| 摘要 | 第4-8页 |
| ABSTRACT | 第8-11页 |
| 第一章 引言 | 第15-34页 |
| 1.1 鲤科鱼类 | 第15-18页 |
| 1.1.1 鲤科鱼类的地理分布 | 第15-16页 |
| 1.1.2 多样性及形态学特征 | 第16页 |
| 1.1.3 鲤科鱼类的系统发育 | 第16-18页 |
| 1.2 Frizzled基因研究 | 第18-19页 |
| 1.3 MtDNA-NGS技术进展 | 第19-26页 |
| 1.3.1 线粒体简介 | 第19-20页 |
| 1.3.2 线粒体基因组及其应用 | 第20-22页 |
| 1.3.3 第二代测序技术及其应用 | 第22-26页 |
| 1.4 系统发育基因组学 | 第26-32页 |
| 1.4.1 系统发育基因组学的概念 | 第26-27页 |
| 1.4.2 系统发育基因组学分析方法 | 第27-31页 |
| 1.4.2.1 序列分析方法 | 第27-30页 |
| 1.4.2.2 非序列分析方法 | 第30-31页 |
| 1.4.3 系统发育基因组学展望 | 第31-32页 |
| 1.5 本研究的主要内容，目的和意义 | 第32-34页 |
| 第二章 鲤鱼的系统发育基因组学研究 | 第34-54页 |
| 2.1 材料与方法 | 第36-38页 |
| 2.1.1 样品采集 | 第36-37页 |
| 2.1.2 全基因组测序及线粒体基因组组装 | 第37页 |
| 2.1.3 序列分析 | 第37页 |
| 2.1.4 分化时间和系统发育分析 | 第37-38页 |
| 2.2 结果 | 第38-51页 |
| 2.2.1 线粒体基因组序列特征 | 第38-40页 |
| 2.2.2 单倍型分析 | 第40-42页 |
| 2.2.3 系统发育关系分析 | 第42-51页 |
| 2.2.4 分化时间的估算 | 第51页 |
| 2.3 讨论 | 第51-53页 |
| 2.3.1 测序平台的选择 | 第51-52页 |
| 2.3.2 鲤鱼不同品系之间的系统发育关系 | 第52-53页 |
| 2.4 小结 | 第53-54页 |
| 第三章 瓦氏雅罗鱼系统发育基因组学研究 | 第54-70页 |
| 3.1 材料和方法 | 第56-58页 |
| 3.1.1 样品采集和DNA的提取 | 第56页 |
| 3.1.2 基因组测序，线粒体基因组提取及组装 | 第56-57页 |
| 3.1.3 序列和基因分析 | 第57-58页 |
| 3.1.4 系统发育关系、分化时间核苷酸多态性的分析 | 第58页 |
| 3.2 结果 | 第58-68页 |
| 3.2.1 线粒体基因组及其特征 | 第58-61页 |
| 3.2.2 系统发育和单倍型分析 | 第61-64页 |
| 3.2.3 分化时间的估算 | 第64-67页 |
| 3.2.4 线粒体基因组的核苷酸多样性 | 第67-68页 |
| 3.3 讨论 | 第68-69页 |
| 3.4 小结 | 第69-70页 |
| 第四章 鲤鱼Frizzled基因家族的研究 | 第70-87页 |
| 4.1 材料与方法 | 第70-72页 |
| 4.1.1 数据库分析和序列提取 | 第70-71页 |
| 4.1.2 基因的鉴定 | 第71页 |
| 4.1.3 系统发育分析 | 第71页 |
| 4.1.4 基因命名 | 第71-72页 |
| 4.1.5 FZD基因表达谱 | 第72页 |
| 4.1.6 共线性分析 | 第72页 |
| 4.2 结果与讨论 | 第72-86页 |
| 4.2.1 FZD基因预测和特征 | 第72-75页 |
| 4.2.2 鲤鱼FZD基因家族的系统发育分析和命名 | 第75-78页 |
| 4.2.3 FZD基因的复制和保留 | 第78-82页 |
| 4.2.4 硬骨鱼类中独立的FZD基因缺失 | 第82页 |
| 4.2.5 鲤鱼FZD基因的表达谱和潜在功能推论 | 第82-86页 |
| 4.3 小结 | 第86-87页 |
| 结论 | 第87-89页 |
| 参考文献 | 第89-109页 |
| 致谢 | 第109-110页 |
| 科研成果 | 第110-112页 |
| 社会实践及所获荣誉 | 第112页 |