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原核生物调控模体和调节子预测算法研究

目录第4-7页
插图目录第7-10页
表格目录第10-11页
中文摘要第11-14页
英文摘要第14-16页
第一章 背景知识第18-28页
    §1.1 原核生物中基因的表达与调控第18-20页
    §1.2 调控模体的表示与预测算法第20-24页
    §1.3 直系同源关系与系统发生足迹法第24-25页
    §1.4 本论文的组织结构第25-28页
第二章 模体预测与分析软件工具包BoBro2.0第28-48页
    §2.1 简介第28-31页
    §2.2 技术方法第31-36页
        §2.2.1 BBR:在全基因组规模上从预测出的模体集合中过滤噪声的新方法第31-32页
        §2.2.2 BBS:基于p-value对一个查询模体实例的搜索和排序第32-33页
        §2.2.3 BBC:模体比较和聚类第33-36页
        §2.2.4 BBA:模体共存在分析第36页
    §2.3 数据准备第36-37页
    §2.4 结果第37-46页
        §2.4.1 BoBro2.0能够在全基因组范围上准确有效的预测出调控模体第37-42页
        §2.4.2 BBS能够比FIMO更准确的识别出模体实例第42-43页
        §2.4.3 BBC能够比TOMTOM更准确的识别出模体聚类第43-45页
        §2.4.4 BBA能够识别出起共同调控作用的转录因子第45-46页
    §2.5 总结第46-48页
第三章 全基因组范围原核生物调节子预测的新方法第48-62页
    §3.1 简介第48-49页
    §3.2 数据和方法第49-54页
        §3.2.1 数据准备第49-51页
        §3.2.2 过比较基因组进行直系同源基因预测第51页
        §3.2.3 系统发生足迹法中同源操纵子和相应调控序列的确定第51-52页
        §3.2.4 操纵子对之间共调控分数的计算第52页
        §3.2.5 通过对操纵子的聚类预测调节子第52-53页
        §3.2.6 局部相关性得分和基因功能相关性得分的计算第53-54页
    §3.3 结果第54-60页
        §3.3.1 直系同源操纵子为系统发生足迹法预测模体提供有效信息第54页
        §3.3.2 共调控得分能够准确反映出操纵子对之间的共同调控关系第54-57页
        §3.3.3 调节子预测结果与RegulonDB中已知调节子的比较第57-60页
    §3.4 讨论第60-62页
第四章 操纵子数据库DOOR2.0第62-72页
    §4.1 简介第62-64页
    §4.2 数据库升级第64-66页
    §4.3 DOOR2.0的新特性第66-69页
        §4.3.1 整合转录单元数据第66-67页
        §4.3.2 整合了转录调控元素第67-68页
        §4.3.3 整合了保守操纵子信息第68-69页
        §4.3.4 全新网页界面设计第69页
        §4.3.5 在线操纵子预测第69页
    §4.4 技术实现第69-70页
    §4.5 总结第70-72页
第五章 梭状芽孢杆菌40个基因组的比较基因组分析第72-90页
    §5.1 简介第72-73页
    §5.2 方法与材料第73-78页
        §5.2.1 数据来源第73-76页
        §5.2.2 基因功能预测第76页
        §5.2.3 泛基因组分析第76-77页
        §5.2.4 调控模体预测和CAZyme基因分析第77-78页
    §5.3 结果第78-88页
        §5.3.1 梭状芽孢杆菌的系统发生分析第78页
        §5.3.2 两组细菌之间基本特征的比较第78-81页
        §5.3.3 核基因组与泛基因组分析第81-83页
        §5.3.4 CAZyme基因的识别与分析第83-85页
        §5.3.5 针对CAZyme基因的调控模体预测第85-88页
    §5.4 总结第88-90页
第六章 总结与展望第90-94页
    §6.1 论文总结第90-91页
    §6.2 展望第91-94页
参考文献第94-114页
致谢第114-116页
攻读博士学位期间完成论文情况第116-118页
作者简介第118-119页
学位论文评阅及答辩情况表第119页

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