| 摘要 | 第8-11页 |
| Abstract | 第11-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-36页 |
| 1.1 棉花发展现状 | 第16-17页 |
| 1.2 遗传标记技术 | 第17-19页 |
| 1.2.1 遗传标记的发展 | 第17页 |
| 1.2.2 DNA分子标记 | 第17页 |
| 1.2.3 主要DNA分子标记的简介及其特点 | 第17-19页 |
| 1.2.3.1 基于分子杂交技术的分子标记 | 第17-18页 |
| 1.2.3.2 基于PCR技术的分子标记 | 第18-19页 |
| 1.2.3.3 基于测序技术的分子标记 | 第19页 |
| 1.3 高通量测序技术 | 第19-22页 |
| 1.3.1 高通量测序技术的发展 | 第19-20页 |
| 1.3.2 基于高通量测序技术开发分子标记 | 第20-22页 |
| 1.3.2.1 基于全基因组重测序开发分子标记 | 第21页 |
| 1.3.2.2 基于简化基因组测序开发分子标记 | 第21-22页 |
| 1.3.2.3 基于转录组测序开发分子标记 | 第22页 |
| 1.4 棉花遗传连锁图谱的构建 | 第22-28页 |
| 1.4.1 作图群体 | 第23-24页 |
| 1.4.1.1 初级作图群体 | 第23页 |
| 1.4.1.2 次级作图群体 | 第23-24页 |
| 1.4.1.3 自然群体 | 第24页 |
| 1.4.2 棉花遗传连锁图谱的研究进展 | 第24-28页 |
| 1.4.2.1 海岛棉和陆地棉种间群体遗传连锁图谱研究进展 | 第24-26页 |
| 1.4.2.2 陆地棉种内群体遗传连锁图谱研究进展 | 第26-28页 |
| 1.5 QTL定位 | 第28-35页 |
| 1.5.1 QTL定位原理和方法 | 第28页 |
| 1.5.2 棉花QTL定位研究进展 | 第28-35页 |
| 1.5.2.1 棉花产量QTL定位研究 | 第28-30页 |
| 1.5.2.2 棉花纤维品质 QTL 定位 | 第30-33页 |
| 1.5.2.3 棉花抗病QTL定位 | 第33-34页 |
| 1.5.2.4 棉花形态学、生理性状QTL定位 | 第34-35页 |
| 1.6 本研究目的和意义 | 第35-36页 |
| 第二章 利用 RAD-seq 技术基于双亲本开发分子标记用于陆地棉 F_2 群体遗传图谱的加密 | 第36-76页 |
| 2.1 前言 | 第36-37页 |
| 2.2 材料和方法 | 第37-43页 |
| 2.2.1 实验材料和 DNA 提取 | 第37页 |
| 2.2.2 构建RAD文库及高通量测序 | 第37-38页 |
| 2.2.3 序列过滤及组装 | 第38页 |
| 2.2.4 序列注释 | 第38页 |
| 2.2.5 SSR、InDel和SNP引物的开发 | 第38-40页 |
| 2.2.6 去除冗余的SSRs | 第40页 |
| 2.2.7 基于两个材料之间去除冗余及引物的合成 | 第40-41页 |
| 2.2.8 海陆种间遗传图谱上挑选引物 | 第41页 |
| 2.2.9 PCR扩增及基因型分析及记录方法 | 第41-42页 |
| 2.2.10 偏分离标记检测 | 第42页 |
| 2.2.11 遗传图谱构建及QTL定位 | 第42-43页 |
| 2.3 结果与分析 | 第43-69页 |
| 2.3.1 DH962 和冀棉5号RAD-seq测序结果分析 | 第43-45页 |
| 2.3.2 陆地棉序列集Gh-D-J的GO分析 | 第45-46页 |
| 2.3.3 SSR 标记的开发及其特点 | 第46-49页 |
| 2.3.4 In Del标记的开发及其特点 | 第49-50页 |
