 2.6 miRNA靶基因研究方法 | 第31页 |
| 3 研究目的与意义 | 第31-33页 |
| 第二章 草鱼和赤眼鳟miRNA Solexa测序 | 第33-50页 |
| 1 材料与方法 | 第33-38页 |
| 1.1 材料 | 第33页 |
| 1.1.1 实验动物 | 第33页 |
| 1.1.2 攻毒实验的病毒 | 第33页 |
| 1.2 方法 | 第33-38页 |
| 1.2.1 人工攻毒 | 第33-34页 |
| 1.2.2 试验样品采集 | 第34页 |
| 1.2.3 总RNA的提取 | 第34页 |
| 1.2.4 总RNA质量检测 | 第34-35页 |
| 1.2.5 RNA混合样本的构建 | 第35页 |
| 1.2.6 草鱼和赤眼鳟cDNA测序文库的构建 | 第35-36页 |
| 1.2.7 测序文库质检所用仪器和试剂 | 第36页 |
| 1.2.8 上机测序 | 第36页 |
| 1.2.9 测序数据分析 | 第36-37页 |
| 1.2.10 主要分析的数据库 | 第37-38页 |
| 1.2.11 数据分析所用程序 | 第38页 |
| 2 结果与分析 | 第38-48页 |
| 2.1. miRNA测序数据 | 第38-43页 |
| 2.1.1 测序数据总览 | 第39-42页 |
| 2.1.2 Clean小RNA长度分布 | 第42-43页 |
| 2.2 miRNA的检出与分类 | 第43-48页 |
| 3 讨论 | 第48-50页 |
| 3.1 实验样本的选择 | 第48页 |
| 3.2 草鱼和赤眼鳟miRNA文库的构建及测序 | 第48-50页 |
| 第三章 草鱼和赤眼鳟miRNA的特征分析 | 第50-72页 |
| 1 材料与方法 | 第50页 |
| 1.1 材料 | 第50页 |
| 1.2 方法 | 第50页 |
| 2 结果与分析 | 第50-70页 |
| 2.1 草鱼和赤眼鳟miRNA的共表达和差异表达结果 | 第50-59页 |
| 2.2 差异基因表达水平的聚类分析 | 第59-61页 |
| 2.3 miRNA成簇分析 | 第61-62页 |
| 2.4 miRNA的进化分析和家族分析 | 第62-69页 |
| 2.5 miRNA种子序列分析 | 第69-70页 |
| 3 讨论 | 第70-72页 |
| 3.1 草鱼和赤眼鳟miRNA的特征分析 | 第70页 |
| 3.2 差异表达miRNA的成簇调控及进化分析 | 第70-72页 |
| 第四章 草鱼和赤眼鳟miRNA的验证、靶基因预测及通路分析 | 第72-93页 |
| 1 材料与方法 | 第72-76页 |
| 1.1 实验数据 | 第72页 |
| 1.2 miRNA荧光定量PCR验证方法 | 第72-74页 |
| 1.2.1 引物设计 | 第72页 |
| 1.2.2 主要实验试剂 | 第72页 |
| 1.2.3 主要实验仪器 | 第72页 |
| 1.2.4 实验步骤 | 第72-74页 |
| 1.2.5 数据分析方法 | 第74页 |
| 1.3 miRNA靶基因预测方法 | 第74-76页 |
| 1.4 生物信息数据分析 | 第76页 |
| 1.4.1 GO分析 | 第76页 |
| 1.4.2 KEGG分析 | 第76页 |
| 2 结果与分析 | 第76-90页 |
| 2.1 miRNA的qPCR验证 | 第76-77页 |
| 2.2 靶基因预测 | 第77-83页 |
| 2.3 KEGG分析 | 第83-84页 |
| 2.4 GO富集分析 | 第84-90页 |
| 3 讨论 | 第90-93页 |
| 3.1. miRNA测序结果的可信度 | 第90-91页 |
| 3.2. miRNA靶基因预测分析 | 第91页 |
| 3.3 KEGG和GO富集分析 | 第91-93页 |
| 第五章 结论、创新点及研究展望 | 第93-95页 |
| 1 结论 | 第93页 |
| 2 特色与创新 | 第93-94页 |
| 3 下一步研究展望 | 第94-95页 |
| 参考文献 | 第95-105页 |
| 附录 | 第105-111页 |
| 致谢 | 第111-112页 |
| 作者简介 | 第112页 |