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两个不同致病类型小麦叶锈菌株差异表达分析及其分泌蛋白的筛选

中文摘要第4-6页
英文摘要第6-7页
1 引言第11-20页
    1.1 植物病原和寄主植物的互作机制第11-12页
    1.2 植物病原菌效应因子的研究进展第12-18页
        1.2.1 锈菌效应因子研究进展第12-15页
        1.2.2 效应因子的鉴定方法第15-16页
        1.2.3 蛋白数据库筛选和功能注释第16-18页
    1.3 本研究的目的意义第18-19页
    1.4 研究技术路线第19-20页
2 试验材料和方法第20-26页
    2.1 试验仪器第20页
    2.2 试验试剂第20页
    2.3 试验用小麦及叶锈菌第20页
    2.4 叶锈菌单孢子堆纯化和扩繁第20-21页
    2.5 小麦叶锈菌毒力鉴定第21页
    2.6 小麦锈病的接种与取样第21页
    2.7 RNA提取第21页
    2.8 琼脂糖凝胶电泳检测RNA质量第21-22页
    2.9 紫外分光光度计检测RNA质量第22页
    2.10 文库构建和测序第22-23页
        2.10.1 测序随机性分析第22页
        2.10.2 基因表达水平的标准化第22-23页
    2.11 差异表达基因筛选第23页
    2.12 功能注释第23-26页
        2.12.1 Gene Ontology功能注释和分类第23页
        2.12.2 KEGG代谢途径富集分析第23-24页
        2.12.3 分泌蛋白预测第24页
        2.12.4 分泌蛋白结构分析第24-26页
3 结果与分析第26-67页
    3.1 小麦叶锈菌菌株的毒力鉴定第26页
    3.2 RNA质量检测第26-27页
    3.3 测序数据的匹配第27-28页
    3.4 测序质量评估第28-29页
    3.5 测序饱和度分析第29页
    3.6 测序随机性分析第29-30页
    3.7 基因表达定量第30页
    3.8 差异表达基因筛选第30-35页
        3.8.1 差异表达基因第30-31页
        3.8.2 特异表达基因第31-35页
    3.9 Gene Ontology功能显著性富集分析第35-37页
    3.10 KEGG Pathway显著性富集分析第37-55页
        3.10.1 核糖体代谢途径第39-40页
        3.10.2 淀粉与糖类代谢途径第40-42页
        3.10.3 紧密接头(Tight junctions)信号传递途径第42-43页
        3.10.4 病毒心肌炎途径第43-44页
        3.10.5 溶酶体途径第44-45页
        3.10.6 甲状腺癌症途径第45-46页
        3.10.7 脂肪酸代谢途径第46-47页
        3.10.8 其他多糖降解途径第47-48页
        3.10.9 癌症途径第48-52页
        3.10.10 氨糖及核酸糖代谢途径第52-54页
        3.10.11 MAPK信号通路第54-55页
    3.11 分泌蛋白的筛选第55-67页
        3.11.1 SignalP预测第56-58页
        3.11.2 TargetP预测第58页
        3.11.3 TMHMM筛选第58-60页
        3.11.4 GPI预测第60-61页
        3.11.5 Pfam搜索第61-64页
        3.11.6 MEME4.10 预测结果第64-67页
4 讨论第67-74页
    4.1 测序数据库比较第67页
    4.2 差异表达基因可能与致病性的关系第67-72页
        4.2.1 差异表达基因的KEGG数据库分析第68-70页
        4.2.2 分泌蛋白功能注释第70-72页
    4.3 功能motif的搜索第72页
    4.4 分泌蛋白预测方法第72-73页
    4.5 总结和展望第73-74页
5 结论第74-75页
参考文献第75-84页
在读期间发表的学术论文第84-85页
作者简介第85-86页
致谢第86-87页

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