| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第14-32页 |
| 1.1 课题研究背景及意义 | 第14-15页 |
| 1.2 相关知识介绍 | 第15-20页 |
| 1.2.1 蛋白质序列 | 第15-16页 |
| 1.2.2 结构域 | 第16-17页 |
| 1.2.3 PPI网络 | 第17页 |
| 1.2.4 基因本体 | 第17-19页 |
| 1.2.5 蛋白质功能预测 | 第19-20页 |
| 1.3 国内外研究现状 | 第20-30页 |
| 1.3.1 基于序列的功能预测方法 | 第21-24页 |
| 1.3.2 蛋白质功能相似性计算方法 | 第24-26页 |
| 1.3.3 PPI网络构建方法 | 第26-27页 |
| 1.3.4 基于PPI网络的功能预测方法 | 第27-30页 |
| 1.4 本文的主要研究内容 | 第30-32页 |
| 第2章 基于序列的蛋白质功能预测方法 | 第32-51页 |
| 2.1 引言 | 第32-34页 |
| 2.2 基于功能注释信息挖掘结构域与GO术语之间关联关系 | 第34-35页 |
| 2.3 基于语义覆盖度扩展结构域与GO术语之间的关联关系 | 第35-37页 |
| 2.4 基于序列结构域组成的蛋白质功能预测方法 | 第37-38页 |
| 2.5 实验与结果分析 | 第38-49页 |
| 2.5.1 实验数据与评价指标 | 第38-40页 |
| 2.5.2 结构域与GO术语之间关联强度的有效性 | 第40-44页 |
| 2.5.3 结构域与GO术语之间关联强度对蛋白质功能预测的影响 | 第44-46页 |
| 2.5.4 基于语义覆盖度的扩展策略对蛋白质功能预测的影响 | 第46-48页 |
| 2.5.5 与其它方法的性能比较 | 第48-49页 |
| 2.6 本章小结 | 第49-51页 |
| 第3章 蛋白质功能相似性计算方法 | 第51-74页 |
| 3.1 引言 | 第51-54页 |
| 3.2 GO术语的语义信息量计算方法 | 第54-56页 |
| 3.3 GO术语的继承语义信息量和扩展语义信息量计算方法 | 第56页 |
| 3.4 GO术语集合的语义信息量计算算法 | 第56-63页 |
| 3.5 基于语义重叠率的蛋白质功能相似性计算方法 | 第63-64页 |
| 3.6 功能相似性计算算法复杂度分析 | 第64-65页 |
| 3.7 实验与结果分析 | 第65-72页 |
| 3.7.1 实验数据和评价指标 | 第65-66页 |
| 3.7.2 术语信息量对蛋白质功能相似性的影响 | 第66-68页 |
| 3.7.3 语义信息量重叠率方法对蛋白质功能相似性的影响 | 第68-70页 |
| 3.7.4 与其它方法的性能比较 | 第70-72页 |
| 3.8 本章小结 | 第72-74页 |
| 第4章 PPI网络构建算法 | 第74-91页 |
| 4.1 引言 | 第74-76页 |
| 4.2 基于共现结构域的组合的DDI识别方法 | 第76-78页 |
| 4.3 基于DDI扩展PPI网络的方法 | 第78-79页 |
| 4.4 基于扩展PPI网络的跨蛋白质DDI的识别方法 | 第79-80页 |
| 4.5 基于跨蛋白质DDI的PPI可靠性评估算法 | 第80-82页 |
| 4.6 PPI网络构建算法复杂度分析 | 第82页 |
| 4.7 实验与结果分析 | 第82-90页 |
| 4.7.1 实验数据与评价指标 | 第82-84页 |
| 4.7.2 显著共现结构域的组合与DDI的关系 | 第84页 |
| 4.7.3 结构域的互作偏好性对PPI的影响 | 第84-85页 |
| 4.7.4 显著共现结构域的组合对PPI的影响 | 第85-86页 |
| 4.7.5 跨蛋白质DDI识别策略的评测 | 第86-87页 |
| 4.7.6 跨蛋白质DDI的发生概率对PPI的影响 | 第87-88页 |
| 4.7.7 与其它方法的性能比较 | 第88-90页 |
| 4.8 本章小结 | 第90-91页 |
| 第5章 基于PPI网络的蛋白质功能预测算法 | 第91-108页 |
| 5.1 引言 | 第91-92页 |
| 5.2 相互作用的蛋白质之间的主-被动关系 | 第92-93页 |
| 5.3 相互作用的蛋白质之间的功能差异系数 | 第93-94页 |
| 5.4 相互作用的蛋白质之间的功能信息传播方法 | 第94-95页 |
| 5.5 基于PPI网络的蛋白质功能预测算法 | 第95-101页 |
| 5.6 预测算法复杂度分析 | 第101页 |
| 5.7 实验与结果分析 | 第101-107页 |
| 5.7.1 实验数据与评价指标 | 第101-102页 |
| 5.7.2 相互作用的蛋白质之间的功能关系 | 第102-103页 |
| 5.7.3 相互作用的蛋白质之间的功能差异 | 第103-105页 |
| 5.7.4 相互作用的蛋白质之间的功能差异与相似术语的关系 | 第105页 |
| 5.7.5 与其它方法的性能比较 | 第105-107页 |
| 5.8 本章小结 | 第107-108页 |
| 结论 | 第108-110页 |
| 参考文献 | 第110-125页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文及其它成果 | 第125-128页 |
| 致谢 | 第128-129页 |
| 个人简历 | 第129页 |
