| 摘要 | 第9-12页 |
| ABSTRACT | 第12-15页 |
| 缩略词表 | 第17-18页 |
| 第一章 前人研究进展 | 第18-40页 |
| 1 课题提出 | 第18-19页 |
| 2 柑橘无核研究进展 | 第19-23页 |
| 2.1 雄性不育 | 第19-21页 |
| 2.2 囊败育或异常 | 第21-22页 |
| 2.3 胚中途败育 | 第22页 |
| 2.4 自交不亲和 | 第22-23页 |
| 2.5 外界环境因素 | 第23页 |
| 3 无核分子机理 | 第23-37页 |
| 3.1 雄性不育分子机理 | 第24-34页 |
| 3.1.1 雄蕊发育的细胞学过程 | 第24-27页 |
| 3.1.2 雄蕊发育分子机理 | 第27-34页 |
| 3.2 胚囊败育机理 | 第34-37页 |
| 4 无核芽变相关差异基因的鉴定和克隆 | 第37-39页 |
| 4.1 SSH技术与基因芯片 | 第37-38页 |
| 4.2 高通量测序技术 | 第38-39页 |
| 5 本研究的目的和内容 | 第39-40页 |
| 第二章 “黔阳无核”椪柑表型分析和分子标记检测 | 第40-55页 |
| 1 引言 | 第40页 |
| 2 材料和方法 | 第40-48页 |
| 2.1 实验材料 | 第40-41页 |
| 2.2 实验方法 | 第41-48页 |
| 2.2.1 花器官形态分析 | 第41页 |
| 2.2.2 花粉量测定 | 第41页 |
| 2.2.3 花粉活力检测 | 第41页 |
| 2.2.4 花粉体外萌芽率检测 | 第41-42页 |
| 2.2.5 小孢子四分体形态观察 | 第42页 |
| 2.2.6 花粉扫描电镜(SEM)观察 | 第42页 |
| 2.2.7 基因组水平差异分析 | 第42-48页 |
| 3 结果与分析 | 第48-54页 |
| 3.1 花器官表型分析 | 第48-52页 |
| 3.2 QS与EG分子标记分析 | 第52-54页 |
| 4 讨论 | 第54-55页 |
| 第三章 利用SSH-cDNA文库和定制芯片筛选无核相关的基因 | 第55-91页 |
| 1 引言 | 第55页 |
| 2 材料和方法 | 第55-69页 |
| 2.1 实验材料 | 第55页 |
| 2.2 RNA提取以及mRNA分离 | 第55-56页 |
| 2.3 SSH-cDNA文库的构建 | 第56-66页 |
| 2.3.1 第一链cDNA合成 | 第57页 |
| 2.3.2 第二链cDNA(ds-cDNA)合成 | 第57-58页 |
| 2.3.3 Rsa Ⅰ酶切 | 第58-59页 |
| 2.3.4 接头的连接 | 第59页 |
| 2.3.5 连接效率检测 | 第59-61页 |
| 2.3.6 第一轮杂交 | 第61页 |
| 2.3.7 第二轮杂交 | 第61-62页 |
| 2.3.8 两次PCR扩增 | 第62-63页 |
| 2.3.9 抑制差减杂交效果验证 | 第63-64页 |
| 2.3.10 PCR产物片段回收与纯化 | 第64-65页 |
| 2.3.11 SSH-cDNA初始文库的建立 | 第65-66页 |
| 2.4 SSH-cDNA文库的筛选 | 第66-68页 |
| 2.4.1 SSH-cDNA文库PCR扩增 | 第67页 |
| 2.4.2 PCR产物纯化 | 第67-68页 |
| 2.4.3 芯片探针设计 | 第68页 |
| 2.5 序列生物信息学分析 | 第68-69页 |
| 2.6 候选基因qRT-PCR(quantitative real-time PCR)分析 | 第69页 |
| 3 结果与分析 | 第69-86页 |
| 3.1 RNA质量和mRNA分离效果 | 第69-70页 |
| 3.2 ds-cDNA酶切连接效率检测 | 第70-71页 |
| 3.3 文库插入片段检测 | 第71-72页 |
| 3.4 差减效率检测 | 第72-73页 |
| 3.5 文库克隆PCR检测 | 第73页 |
| 3.6 Microarray芯片筛选差异克隆 | 第73-79页 |
| 3.6.1 RNA质量检测 | 第73-74页 |
