| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 英文缩略表 | 第10-11页 |
| 引言 | 第11-14页 |
| 第1章 基于文献挖掘的前列腺癌蛋白组学数据的生物信息学分析 | 第14-33页 |
| 1.1 材料与方法 | 第14-17页 |
| 1.1.1 文献检索策略 | 第14页 |
| 1.1.2 官方基因名称的转换 | 第14页 |
| 1.1.3 PCa蛋白组学研究的分类 | 第14页 |
| 1.1.4 DEPs在文献中被报道的次数 | 第14-15页 |
| 1.1.5 DEPs的功能注释 | 第15页 |
| 1.1.6 组织样本和免疫组化验证 | 第15-17页 |
| 1.1.7 统计分析 | 第17页 |
| 1.2 结果 | 第17-22页 |
| 1.2.1 鸟瞰蛋白组学数据 | 第17-18页 |
| 1.2.2 GO分析 | 第18-21页 |
| 1.2.3 KEGG通路分析 | 第21页 |
| 1.2.4 DES蛋白在人PCa组织中表达下调 | 第21-22页 |
| 1.3 讨论 | 第22-26页 |
| 1.4 结论 | 第26页 |
| 参考文献 | 第26-33页 |
| 第2章 基于前列腺癌蛋白组学数据构建和分析蛋白-蛋白相互作用网络 | 第33-48页 |
| 2.1 方法 | 第33-37页 |
| 2.1.1 挖掘PCa蛋白组学文献和筛选标准 | 第33页 |
| 2.1.2 提取DEPs | 第33-35页 |
| 2.1.3 构建PPI网络并提取主要成分 | 第35页 |
| 2.1.4 拓扑分析 | 第35-36页 |
| 2.1.5 主干网的构建 | 第36页 |
| 2.1.6 利用种子蛋白之间的最短路径构建子网络 | 第36页 |
| 2.1.7 模块分析及功能注释 | 第36-37页 |
| 2.2 结果 | 第37-42页 |
| 2.2.1 PPI网络 | 第37-38页 |
| 2.2.2 PPI网络中的重要节点 | 第38-39页 |
| 2.2.3 主干网 | 第39页 |
| 2.2.4 子网络 | 第39-40页 |
| 2.2.5 密集连接模块 | 第40-42页 |
| 2.3 讨论 | 第42-44页 |
| 2.4 结论 | 第44页 |
| 参考文献 | 第44-48页 |
| 第3章 综述 前列腺癌蛋白组学数据的生物信息学分析 | 第48-54页 |
| 3.1 PCa蛋白组学数据的分类 | 第48-49页 |
| 3.2 GO (Gene Ontology) 富集分析 | 第49页 |
| 3.3 通路分析 | 第49-50页 |
| 3.4 分析蛋白-蛋白相互作用及构建相互作用网络 | 第50-51页 |
| 参考文献 | 第51-54页 |
| 结论 | 第54-55页 |
| 附录A 基于文献挖掘的蛋白组学数据 | 第55-71页 |
| 附录B 蛋白-蛋白相互作用网络相关数据 | 第71-76页 |
| 致谢 | 第76-78页 |
| 导师简介 | 第78-79页 |
| 作者简介 | 第79-80页 |
| 学位论文数据集 | 第80页 |
