| 中文摘要 | 第4-6页 |
| 英文摘要 | 第6-7页 |
| 1 引言 | 第11-20页 |
| 1.1 植物病原和寄主植物的互作机制 | 第11-12页 |
| 1.2 植物病原菌效应因子的研究进展 | 第12-18页 |
| 1.2.1 锈菌效应因子研究进展 | 第12-15页 |
| 1.2.2 效应因子的鉴定方法 | 第15-16页 |
| 1.2.3 蛋白数据库筛选和功能注释 | 第16-18页 |
| 1.3 本研究的目的意义 | 第18-19页 |
| 1.4 研究技术路线 | 第19-20页 |
| 2 试验材料和方法 | 第20-26页 |
| 2.1 试验仪器 | 第20页 |
| 2.2 试验试剂 | 第20页 |
| 2.3 试验用小麦及叶锈菌 | 第20页 |
| 2.4 叶锈菌单孢子堆纯化和扩繁 | 第20-21页 |
| 2.5 小麦叶锈菌毒力鉴定 | 第21页 |
| 2.6 小麦锈病的接种与取样 | 第21页 |
| 2.7 RNA提取 | 第21页 |
| 2.8 琼脂糖凝胶电泳检测RNA质量 | 第21-22页 |
| 2.9 紫外分光光度计检测RNA质量 | 第22页 |
| 2.10 文库构建和测序 | 第22-23页 |
| 2.10.1 测序随机性分析 | 第22页 |
| 2.10.2 基因表达水平的标准化 | 第22-23页 |
| 2.11 差异表达基因筛选 | 第23页 |
| 2.12 功能注释 | 第23-26页 |
| 2.12.1 Gene Ontology功能注释和分类 | 第23页 |
| 2.12.2 KEGG代谢途径富集分析 | 第23-24页 |
| 2.12.3 分泌蛋白预测 | 第24页 |
| 2.12.4 分泌蛋白结构分析 | 第24-26页 |
| 3 结果与分析 | 第26-67页 |
| 3.1 小麦叶锈菌菌株的毒力鉴定 | 第26页 |
| 3.2 RNA质量检测 | 第26-27页 |
| 3.3 测序数据的匹配 | 第27-28页 |
| 3.4 测序质量评估 | 第28-29页 |
| 3.5 测序饱和度分析 | 第29页 |
| 3.6 测序随机性分析 | 第29-30页 |
| 3.7 基因表达定量 | 第30页 |
| 3.8 差异表达基因筛选 | 第30-35页 |
| 3.8.1 差异表达基因 | 第30-31页 |
| 3.8.2 特异表达基因 | 第31-35页 |
| 3.9 Gene Ontology功能显著性富集分析 | 第35-37页 |
| 3.10 KEGG Pathway显著性富集分析 | 第37-55页 |
| 3.10.1 核糖体代谢途径 | 第39-40页 |
| 3.10.2 淀粉与糖类代谢途径 | 第40-42页 |
| 3.10.3 紧密接头（Tight junctions）信号传递途径 | 第42-43页 |
| 3.10.4 病毒心肌炎途径 | 第43-44页 |
| 3.10.5 溶酶体途径 | 第44-45页 |
| 3.10.6 甲状腺癌症途径 | 第45-46页 |
| 3.10.7 脂肪酸代谢途径 | 第46-47页 |
| 3.10.8 其他多糖降解途径 | 第47-48页 |
| 3.10.9 癌症途径 | 第48-52页 |
| 3.10.10 氨糖及核酸糖代谢途径 | 第52-54页 |
| 3.10.11 MAPK信号通路 | 第54-55页 |
| 3.11 分泌蛋白的筛选 | 第55-67页 |
| 3.11.1 SignalP预测 | 第56-58页 |
| 3.11.2 TargetP预测 | 第58页 |
| 3.11.3 TMHMM筛选 | 第58-60页 |
| 3.11.4 GPI预测 | 第60-61页 |
| 3.11.5 Pfam搜索 | 第61-64页 |
| 3.11.6 MEME4.10 预测结果 | 第64-67页 |
| 4 讨论 | 第67-74页 |
| 4.1 测序数据库比较 | 第67页 |
| 4.2 差异表达基因可能与致病性的关系 | 第67-72页 |
| 4.2.1 差异表达基因的KEGG数据库分析 | 第68-70页 |
| 4.2.2 分泌蛋白功能注释 | 第70-72页 |
| 4.3 功能motif的搜索 | 第72页 |
| 4.4 分泌蛋白预测方法 | 第72-73页 |
| 4.5 总结和展望 | 第73-74页 |
| 5 结论 | 第74-75页 |
| 参考文献 | 第75-84页 |
| 在读期间发表的学术论文 | 第84-85页 |
| 作者简介 | 第85-86页 |
| 致谢 | 第86-87页 |