| 3.6.2 芯片探针制备 | 第74-75页 |
| 3.6.3 芯片杂交与差异探针筛选 | 第75-79页 |
| 3.7 差异基因GO注释和代谢途径分析 | 第79-82页 |
| 3.8 转录因子的筛选 | 第82-83页 |
| 3.9 microarray芯片数据的验证 | 第83-86页 |
| 4 讨论 | 第86-91页 |
| 4.1 SSH-cDNA文库的构建和材料的选择 | 第86-87页 |
| 4.2 差异氨基酸代谢途径 | 第87-89页 |
| 4.3 差异表达的转录因子 | 第89-91页 |
| 第四章 RNA-seq筛选QS和EG雄蕊发育差异表达的基因 | 第91-123页 |
| 1 引言 | 第91页 |
| 2 材料和方法 | 第91-97页 |
| 2.1 实验材料 | 第91页 |
| 2.2 实验方法 | 第91-97页 |
| 2.2.1 RNA提取与质检 | 第91-92页 |
| 2.2.2 RNA-seq试验及数据处理 | 第92-93页 |
| 2.2.3 测序数据的评估 | 第93-94页 |
| 2.2.4 差异表达基因鉴定及功能分析 | 第94页 |
| 2.2.5 qRT-PCR对结果验证 | 第94-96页 |
| 2.2.6 内源激素含量的测定 | 第96-97页 |
| 3 结果与分析 | 第97-117页 |
| 3.1 RNA-seq测序结果统计与评估 | 第97-100页 |
| 3.2 RNA-seq测序结果的qRT-PCR验证 | 第100-101页 |
| 3.3 基于RNA-seq结果分析MS相关功能基因 | 第101-106页 |
| 3.4 差异DEGs筛选以及功能注释 | 第106-109页 |
| 3.5 代谢通路(pathway)显著性富集分析 | 第109-111页 |
| 3.6 激素代谢相关DEGs筛选和表达分析 | 第111-113页 |
| 3.7 不同组织部位JA等激素的含量 | 第113-117页 |
| 4 讨论 | 第117-123页 |
| 4.1 RT-PCR对RNA-seq测序结果的验证 | 第117页 |
| 4.2 QS和EG小花蕾(SF)时期差异基因分析 | 第117-119页 |
| 4.3 QS和EG花药(AN)时期差异基因分析 | 第119-121页 |
| 4.4 激素在QS雄蕊发育过程中的作用 | 第121-122页 |
| 4.5 QS雄蕊败育可能的分子机制 | 第122-123页 |
| 第五章 无核相关基因MSLP和AP2-ERF的克隆和表达分析 | 第123-137页 |
| 1 引言 | 第123-124页 |
| 2 材料和方法 | 第124-126页 |
| 2.1 实验材料 | 第124页 |
| 2.2 实验方法 | 第124-126页 |
| 2.2.1 实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析 | 第124页 |
| 2.2.2 MSLP和AP2-ERF基因cDNA全长克隆 | 第124-125页 |
| 2.2.3 MSLP和AP2-ERF基因生物信息学分析 | 第125-126页 |
| 2.2.4 MSLP和AP2-ERF基因的拷贝数分析 | 第126页 |
| 3 结果与分析 | 第126-133页 |
| 3.1 MSLP和AP2-ERF在QS和EG中表达模式分析 | 第126-128页 |
| 3.2 不同柑橘品种中MSLP基因cDNA全长比较 | 第128-130页 |
| 3.3 MSLP基因生物信息学分析 | 第130-132页 |
| 3.4 MSLP基因在QS和EG中拷贝数分析 | 第132-133页 |
| 4 讨论 | 第133-137页 |
| 4.1 柑橘MSLP、AP2-ERF基因cDNA序列分析 | 第133-134页 |
| 4.2 柑橘MSLP基因在柑橘中功能预测 | 第134-135页 |
| 4.3 柑橘MSLP、AP2-ERF基因拷贝数与柑橘品种的关系 | 第135-137页 |
| 参考文献 | 第137-154页 |
| 博士期间发表的论文 | 第154-155页 |
| 致谢 | 第155页 |