| 2.3.5 SNP标记的开发及其特点 | 第50-51页 |
| 2.3.6 包含引物的contigs进行in silico mapping | 第51-53页 |
| 2.3.7 基于 RAD 开发标记在陆地棉种内的多态性分析 | 第53页 |
| 2.3.8 基于RAD开发标记在陆地棉和海岛棉种间的多态性分析 | 第53页 |
| 2.3.9 从海陆种间图谱上挑选的引物多态性情况 | 第53-54页 |
| 2.3.10 标记偏分离情况统计 | 第54页 |
| 2.3.11 陆地棉遗传图谱的构建 | 第54-56页 |
| 2.3.12 陆地棉F2 群体产量和纤维品质的QTL定位 | 第56页 |
| 2.3.13 陆地棉和亚洲棉、雷蒙德氏棉比较基因组学研究 | 第56-69页 |
| 2.4 讨论 | 第69-76页 |
| 2.4.1 RAD-seq测序结果分析 | 第69-70页 |
| 2.4.2 陆地棉序列的功能分析 | 第70-71页 |
| 2.4.3 RAD开发引物序列的在基因组上的分布 | 第71页 |
| 2.4.4 基因组SSR的分析 | 第71-72页 |
| 2.4.5 RAD-seq开发SNP的效率 | 第72页 |
| 2.4.6 RAD-seq开发引物的验证 | 第72-73页 |
| 2.4.7 海陆种间遗传图谱上挑选的引物在陆地棉种内的多态性分析 | 第73页 |
| 2.4.8 遗传图谱分析 | 第73-74页 |
| 2.4.9 遗传图谱密度对检测QTL的效率的分析 | 第74页 |
| 2.4.10 陆地棉和亚洲棉、雷蒙德氏棉基因组的同源性分析 | 第74-76页 |
| 第三章 陆地棉重组自交系群体遗传图谱的构建及产量和纤维品质相关性状的 QTL 定位 | 第76-124页 |
| 3.1 前言 | 第76页 |
| 3.2 材料和方法 | 第76-79页 |
| 3.2.1 实验材料和基因组DNA提取 | 第76-77页 |
| 3.2.2 田间种植和群体性状调查 | 第77页 |
| 3.2.3 引物的挑选、PCR扩增和基因型分析 | 第77页 |
| 3.2.4 偏分离标记检测 | 第77-78页 |
| 3.2.5 遗传图谱构建 | 第78页 |
| 3.2.6 性状正态检验、广义遗传率计算、相关分析及QTL定位 | 第78页 |
| 3.2.7 共区间QTL的整合分析 | 第78-79页 |
| 3.3 结果与分析 | 第79-117页 |
| 3.3.1 遗传图谱的构建 | 第79-81页 |
| 3.3.2 偏分离情况统计 | 第81页 |
| 3.3.3 两亲本以及群体间的性状统计描述 | 第81-91页 |
| 3.3.4 产量和纤维品质性状方差分析 | 第91-92页 |
| 3.3.5 产量和纤维品质相关性状的广义遗传率 | 第92-93页 |
| 3.3.6 产量和纤维品质的遗传相关性分析 | 第93页 |
| 3.3.7 棉花产量和纤维品质相关性状的QTL定位 | 第93-96页 |
| 3.3.7.1 纤维品质相关性状的QTL定位 | 第94-95页 |
| 3.3.7.2 产量相关性状的QTL定位 | 第95-96页 |
| 3.3.8 QTL共聚现象 | 第96-117页 |
| 3.4 讨论 | 第117-124页 |
| 3.4.1 标记偏分离情况分析 | 第117-118页 |
| 3.4.2 QTL共聚现象的分析 | 第118页 |
| 3.4.3 不同研究间共同QTL的分析 | 第118-120页 |
| 3.4.4 棉花QTL定位研究中的难点 | 第120-124页 |
| 参考文献 | 第124-144页 |
| 研究生期间发表论文情况 | 第144-145页 |
| 致谢 | 第145-147页 |
