| 目录 | 第4-7页 |
| 插图目录 | 第7-10页 |
| 表格目录 | 第10-11页 |
| 中文摘要 | 第11-14页 |
| 英文摘要 | 第14-16页 |
| 第一章 背景知识 | 第18-28页 |
| §1.1 原核生物中基因的表达与调控 | 第18-20页 |
| §1.2 调控模体的表示与预测算法 | 第20-24页 |
| §1.3 直系同源关系与系统发生足迹法 | 第24-25页 |
| §1.4 本论文的组织结构 | 第25-28页 |
| 第二章 模体预测与分析软件工具包BoBro2.0 | 第28-48页 |
| §2.1 简介 | 第28-31页 |
| §2.2 技术方法 | 第31-36页 |
| §2.2.1 BBR：在全基因组规模上从预测出的模体集合中过滤噪声的新方法 | 第31-32页 |
| §2.2.2 BBS：基于p-value对一个查询模体实例的搜索和排序 | 第32-33页 |
| §2.2.3 BBC：模体比较和聚类 | 第33-36页 |
| §2.2.4 BBA：模体共存在分析 | 第36页 |
| §2.3 数据准备 | 第36-37页 |
| §2.4 结果 | 第37-46页 |
| §2.4.1 BoBro2.0能够在全基因组范围上准确有效的预测出调控模体 | 第37-42页 |
| §2.4.2 BBS能够比FIMO更准确的识别出模体实例 | 第42-43页 |
| §2.4.3 BBC能够比TOMTOM更准确的识别出模体聚类 | 第43-45页 |
| §2.4.4 BBA能够识别出起共同调控作用的转录因子 | 第45-46页 |
| §2.5 总结 | 第46-48页 |
| 第三章 全基因组范围原核生物调节子预测的新方法 | 第48-62页 |
| §3.1 简介 | 第48-49页 |
| §3.2 数据和方法 | 第49-54页 |
| §3.2.1 数据准备 | 第49-51页 |
| §3.2.2 过比较基因组进行直系同源基因预测 | 第51页 |
| §3.2.3 系统发生足迹法中同源操纵子和相应调控序列的确定 | 第51-52页 |
| §3.2.4 操纵子对之间共调控分数的计算 | 第52页 |
| §3.2.5 通过对操纵子的聚类预测调节子 | 第52-53页 |
| §3.2.6 局部相关性得分和基因功能相关性得分的计算 | 第53-54页 |
| §3.3 结果 | 第54-60页 |
| §3.3.1 直系同源操纵子为系统发生足迹法预测模体提供有效信息 | 第54页 |
| §3.3.2 共调控得分能够准确反映出操纵子对之间的共同调控关系 | 第54-57页 |
| §3.3.3 调节子预测结果与RegulonDB中已知调节子的比较 | 第57-60页 |
| §3.4 讨论 | 第60-62页 |
| 第四章 操纵子数据库DOOR2.0 | 第62-72页 |
| §4.1 简介 | 第62-64页 |
| §4.2 数据库升级 | 第64-66页 |
| §4.3 DOOR2.0的新特性 | 第66-69页 |
| §4.3.1 整合转录单元数据 | 第66-67页 |
| §4.3.2 整合了转录调控元素 | 第67-68页 |
| §4.3.3 整合了保守操纵子信息 | 第68-69页 |
| §4.3.4 全新网页界面设计 | 第69页 |
| §4.3.5 在线操纵子预测 | 第69页 |
| §4.4 技术实现 | 第69-70页 |
| §4.5 总结 | 第70-72页 |
| 第五章 梭状芽孢杆菌40个基因组的比较基因组分析 | 第72-90页 |
| §5.1 简介 | 第72-73页 |
| §5.2 方法与材料 | 第73-78页 |
| §5.2.1 数据来源 | 第73-76页 |
| §5.2.2 基因功能预测 | 第76页 |
| §5.2.3 泛基因组分析 | 第76-77页 |
| §5.2.4 调控模体预测和CAZyme基因分析 | 第77-78页 |
| §5.3 结果 | 第78-88页 |
| §5.3.1 梭状芽孢杆菌的系统发生分析 | 第78页 |
| §5.3.2 两组细菌之间基本特征的比较 | 第78-81页 |
| §5.3.3 核基因组与泛基因组分析 | 第81-83页 |
| §5.3.4 CAZyme基因的识别与分析 | 第83-85页 |
| §5.3.5 针对CAZyme基因的调控模体预测 | 第85-88页 |
| §5.4 总结 | 第88-90页 |
| 第六章 总结与展望 | 第90-94页 |
| §6.1 论文总结 | 第90-91页 |
| §6.2 展望 | 第91-94页 |
| 参考文献 | 第94-114页 |
| 致谢 | 第114-116页 |
| 攻读博士学位期间完成论文情况 | 第116-118页 |
| 作者简介 | 第118-119页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第119页 |
