| 第一章 引言 | 第10-22页 |
| 参考文献 | 第17-22页 |
| 第二章 基础理论与计算方法 | 第22-64页 |
| 2.1 同源模建 | 第23-24页 |
| 2.2 分子对接 | 第24页 |
| 2.3 力场 | 第24-28页 |
| 2.3.1 Born-Oppenheimer 近似 | 第25-26页 |
| 2.3.2 力场的组成和定义 | 第26-27页 |
| 2.3.3 能量表示 | 第27页 |
| 2.3.4 力场参数化 | 第27-28页 |
| 2.4 分子力学 | 第28-31页 |
| 2.4.1 优化的概念 | 第28-29页 |
| 2.4.2 优化算法 | 第29-30页 |
| 2.4.3 优化中要注意的几点 | 第30-31页 |
| 2.5 分子动力学模拟 | 第31-39页 |
| 2.5.1 积分算法 | 第32-34页 |
| 2.5.2 微正则系综的分子动力学 | 第34-36页 |
| 2.5.3 正则系综的分子动力学 | 第36-37页 |
| 2.5.4 等温等压系综的分子动力学 | 第37-39页 |
| 2.6 量子化学计算方法 | 第39-53页 |
| 2.6.1 分子轨道理论 | 第40-44页 |
| 2.6.1.1 闭壳层分子的HFR 方程 | 第40-43页 |
| 2.6.1.2 开壳层分子的HFR 方程 | 第43-44页 |
| 2.6.2 电子相关问题 | 第44-47页 |
| 2.6.2.1 电子相关能 | 第44-45页 |
| 2.6.2.2 组态相互作用 | 第45-47页 |
| 2.6.3 密度泛函理论 | 第47-49页 |
| 2.6.4 振动频率的计算 | 第49-50页 |
| 2.6.5 内禀反应坐标理论 | 第50-52页 |
| 2.6.7 势能面上临界点的几何性质 | 第52-53页 |
| 2.7 QM/MM 混合计算方法 | 第53-54页 |
| 参考文献 | 第54-64页 |
| 第三章 枯草杆菌嘧啶核苷磷酸化酶的同源模建及相关研究 | 第64-92页 |
| 3.1 引言 | 第64-65页 |
| 3.2 理论与方法 | 第65-67页 |
| 3.2.1 枯草杆菌PYNP 与底物复合物的三维结构优势象的确定 | 第65-67页 |
| 3.2.2 复合物的QM/MM 计算 | 第67页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第67-87页 |
| 3.3.1 同源序列对比 | 第67-69页 |
| 3.3.2 枯草杆菌的PYNP 三维结构的优势构象 | 第69-73页 |
| 3.3.3 尿嘧啶核苷的三维结构 | 第73-74页 |
| 3.3.4 结构域之间的连接结构 | 第74页 |
| 3.3.5 酶与底物的复合物结构 | 第74-81页 |
| 3.3.6 可能的催化机制 | 第81页 |
| 3.3.7 可能的刚性移动机制 | 第81-87页 |
| 3.4 小结 | 第87-88页 |
| 参考文献 | 第88-92页 |
| 第四章 鳞状上皮细胞癌抗原2 与丝氨酸蛋白酶的对接研究和它们的相互作用 | 第92-115页 |
| 4.1 前言 | 第92-95页 |
| 4.2 理论方法 | 第95-98页 |
| 4.2.1 SCCA2,组蛋白酶G 和肥大细胞糜蛋白酶的优势构象的确定 | 第95-96页 |
| 4.2.2 SCCA2, 组蛋白酶G 和肥大细胞糜蛋白酶的表面静电势分析 | 第96页 |
| 4.2.3 SCCA2 分别与组蛋白酶G 和肥大细胞糜蛋白酶的对接研究 | 第96-97页 |
| 4.2.4 复合物优势构象的确定 | 第97-98页 |
| 4.2.5 复合物中SCCA2 与组蛋白酶G 和肥大细胞糜蛋白酶的相互作用分析 | 第98页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第98-112页 |
| 4.3.1 同源序列对比 | 第98-100页 |
| 4.3.2 SCCA2(R)和SCCA2(S)的三维结构的优势构象 | 第100-104页 |
| 4.3.3 SCCA2 与组蛋白酶G、肥大细胞糜蛋白酶的表面静电势 | 第104页 |
| 4.3.4 SCCA2 的紧凑型构象与组蛋白酶G、肥大细胞糜蛋白酶的对接 | 第104-111页 |
| 4.3.5 组蛋白酶G 和人的肥大细胞糜蛋白酶优势构象的三维结构比较 | 第111-112页 |
| 4.4 小结 | 第112-113页 |
| 参考文献 | 第113-115页 |
| 第五章 人的亚甲基四氢叶酸脱氢水解酶催化机制的QM/MM 研究 | 第115-141页 |
| 5.1 引言 | 第115-119页 |
| 5.2 理论方法 | 第119-124页 |
| 5.2.1 5,10-亚甲基四氢叶酸的优势构象的确定 | 第119页 |
| 5.2.2 DC301 的优势构象的确定 | 第119-120页 |
| 5.2.3 DC301 与底物复合物的优势构象的确定 | 第120页 |
| 5.2.4 混合的QM/MM 计算 | 第120-123页 |
| 5.2.5 溶剂化校正 | 第123页 |
| 5.2.6 其他的一些计算细节 | 第123-124页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第124-136页 |
| 5.3.1 酶与底物复合物的优势构象 | 第124-127页 |
| 5.3.2 两个反应体系的势能面及可能的催化机制 | 第127-132页 |
| 5.3.3 活性口袋周围氨基酸残基对催化的作用 | 第132-136页 |
| 5.4 小结 | 第136-137页 |
| 参考文献 | 第137-141页 |
| 第六章 SARS 病毒蛋白水解酶的三维结构模建及相关研究 | 第141-159页 |
| 6.1 前言 | 第141-142页 |
| 6.2 理论方法 | 第142-149页 |
| 6.2.1 SARS 病毒蛋白水解酶的三维结构的优势构象的确定 | 第142-145页 |
| 6.2.2 小肽抑制剂的设计及优势构象的确定 | 第145-146页 |
| 6.2.3 SARSpro306 与HAT 的复合物的优势构象的确定 | 第146页 |
| 6.2.4 复合物中SARSpro306 与HAT 的相互作用关系 | 第146-147页 |
| 6.2.5 SARSpro306 抑制剂初级理论筛选模型的建立 | 第147-149页 |
| 6.3 结果和讨论 | 第149-155页 |
| 6.3.1 SARSpro306 的三维结构的优势构象 | 第150-152页 |
| 6.3.2 HAT 与SARSpro306 的相互作用 | 第152-153页 |
| 6.3.3 SARSpro306 抑制剂的初级理论筛选模型 | 第153-155页 |
| 6.4 小结 | 第155-156页 |
| 参考文献 | 第156-159页 |
| 中文摘要 | 第159-162页 |
| 英文摘要 | 第162页 |
| 攻读博士学位期间发表和完成的论文 | 第166-167页 |
| 致谢 | 第167页 |
